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jiaoyixiong

荣誉版主 (职业作家)

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[求助] NAMD Pressure profile calculations

请教各位使用NAMD技术pressure profile 的问题，
NAMD的UG http://www.ks.uiuc.edu/Research/namd/2.8/ug/node70.html 这里介绍的脚本，我使用运行的时候得到的数据都是这样的：
PPROFILENONBONDED: 260000 -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND
PRESSUREPROFILE: 260000 -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND -1.#IND

我的做法是先给定一个 SurfaceTensionTarget 运行50ns ,保存轨迹文件
然后使用UG提供的脚本运行计算得到Pressure profile

我这样做是对的吗？
还有个问题，在NAMD中如何设置 “area per phospholipid ”
我想要得到DPPC膜的 pressure-area isotherms ，谢谢各位。

感谢各位多多指教！

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