| 查看: 1250 | 回复: 2 | ||
yshl7237铜虫 (小有名气)
|
[求助]
Linux 系统 DMol提交任务
|
|
下面是我在网上找的关于如何提交DMol任务的。但我有个疑问，不用把赝势文件找到拷贝进去吗？因为我看castep提交任务时，有一步是找赝势文件考到里面。 在win下面用ms建好 .input 文件，把分子的构型文件另存为 .car文件，在生成car文件的同时还会有一个mdf文件，把这三个文件拷到linux下面，我是放到了RunDMol3.sh所在的目录，就是 /Accelrys/MaterialsStudio44/etc/DMol3/bin 然后运行（假设input文件名是：abc.input，其他文件的名字都要跟这个一样） RunDMol3.sh abc.input 或者 RunDMol3.sh abc 就ok了，如果要并行的话(假设cpu是4核的)， RunDMol3.sh -np 4 abc 就可以了 |
回复此楼» 猜你喜欢
为什么网上很多人说本周 12号出结果
已经有6人回复
-
听说今天filecode变了
已经有49人回复
-
帮忙看看fileCode
已经有12人回复
-
FileCode能看出啥？
已经有17人回复
-
奇怪，两个人的filecode固定段从头到尾一模一样
已经有6人回复
-
filecode
已经有9人回复
-
应该是93bebmhtak前后十一个字符比较关键
已经有23人回复
-
我的国基提前知道中了，可是同事的操作让我实在接受不了，怎么会有这样的人
已经有13人回复
-
小木虫上这么多卖论文的，真有人买论文么？感觉没必要啊
已经有6人回复
-
基金中了
已经有15人回复
» 本主题相关商家推荐: (我也要在这里推广)
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- linux DMol3并行计算为什么不输出热力学性质
已经有6人回复
- 为什么MS5.5装在我的笔记本上可以用，装在服务器上就不能用了？
已经有6人回复
- 【求助】MS 5.5 安装完毕后，计算时失败
已经有10人回复
- 【分享】Materials studio V5.5 for Windows Licenses
已经有43人回复
- 【求助】MS5.0提交castep后Job fail，有详细截图
已经有5人回复
- 【求助】MS在LINUX下的安装问题
已经有22人回复
zzy870720z
荣誉版主 (文坛精英)
- 1ST强帖: 3
- 应助: 47 (小学生)
- 贵宾: 9.05
- 金币: 30914.3
- 散金: 5613
- 红花: 68
- 沙发: 99
- 帖子: 12592
- 在线: 23567.6小时
- 虫号: 745488
- 注册: 2009-04-10
- 性别: GG
- 专业: 凝聚态物性I:结构、力学和
- 管辖: 分子模拟
2楼2011-09-09 18:13:57
lonewolf659
铜虫 (小有名气)
- 应助: 8 (幼儿园)
- 金币: 1865.3
- 红花: 1
- 帖子: 145
- 在线: 158.2小时
- 虫号: 482744
- 注册: 2007-12-26
- 专业: 理论和计算化学
【答案】应助回帖
★
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-09-10 17:49:54
youzhizhe(金币+1): 谢谢交流。 2011-09-10 17:49:54
|
如区长所说，DMol使用数值机组，不用赝势。但是用脚本直接运行DMol3作业还是需要指定一些环境变量的。具体的内容可以参考MS的Help里DMol3的Running DMol3 in standalone mode。 When running jobs on computers equipped with a queueing system it may be necessary to define certain environment variables which DMol3 is using: DMOL_TMP - directory where DMol3 will store large temporary files during calculation. By default it is /var/tmp on Linux and C:\TEMP on Windows. DMOL3_DATA - directory containing DMol3 runtime files, for example BASFILE, AREP, DSPP etc. The default location is share/Resources/Quantum/DMol3. |
3楼2011-09-10 17:21:58
100