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tuobaohua

荣誉版主 (文坛精英)

[交流] 怎样判断细菌属于哪个种？

RT
做16S rDNA同源性分析，然后NCBI比对，发现有几个种和目标菌株的同源性一样高，都超过99%，然后构建系统发育树，目标菌还是没有和其中某一个处在同一个分支，请问这种情况下再怎么做可以判断细菌属于哪个种?
有看到DNA-DNA杂交的，有人知道这个俺们？
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1楼 2011-08-15 17:21:35
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wolfebst

至尊木虫 (职业作家)
★
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tuobaohua(金币+2): 从未用过，能否指点一二？？ 2011-08-16 14:42:18
去RDP II数据库判断一下就好
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2楼2011-08-16 13:24:23
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wolfebst

至尊木虫 (职业作家)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
tuobaohua(金币+1): 好的，非常谢谢 2011-08-17 07:47:20
去google或者baidu上搜索RDP，关键词就是RDP，然后按照说明把16S rDNA的序列输入就可以了
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3楼2011-08-16 16:00:44
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lkphg

金虫 (小有名气)
★
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tuobaohua(金币+2): 觉得生理生化试验好玄乎啊，感觉那些都没什么用，呵呵 2011-08-17 07:47:09
引用回帖:
1楼: Originally posted by tuobaohua at 2011-08-15 17:21:35:
RT
做16S rDNA同源性分析，然后NCBI比对，发现有几个种和目标菌株的同源性一样高，都超过99%，然后构建系统发育树，目标菌还是没有和其中某一个处在同一个分支，请问这种情况下再怎么做可以判断细菌属于哪个种?
...

LZ还需要结合细菌形态特征，再做个生理生化鉴定才可判断细菌属于哪个种。
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4楼2011-08-16 23:32:18
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