24小时热门版块排行榜    

北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
查看: 472  |  回复: 0

jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

[求助] NAMD Pressure profile calculations

请教各位使用NAMD技术pressure profile 的问题,
NAMD的UG http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.8/ug/node70.html 这里介绍的脚本,我使用运行的时候得到的数据都是这样的:
PPROFILENONBONDED: 260000 -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND
PRESSUREPROFILE: 260000 -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND

我的做法是先给定一个 SurfaceTensionTarget 运行50ns ,保存轨迹文件
然后使用UG提供的脚本运行计算得到Pressure profile

我这样做是对的吗?
还有个问题,在NAMD中如何设置 “area per phospholipid ”
我想要得到DPPC膜的 pressure-area  isotherms ,谢谢各位。

感谢各位多多指教!
回复此楼

» 猜你喜欢

已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

智能机器人

Robot (super robot)

我们都爱小木虫

相关版块跳转 我要订阅楼主 jiaoyixiong 的主题更新
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[考研] 085600,320分求调剂 +14 大馋小子 2026-04-04 15/750 2026-04-04 16:27 by 无际的草原
[考研] 085701求调剂 +7 龚禹铭 2026-04-04 8/400 2026-04-04 13:49 by 小小树2024
[考研] 一志愿085404,总分291,四级已过,求调剂 +5 阿俊阿俊阿俊 2026-04-04 7/350 2026-04-04 13:23 by 莲菜就是藕吧
[考研] 材料调剂 +17 一样YWY 2026-04-02 18/900 2026-04-04 11:14 by 猪会飞
[考研] 292分,材料与化工,申请调剂 +21 程晴之 2026-04-01 25/1250 2026-04-04 11:01 by hmn_wj
[考研] 085600材料与化工调剂 +26 kikiki7 2026-03-30 27/1350 2026-04-04 09:18 by qlm5820
[考研] 085400电子信息319求调剂(接受跨专业调剂) +4 星星不眨眼喽 2026-04-03 5/250 2026-04-04 05:12 by gswylq
[考研] 070300一志愿211,312分求调剂院校 +16 小黄鸭宝 2026-03-30 16/800 2026-04-03 19:53 by lijunpoly
[考研] 303求调剂 +9 DLkz1314. 2026-03-30 9/450 2026-04-03 18:34 by ls刘帅
[考研] 285求调剂 +5 AZMK 2026-04-03 8/400 2026-04-03 18:17 by AZMK
[考研] 材料与化工调剂一志愿大连海事085600,349 +11 吃的不少 2026-03-30 11/550 2026-04-03 18:05 by Jimmyandyou
[考研] 学硕机械工程303求调剂 +6 无名所以叫吴明 2026-03-30 7/350 2026-04-03 16:48 by asdfzly
[考研] 285求调剂 +6 FZAC123 2026-03-30 6/300 2026-04-03 12:22 by xingguangj
[考研] 298分 070300求调剂 +11 zwen03 2026-04-02 11/550 2026-04-03 10:19 by macy2011
[考研] 311求调剂一志愿合肥工业大学 +15 秋二十二 2026-03-30 15/750 2026-04-03 10:19 by linyelide
[考研] 材料化工340求调剂 +5 jhx777 2026-03-30 5/250 2026-04-02 12:45 by smileboy2006
[考研] 材料工程322分 +8 哈哈哈吼吼吼哈 2026-04-01 8/400 2026-04-02 11:53 by 3041
[考研] 一志愿北交大材料工程总分358 +3 cs0106 2026-04-02 5/250 2026-04-02 11:37 by olim
[考研] 一志愿西安交大材料学硕(英一数二)347,求调剂到高分子/材料相关专业 +7 zju51 2026-03-31 9/450 2026-04-01 19:35 by CFQZAFU
[考研] 085602 化学工程专硕 340分求调剂 +4 qianbai11 2026-03-29 4/200 2026-03-30 11:34 by 唐沐儿
信息提示
请填处理意见