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tlger

金虫 (小有名气)

[求助] density profile如何得到

在动力学模拟dynamics以后，现在有各原子的坐标等数据，如何得到原子的density profile密度分布曲线呢？

[ Last edited by tlger on 2011-8-12 at 19:06 ]
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1楼 2011-08-12 19:04:00
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527751273

银虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
zh1987hs(金币+2): 谢谢 2011-08-13 11:24:13
tlger(金币+5): 谢谢！ 2011-08-14 19:40:15
引用回帖:
1楼: Originally posted by tlger at 2011-08-12 19:04:00:
在动力学模拟dynamics以后，现在有各原子的坐标等数据，如何得到原子的density profile密度分布曲线呢？
[ Last edited by tlger on 2011-8-12 at 19:06 ]

是图片显示的么？
为什么不直接用castep，或者forcite得到。。。
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3楼2011-08-12 20:30:58
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
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bay__gulf

金虫 (著名写手)

刘苏州

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zh1987hs(金币+10, 模拟EPI+1): 谢谢 2011-08-13 11:24:07
tlger(金币+5): 谢谢！ 2011-08-14 19:40:00
今天刚写的脚本, 可以参考一下
CODE:
set firstframe 500
set lastframe [molinfo top get numframes]

set ooo [atomselect top "name OW"]
set totalo 0

for {set h 40 } { $h <= 200 } { incr h } { set count($h) 0 }
# 0.4 to 2.0 nm step by 0.01

for { set f $firstframe} { $f < $lastframe } { incr f } {
    $ooo frame $f
    foreach z [$ooo get z] {
            incr count([expr round($z*10)]) ;# z in Ang
                if {$z < 20.0} {incr totalo}
}   }

set outf [open "profile.dat" w]
for {set h 40 } { $h <= 200 } { incr h } {
    puts $outf [format "%.2f\t%8.6f" [expr $h/100.0] \
        [expr 1.0*$count($h)/$totalo]]
}
close $outf
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2楼2011-08-12 19:40:18
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