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pariah

铜虫 (小有名气)

[交流] Abinit 计算时rprim的疑惑

把Abinti的指南看了一遍，有一些疑问。
1 在我计算一个晶体时怎么定义这个晶体的对称性？是通过rprim这个参数吗？
2 如果我并不知道我要计算的晶体对称性应该如何操作，abinit会根据我给出的原子类型和数目自动优化出对称性吗？
3 同上问题，我不知道我要算的晶体各个原子的坐标位置也可以随便给让后让它自己relax吗？
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1楼 2011-09-02 14:19:04
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zjuer

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★
pariah(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+3): 谢谢详细指点 2011-09-03 17:16:54
1 在我计算一个晶体时怎么定义这个晶体的对称性？是通过rprim这个参数吗？
2 如果我并不知道我要计算的晶体对称性应该如何操作，abinit会根据我给出的原子类型和数目自动优化出对称性吗？
3 同上问题，我不知道我要算的晶体各个原子的坐标位置也可以随便给让后让它自己relax吗？
1、可以不用显性的定义对称性，输入晶胞的参数和原子位置对应的对称性就定了。
2、一般我们必须给出原子的大致位置和晶胞结构再让程序优化，目前好像还没这么高自动化的优化程序，即使优化出来了可能也不是你想要的。
3、如果你不知道原子的大致位置，程序能优化可结果估计也不会有太大的价值。原子坐标和晶胞的参数文献和一些数据库里会有线索，你告诉程序的参数越详细，你越能明白结果的意义。
一己之见，供参考。
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2楼2011-09-03 02:17:12
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iamikaruk

木虫 (著名写手)
★ ★
pariah(金币+1):谢谢参与
zzy870720z(金币+1): 谢谢建议 2011-09-03 17:17:03
如果你有足够的计算资源，你可以试试用USPEX+abinit
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3楼2011-09-03 10:26:36
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pariah

铜虫 (小有名气)
谢谢二位的回答，我自己也有了进一步的认识，谢谢指导。
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4楼2011-09-14 10:59:58
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魏孟钟灵

新虫 (初入文坛)
★
pariah(金币+1):谢谢参与
目前是这个样子了，不知道为什么不用对称性。
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5楼2011-09-21 15:38:59
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pariah

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zjuer at 2011-09-03 02:17:12:
1 在我计算一个晶体时怎么定义这个晶体的对称性？是通过rprim这个参数吗？
2 如果我并不知道我要计算的晶体对称性应该如何操作，abinit会根据我给出的原子类型和数目自动优化出对称性吗？
3 同上问题，我不知道 ...

那请问rprim这个参数的用处是什么呢？我看指南上说的是时空间到原胞的转换矩阵。请能详细解释下吗，我看一般好像都设置成一个单位阵。
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6楼2011-09-25 14:39:59
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mazuju028

木虫 (正式写手)
★
pariah(金币+1):谢谢参与
引用回帖:
6楼: Originally posted by pariah at 2011-09-25 14:39:59:
那请问rprim这个参数的用处是什么呢？我看指南上说的是时空间到原胞的转换矩阵。请能详细解释下吗，我看一般好像都设置成一个单位阵。

rprim就是定义晶胞三个位矢的方向啊，不一定位单位矩阵的，只有立方晶系才是单位矩阵。另外一般优化过程，对称性是不会变的。
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7楼2011-09-25 22:00:10
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pariah

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
7楼: Originally posted by mazuju028 at 2011-09-25 22:00:10:
rprim就是定义晶胞三个位矢的方向啊，不一定位单位矩阵的，只有立方晶系才是单位矩阵。另外一般优化过程，对称性是不会变的。

谢谢回复～我看在ICSD中是不是用Red trans 来给出原胞的三个方向了。也就是对应着abinit中的rprim。
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8楼2011-09-26 09:42:45
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ljludwig

新虫 (初入文坛)
★ ★ ★
pariah(金币+1): 谢谢参与
xueht987: 金币+2, 谢谢回帖，鼓励交流！ 2012-06-27 14:45:44
1 在我计算一个晶体时怎么定义这个晶体的对称性？是通过rprim这个参数吗？
a: 晶体对称性是通过spgroup给出的，从1-230对应什么对称性，参见这里
http://www.abinit.org/documentat ... pgrdescription.html
对于同一个spgroup 的axis方向，用另一个参数spgaxor 给出，有时也用到brvltt和spgorig。
对于一个空间群，这四个参数可以完全确定晶体对称性。
此时，不必使用rprim.

2 如果我并不知道我要计算的晶体对称性应该如何操作，abinit会根据我给出的原子类型和数目自动优化出对称性吗？
如果不知道对称性，可以到这里去查对称性：http://cst-www.nrl.navy.mil/lattice/，或者找文献查出对称性。
Abinit会根据你的acell, rprim和原子的坐标(xcart或者xred/xangst)自动得出对称性，只要查一下输出文件(.out)，找到spgroup对应的数字（1-230）即可

3 同上问题，我不知道我要算的晶体各个原子的坐标位置也可以随便给让后让它自己relax吗？

没太看懂，没有原子坐标你要计算的是什么？可否给个input file看一下？我印象中原子坐标是个必要的输入参数（就好比精度控制也是必须输入的一样）
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9楼2012-06-26 23:41:23
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