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关于分子在表面模拟的若干问题
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假设CO2分子在Ni（110）表面的吸附模拟，希望能够回答以下几个问题： 1 CO2在与Ni（110）表面之间的距离怎么确定？是随便选择一个距离，还是有其具体值？ 2 添加CO2分子的时候，需要将其键修改成双键或者离域键，又或者直接加上不用修改（在materials studio的castep练习中，在模拟CO在Pt表面的吸附时，直接加了C和O原子，没有改变其键的种类）？ 3在构型优化中，是把优化后的CO2分子放在优化后的Ni表面，还是将未优化的CO2放在未优化的Ni表面，然后优化？ 4 在优化时，对称操作的作用意义在哪里？ 还望各位多多交流，小弟不甚感激！ |
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对各个答案的一个整理 回答： 1 距离的确定一般在各自的原子半径和共价半径之间选择，越接近真实值，计算时间越短，如果超出一定限制，太远或者太近，也会发生不真实的结果。这个可以在小体系做些实验，然后再在大系统中使用。 2 还是不太确定。有老师说，直接加上就可以，软件应该会默认是CO2分子。这个暂时不太确定，再试试看。 3 都可以。优化后加入CO2，可以剩下一些运算的时间。不过有时候，体系变化太多的话，不好将CO2放在具体的吸附位置上。依据具体的体系而定。 4 一般对称性操作可以减少运算的时间。我算了下有对称性和没有对称性时候的比较，基本上没有太多的变化，除了运算时间外。（在MS中，show symmetry显示的是体系以前的对称性，所以加入CO后，需要find。当find架应用之后，再显示的话，就是新的对称性了。） |
11楼2011-09-01 16:27:58
wydzyx2003
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2楼2011-08-29 23:57:49
hakuna
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franch(金币+3): 谢谢回帖交流 2011-08-30 11:13:02
franch(金币+3): 谢谢回帖交流 2011-08-30 11:13:02
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假设CO2分子在Ni（110）表面的吸附模拟，希望能够回答以下几个问题： 1 CO2在与Ni（110）表面之间的距离怎么确定？是随便选择一个距离，还是有其具体值？ 这个只能大致估计，CO2以分子态吸附，比较弱，吸附原子与表面原子间距可考虑为范德华半径和；注意各种可能吸附构型！如果一别C=O键打开后吸附，距离可能稍短点； 2 添加CO2分子的时候，需要将其键修改成双键或者离域键，又或者直接加上不用修改（在materials studio的castep练习中，在模拟CO在Pt表面的吸附时，直接加了C和O原子，没有改变其键的种类）？ 这个不重要，距离是关键； 3在构型优化中，是把优化后的CO2分子放在优化后的Ni表面，还是将未优化的CO2放在未优化的Ni表面，然后优化？ 都可以。一般先优化表面，在放吸附物优化，顺带考察吸附对表面的影响； 4 在优化时，对称操作的作用意义在哪里？ 省时间+你自己想要的构型 |
3楼2011-08-30 06:30:08
【答案】应助回帖
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zhxbaig(金币+10): 谢谢您的回答 2011-08-30 08:19:36
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-08-30 11:14:00
zhxbaig(金币+2): 谢谢 2011-11-13 16:41:44
zhxbaig(金币+10): 谢谢您的回答 2011-08-30 08:19:36
franch(金币+2): 谢谢回帖交流 2011-08-30 11:14:00
zhxbaig(金币+2): 谢谢 2011-11-13 16:41:44
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第一，二氧化碳与镍之间有一个大概距离可以在文献里查到，用这个距离在优化是比较快，而且分子不容易变形。 第二，我个人认为这个不需要修改，直接加就可以了。 第三，我一般在优化的时候，都是先加后优化，不过你也可以，先优化，再加，在优化 。 第四，在优化时对称操作可以使分子更快的找到能量最低点，达到稳定结构，节约时间。 以上是我自己的看法，如有不对还望各位斧正。 |
4楼2011-08-30 07:18:32
