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zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)

[求助] 芳香性问题

请教一下,算芳香性时加入鬼原子,想加到一规则四元环平面的上方1A处,输入文件上应怎样改。谢谢了!!!
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lihb734

铁杆木虫 (职业作家)

站在计算化学入门的门槛上

【答案】应助回帖

zhaoyxcas(金币+5): 谢谢! 2011-09-05 15:14:40
这个不属于量化问题,属于几何问题。
前途光明,出路难觅!
2楼2011-09-04 12:41:50
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zmcommon

木虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

zhaoyxcas(金币+5): 谢谢呀 2011-09-05 15:14:16
你的问题是不是不知道怎么找四元环中心位置呀??如果你能找到中心,在中心坐标的基础上,对垂直平面轴方向的坐标加1就行了。例如中心位置是0,0,0,所在平面为XY平面,那鬼原子坐标就是0,0,1
3楼2011-09-05 08:39:21
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zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)

引用回帖:
3楼: Originally posted by zmcommon at 2011-09-05 08:39:21:
你的问题是不是不知道怎么找四元环中心位置呀??如果你能找到中心,在中心坐标的基础上,对垂直平面轴方向的坐标加1就行了。例如中心位置是0,0,0,所在平面为XY平面,那鬼原子坐标就是0,0,1

我试过了,就不在中心的上方,很多文献给不规则的环加各种鬼原子都能加的上,真不知怎么加上的。
4楼2011-09-05 10:09:23
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lihb734

铁杆木虫 (职业作家)

站在计算化学入门的门槛上

★ ★
zhou2009(金币+2): 2011-10-22 10:51:56
假设你的分子建在XOY面:
第一步找到几何中心:就是x,y,z坐标分别相加之后除以4,坐标为(a,b,0)
第二步:1A处的,为(a,b,1.0)
前途光明,出路难觅!
5楼2011-09-05 15:27:30
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zmcommon

木虫 (小有名气)


zhou2009(金币+1): 2011-10-22 10:52:35
你的四元环是不规则的吗??那应该还是平面分子吧?找到质心,在质心上面加就行了
6楼2011-09-06 15:40:41
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zhaoyxcas

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引用回帖:
5楼: Originally posted by lihb734 at 2011-09-05 15:27:30:
假设你的分子建在XOY面:
第一步找到几何中心:就是x,y,z坐标分别相加之后除以4,坐标为(a,b,0)
第二步:1A处的,为(a,b,1.0)

我直接加的(0,0,0,)就在环中心了,在1A处自己一直没加上,有虫友帮我加上了而是改成了(1,0,0).计算完了,不过用了两种方法结果正好相反,一个是有芳香性,一个是反芳香性的。我的结构判断应是具有反芳香性的,是不是就可以说另一种方法不适合这个体系......
7楼2011-09-06 16:58:41
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zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)

引用回帖:
6楼: Originally posted by zmcommon at 2011-09-06 15:40:41:
你的四元环是不规则的吗??那应该还是平面分子吧?找到质心,在质心上面加就行了

是规则平面的,我已加上,可是好多理论的东西不懂。
8楼2011-09-06 17:01:45
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lihb734

铁杆木虫 (职业作家)

站在计算化学入门的门槛上

引用回帖:
7楼: Originally posted by zhaoyxcas at 2011-09-06 16:58:41:
我直接加的(0,0,0,)就在环中心了,在1A处自己一直没加上,有虫友帮我加上了而是改成了(1,0,0).计算完了,不过用了两种方法结果正好相反,一个是有芳香性,一个是反芳香性的。我的结构判断应是具有反芳香性的, ...

多用几种方法互相验证
磁性的,结构方面,能量方面,反应活性方面。
光用 一种手段不太靠谱啊
前途光明,出路难觅!
9楼2011-09-06 18:32:44
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zhaoyxcas

捐助贵宾 (正式写手)

引用回帖:
9楼: Originally posted by lihb734 at 2011-09-06 18:32:44:
多用几种方法互相验证
磁性的,结构方面,能量方面,反应活性方面。
光用 一种手段不太靠谱啊

只是自己懂得太少了,这一种方法也是费了好大劲才弄出来的呢,寻求了好多好心人的帮助。呵呵...同时也谢谢你给予的无私帮助。我自己要好好看看相关的资料了。不懂的还望多多指教呢!!
10楼2011-09-07 11:20:23
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