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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » Gaussian » 判断自由基位置
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liuyusuc

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1楼 2011-08-13 19:11:33
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quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子
★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-08-14 23:17:49
zhou2009:编辑内容 2011-08-15 14:28
如果用Gaussian计算的话，理论上不可能得出所谓“准确的自由基位置”，因为如果使用分子轨道理论，则电子分布都是离域的，计算结果中基本上不可能出现像有机教科书上所标示的那样，在某个原子上给你一个点来表示一个单电子（自由基）的存在，我们对这种点的期望都有机教科书害的。
但是，大致估计单电子的主要分布区域还是可以的——电负性较大的原子上出现较大的单电子自旋密度的可能性较大，这要通过计算才能得出。

[ Last edited by zhou2009 on 2011-8-15 at 14:28 ]
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2楼2011-08-14 09:42:56
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quantumor

金虫 (著名写手)

快乐兔子
第二行的“都”字后面应加一个“是”字。
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3楼2011-08-14 09:44:34
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liuyusuc

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4楼2011-08-15 12:29:39
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quantumor

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快乐兔子
★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-08-15 15:50:02
Gaussian直接做单点计算，或优化计算，都可在输出文件中找到单电子的离域分布形式。
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5楼2011-08-15 15:45:15
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sobereva

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★ ★ ★ ★ ★
zhou2009(金币+5): 2011-08-16 08:54:09
实际上这和用什么形式去计算并没有直接关系，分子轨道理论的离域性绝对不能和电子的离域性划等号。如果体系内确实有某个电子完全定域在某个区域内，那么即使是分子轨道计算，也绝对会有一条轨道定域在那个区域内。例如原子内层电子的定域性非常高，接近完美定域，因此用分子轨道计算，比如计算HCN，就会看到能量最低的两个分子轨道分别是N和O的内层原子轨道，显然不是离域的。（对于含有高对称性的分子，虽然描述原子内层轨道的分子轨道由于对称性会同时离域到多个原子上，但是通过酉变换仍然可以变换成几乎完全定域各个原子内层区域的轨道）
无论是各种类型后HF计算、VB计算、乃至QMC计算，做到极限精确，最终都能得到相同的对儿相关函数。单电子是否是完全定域在一个区域内，只有从对儿相关函数的角度分析才是有物理意义的（可参见http://hi.baidu.com/sobereva/blo ... 7954dca7ef3f8e.html）。另外，电子是没有确切位置的，只能说电子活动区域完全局限（这种情况只有在孤立体系才会有）或主要局限在某个区域内。而对于自由基，所谓的“单电子位置”，只不过是指在那块区域内有较大几率只出现一个电子。
最省事的寻找单电子主要出现位置的办法就是绘制自旋密度图，也可以看自旋密度布居。还可以再绘制ELF/LOL函数图与自旋密度图相结合来分析，这样物理意义更清晰。
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liuyusuc
7楼2011-08-16 01:13:08
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8楼2011-08-17 20:11:54
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sobereva

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★ ★
zhou2009(金币+2): 2011-08-18 18:25:14
自旋密度用gview就可以绘制。
Multiwfn (multiwfn.codeplex.com)既可以绘制自旋密度图也可以绘制ELF/LOL图，在其手册里有实例。需要载入高斯等程序输出的波函数。
我在论坛里发的《电子定域性的图形分析》也可以作为参考
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9楼2011-08-18 02:47:10
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liuyusuc

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