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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 关于建模结构优化的一些问题
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yaoo_1

木虫 (小有名气)

[求助] 关于建模结构优化的一些问题

新手發問
请问一下我想做有特定形状的缺陷的2x2x2的 周期性 的结构，材料是使用硅，要计算态密度，声子谱，能带结构

有试着先做一个的3x3x3超晶胞10颗缺陷的结构，在CPU i5- 2400 内存为8G的电脑上面跑不过跑了一天的工作就失败了，看来电脑不够力

结构优化第一次点选ultralfine，180 eV的k点4x4x4所做出来的晶格常数为5.39
更改不同的截止能量后要看能量收敛的程度
看到文献都会用 截止能量 跟 能量 的关系
那么是要看 final energy 吗还是迭代之后的 total energy 呢
有试着用硅晶胞边常设为5.4309然后用原始晶胞去最佳化分别选用LDA跟GGA- PBE的截止能量各从100～1000 k点的1x1x1 赝势为ultrasoft 其他都是预设值，晶体越大所需k点数越少
看到一些教学提到硅材料截止能量不需要太高大概在200 eV的的截止能量就能得到准确的数值？
而得出的总能量我是看最后一次出现的final energy
而总能量LDA的大约都在-102.xx eV的左右GGA大约在-102.90xx
LDA的会低估晶格常数GGA会高估晶格常数



回归正题想问一下必须先用优化过后的结构去建立的2x2x2的超晶胞
再删除我想要的原子数，(還是說必须要有真空层吗，看到教学文件指出非周期性的的分子或晶体才需要使用真空层预防波函数重叠)，再进行一次结构最佳化计算我要的物性，選用的截止能量跟k-point都是沿用这样对吗？

题外话，另外想问一下因为大概是一百颗原子，以现在的Core i7 3.4 GHz的四核8线的电脑大概需要多少时间有哪位高手知道吗

希望大家一起交流指教，谢谢

[ Last edited by yaoo_1 on 2011-9-9 at 01:01 ]
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1楼 2011-09-09 00:53:35
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52nana

铁虫 (小有名气)
★
uuv2010(金币+1): 欢迎参加交流 2011-09-17 09:08:56
引用回帖:
10楼: Originally posted by yaoo_1 at 2011-09-12 11:18:43:
谢谢交流，还有一些新手问题想要请教一下
在计算声子谱时，已经失败两次有试着去调整返回他提到的参数
不过又失败了，这次的讯息有点不太懂
http://dl.dbank.com/c02mrce2g2
想请各位前辈帮忙看一 ...

不知道你这个问题解决没有，如果解决了，可以发帖和大家交流一下。

说说我的看法：
看了你发的文件，里面出现了2个warnings：
  Secondd_get_u0: Warning: Band structure did not converge for    1 out of    4 kpoints
                   Consider increasing BS_MAX_ITER or BS_EIGENVALUE_TOL.

Secondd_minimise_phonon_E2: Can not converge to requested precision in 100 iterations
        Best convergence achievable is 0.234633E-03eV/A**2   
        Consider increasing PHONON_MAX_CYCLES or convergence tolerance PHONON_ENERGY_TOL

两个“Consider”已经给出了解决方法。你给出的文件里前面部分的两个参数值如下：
Info: BS_MAX_ITER modified from         60 to        250
Info: BS_EIGENVALUE_TOL modified from    0.100000E-05 eV to    0.100000E-08 eV
这个应该是你改动过的，可以再增大一点。
另外，你的计算中这两个参数的设置如下：
phonon convergence tolerance                   : 0.5000E-05   eV/A**2
max. number of phonon cycles                   :        100
也可以适当改大些。

建议不要同时变动上面四个参数，先试试前两个，再改后两个。
PS：本人没有算过声子，上面也仅是看你给的文件而想到可能的解决方法。祝好运。
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11楼2011-09-16 21:53:49
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贺仪

铁杆木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★
yaoo_1(金币+1): 感谢版主的指导 2011-09-09 11:45:01
gzqdyouxia(金币+2): 谢谢指教 2011-09-09 16:12:30
说一下你的设置：ultralfine，180 eV的k点4x4x4所做出来的晶格常数为5.39
这里很不和谐！ultralfine，180 eV这两个更是了，180太低了
你的总能与计算的这个截断能不一样，注意概念，这两个没啥大直接的关系。
一般优化分几步进行，
首先进行一次粗糙的优化，用mid就行，大概300ev，k点可以少一点
然后进行第二步，选择fine 450eV 4x4x4,也就差不多了
一步优化对于粗糙的结构很难收敛
赞一下(2人) 回复此楼
嘟啦啦嘟啦啦嘟
2楼2011-09-09 10:09:15
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yaoo_1

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by 贺仪 at 2011-09-09 10:09:15:
说一下你的设置：ultralfine，180 eV的k点4x4x4所做出来的晶格常数为5.39
这里很不和谐！ultralfine，180 eV这两个更是了，180太低了
你的总能与计算的这个截断能不一样，注意概念，这两个没啥大直接的关系。
...

版主抱歉我看错加上打错了
3x3x3 是另外一部份

结构最佳化第一次点选ultralfine，180 EV的k点4x4x4所做出来的晶格常数为5.39
这部分我是想说先练习用的
读入硅之后再变成单胞做测试ultralfine，180 EV的 k点1x1x1 赝势为ultrasoft
昨晚  思绪不太清晰 有点手足无措 卡关很久了
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3楼2011-09-09 11:13:53
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yaoo_1

木虫 (小有名气)
引用回帖:
3楼: Originally posted by yaoo_1 at 2011-09-09 11:13:53:
版主抱歉我看错加上打错了
3x3x3 是另外一部份

结构最佳化第一次点选ultralfine，180 EV的k点4x4x4所做出来的晶格常数为5.39
这部分我是想说先练习用的
读入硅之后再变成单胞做测试ultralfine，180 EV的  ...

漏掉一些讯息
有看一些文献写说截止能量在多少时总能跟晶格常数会有最佳收敛的效果
类似像这样


我要做的模型是中心去掉一颗及五颗原子的模型


昨天有看到一些讨论串说
超晶胞是对原胞的扩展，比如3*3，2*2等，扩展而成新的重复单元。超晶胞一般用于研究缺陷，比如空位浓度，或者掺杂原子等。
例如：如果你的晶胞有100个原子，空位浓度为0.01，那么就要把晶胞扩展10倍，然后，从supercell里面去除一个原子。这样的空位浓度才等于0.01
那我一开始模型就建错了吗
学习了看了一些教学好像没提到版主说的要两次优化
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4楼2011-09-09 11:34:44
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