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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 芳香性问题
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zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)

[求助] 芳香性问题

请教一下，算芳香性时加入鬼原子，想加到一规则四元环平面的上方1A处，输入文件上应怎样改。谢谢了！！！
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1楼 2011-09-04 11:23:09
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lihb734

铁杆木虫 (职业作家)

站在计算化学入门的门槛上

【答案】应助回帖

zhaoyxcas(金币+5): 谢谢！ 2011-09-05 15:14:40
这个不属于量化问题，属于几何问题。
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2楼2011-09-04 12:41:50
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zmcommon

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

zhaoyxcas(金币+5): 谢谢呀 2011-09-05 15:14:16
你的问题是不是不知道怎么找四元环中心位置呀？？如果你能找到中心，在中心坐标的基础上，对垂直平面轴方向的坐标加1就行了。例如中心位置是0,0,0，所在平面为XY平面，那鬼原子坐标就是0,0,1
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3楼2011-09-05 08:39:21
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zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)
引用回帖:
3楼: Originally posted by zmcommon at 2011-09-05 08:39:21:
你的问题是不是不知道怎么找四元环中心位置呀？？如果你能找到中心，在中心坐标的基础上，对垂直平面轴方向的坐标加1就行了。例如中心位置是0,0,0，所在平面为XY平面，那鬼原子坐标就是0,0,1

我试过了，就不在中心的上方，很多文献给不规则的环加各种鬼原子都能加的上，真不知怎么加上的。
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4楼2011-09-05 10:09:23
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lihb734

铁杆木虫 (职业作家)

站在计算化学入门的门槛上
★ ★
zhou2009(金币+2): 2011-10-22 10:51:56
假设你的分子建在XOY面：
第一步找到几何中心：就是x,y,z坐标分别相加之后除以4，坐标为（a,b,0）
第二步：1A处的，为（a,b,1.0）
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5楼2011-09-05 15:27:30
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zmcommon

木虫 (小有名气)
★
zhou2009(金币+1): 2011-10-22 10:52:35
你的四元环是不规则的吗？？那应该还是平面分子吧？找到质心，在质心上面加就行了
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6楼2011-09-06 15:40:41
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zhaoyxcas

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引用回帖:
5楼: Originally posted by lihb734 at 2011-09-05 15:27:30:
假设你的分子建在XOY面：
第一步找到几何中心：就是x,y,z坐标分别相加之后除以4，坐标为（a,b,0）
第二步：1A处的，为（a,b,1.0）

我直接加的（0，0,0,）就在环中心了，在1A处自己一直没加上，有虫友帮我加上了而是改成了(1,0,0).计算完了，不过用了两种方法结果正好相反，一个是有芳香性，一个是反芳香性的。我的结构判断应是具有反芳香性的，是不是就可以说另一种方法不适合这个体系......
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7楼2011-09-06 16:58:41
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zhaoyxcas

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引用回帖:
6楼: Originally posted by zmcommon at 2011-09-06 15:40:41:
你的四元环是不规则的吗？？那应该还是平面分子吧？找到质心，在质心上面加就行了

是规则平面的，我已加上，可是好多理论的东西不懂。
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8楼2011-09-06 17:01:45
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lihb734

铁杆木虫 (职业作家)

站在计算化学入门的门槛上
引用回帖:
7楼: Originally posted by zhaoyxcas at 2011-09-06 16:58:41:
我直接加的（0，0,0,）就在环中心了，在1A处自己一直没加上，有虫友帮我加上了而是改成了(1,0,0).计算完了，不过用了两种方法结果正好相反，一个是有芳香性，一个是反芳香性的。我的结构判断应是具有反芳香性的， ...

多用几种方法互相验证
磁性的，结构方面，能量方面，反应活性方面。
光用 一种手段不太靠谱啊
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9楼2011-09-06 18:32:44
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zhaoyxcas

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引用回帖:
9楼: Originally posted by lihb734 at 2011-09-06 18:32:44:
多用几种方法互相验证
磁性的，结构方面，能量方面，反应活性方面。
光用 一种手段不太靠谱啊

只是自己懂得太少了，这一种方法也是费了好大劲才弄出来的呢，寻求了好多好心人的帮助。呵呵...同时也谢谢你给予的无私帮助。我自己要好好看看相关的资料了。不懂的还望多多指教呢！！
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10楼2011-09-07 11:20:23
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