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Diamond中作未知晶向的直线
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Preface：记得很久以前，见过网友问过过两个原子中点与另外一个原子作一条直线，当时没能解决，现琢磨出来拿给大家共享，希望对大家有用。 这里拿赤铁矿【Hematite：Fe2O3, trigonal, R -3 c (167)】作例子讲解，见上图，过紫色Fe原子（紫铁）和蓝色O原子（蓝氧）中点与淡蓝色Fe原子（淡蓝铁）作直线。 1，查看紫铁和蓝氧的晶体坐标（Crystal coordination）分别为：1.00000, 0.00000, 0.35530和0.97266, 1/3, 0.08333。把鼠标放置在原子上，会显示出坐标，或者点击原子，右边Properties处选择Object info，下面有Crystal coordination。 2，则紫铁和蓝氧原子的中点坐标为（中点坐标公式，别告诉我不会）：0.98633, 0.166666667, 0.219315。这里尽量多保留小数点位数，这样会更加准确。 3，点击Structure---Atomic Parameters---左边的 Insert---Element中随便输入元素符号比如H；Symbol中填H1；Oxidation中1；S.O.F.中1，Attached不用管；Position不用管；X，Y，Z中分别填入上述坐标值，Site不用管。OK。 4，测量紫铁和蓝氧的距离，得4.1172埃，点击Build---Connectivity（或者直接点下面的带问号的图标），调节Fe和H的键合距离，点击H+1 Fe+3一栏并在前面打钩，调节下面的距离使两条红线分别居于2.0586埃两侧，并把其他的钩都去掉，OK。 5，点击紫铁后，同时按Shift+Ctrl+S（或下面的Fill Coordination Spheres Directly），紫铁链接了三个白色的H原子（添加的H原子会在晶胞中所有等效位置出现），其中紫铁和蓝氧中间的H就是二者的中点位置（测一下距离便知）。 6，点击此H原子，按住Ctrl点击淡蓝铁，Objects---Lines---Create Line Through Atoms，Ok，出现所要的直线了，至于多余的其他H原子删除即可，这里只是为了做出这条直线而添加额外原子。 7，原则上，在任意可计算出坐标的位置都能添加原子，因而能作想要的直线。  PS： i, 由于Diamond中坐标均为有限位有效数字，所以作出的线会有稍微误差，比如Fe-H-O角为179.999°而非180.000°。误差为0.00055556%，呵呵。 ii, 此贴原创，转载请注明！ [ Last edited by febnix on 2011-8-25 at 23:57 ] |
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