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yshl7237铜虫 (小有名气)
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[求助]
Linux 系统 DMol提交任务
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下面是我在网上找的关于如何提交DMol任务的。但我有个疑问，不用把赝势文件找到拷贝进去吗？因为我看castep提交任务时，有一步是找赝势文件考到里面。 在win下面用ms建好 .input 文件，把分子的构型文件另存为 .car文件，在生成car文件的同时还会有一个mdf文件，把这三个文件拷到linux下面，我是放到了RunDMol3.sh所在的目录，就是 /Accelrys/MaterialsStudio44/etc/DMol3/bin 然后运行（假设input文件名是：abc.input，其他文件的名字都要跟这个一样） RunDMol3.sh abc.input 或者 RunDMol3.sh abc 就ok了，如果要并行的话(假设cpu是4核的)， RunDMol3.sh -np 4 abc 就可以了 |
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zzy870720z
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2楼2011-09-09 18:13:57
lonewolf659
铜虫 (小有名气)
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【答案】应助回帖
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youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-09-10 17:49:54
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-09-10 17:49:54
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如区长所说，DMol使用数值机组，不用赝势。但是用脚本直接运行DMol3作业还是需要指定一些环境变量的。具体的内容可以参考MS的Help里DMol3的Running DMol3 in standalone mode。 When running jobs on computers equipped with a queueing system it may be necessary to define certain environment variables which DMol3 is using: DMOL_TMP - directory where DMol3 will store large temporary files during calculation. By default it is /var/tmp on Linux and C:\TEMP on Windows. DMOL3_DATA - directory containing DMol3 runtime files, for example BASFILE, AREP, DSPP etc. The default location is share/Resources/Quantum/DMol3. |
3楼2011-09-10 17:21:58