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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 生物科学 » 向genbank提交序列之后，收到一信件，需要提供有关样品的信息？有人遇到过么？救赎
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feiye2214

木虫 (正式写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by xiying8009 at 2012-02-21 15:38:04:
楼主，我又核对了一遍序列，方向和起始啥的都没有问题。
而且线粒体COI基因按理说应该全是编码区。
我把blast出来的近缘序列放在MEGA里边校对，也出现了好多*，但是这些序列在NCBI里边的CDS区域都翻译的好好呀！ ...

那你把对应的近缘序列和其CDS翻译出来的序列，一个一个对对，看看为什么
是不是内含子很杂很多啊，要扣掉啊
我之前做的功能基因，没涉及线粒体基因
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11楼2012-02-21 20:10:40
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miaohuijun66

新虫 (初入文坛)
★
wizardfan: 金币+1, 谢谢参与 2013-01-31 08:00:03
我提交序列也遇到了这个问题，请问这个编号怎么编？回复的时候，内容只写这个编号就行了吗？
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12楼2013-01-29 10:10:11
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feiye2214

木虫 (正式写手)
引用回帖:
1682294楼: Originally posted by miaohuijun66 at 2013-01-29 10:10:11
我提交序列也遇到了这个问题，请问这个编号怎么编？回复的时候，内容只写这个编号就行了吗？

自己编一个号就行了，譬如采用点啊，菌株名称次序啊什么的，这个不是重要的
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13楼2013-01-29 13:16:34
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412667449

新虫 (正式写手)
我也遇到了这个问题，可不可以不回复这个邮件。我没有编号，就是克隆了一个与的基因而已
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14楼2014-01-15 18:40:13
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feiye2214

木虫 (正式写手)
引用回帖:
14楼: Originally posted by 412667449 at 2014-01-15 18:40:13
我也遇到了这个问题，可不可以不回复这个邮件。我没有编号，就是克隆了一个与的基因而已

回复一下吧，随便编个编号，譬如2014A-12，哈哈
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15楼2014-01-22 23:28:16
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wangjunnan

新虫 (初入文坛)
送红花一朵
楼主，我也是第一次提交序列，也遇到了这样的问题，你是怎么回复的，能给个模板参考参考吗?
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16楼2015-05-13 12:41:20
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常用金属盐

木虫 (小有名气)
引用回帖:
2楼: Originally posted by zemin_fang at 2011-08-10 11:23:13
主要是提供你递交的序列原始来源菌株的名称，如果是克隆，给你的克隆起个名字，以保证你的序列名称在genbank'中是唯一的。

你好：
     阅读你之前的帖子，感觉你在微生物方面很专业，所以想请教个问题。我向NCBI提交序列后，也收到了一封关于样品信息的回信，由于我第一次弄不太懂，能否麻烦你帮忙看一下吗！谢谢！以下是genbank的回信：
[1] Is this sequence from:

  a) a purified culture that contains only one microbial species or a vouchered specimen

  b) enrichment culture: use of selective culture media to enrich for a set
     of microorganisms with a particular phenotypic property, resulting in
     a partially purified, mixed culture. Do not choose this option
     for a purified strain or vouchered specimen.                           

  c) bulk environmental DNA (no cultures or other vouchers available):
     PCR-amplified directly from source/host DNA.

   If this is from bulk environmental DNA, was it amplified using:
          i) universal primers - amplifies DNA from a broad range of organisms
          or
          ii) species-specific primers - amplifies DNA from a single species
         
[2] Provide a clone/isolate/strain/specimen voucher or other unique identifier
for your record, using accepted biorepository acronyms where possible.  

[3] Provide additional details describing the environmental conditions and
geographic location where this sequence or organism was isolated.

Send your response to:  gb-admin@ncbi.nlm.nih.gov

If we do not hear from you by Jul  1, 2015, all of your submission(s) will
be deleted from the processing queue.

For your reference, please find your preliminary flatfile below
with the information we currently have.
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17楼2015-06-22 22:07:21
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stone2239

铁杆木虫 (著名写手)
引用回帖:
10楼: Originally posted by xiying8009 at 2012-02-21 15:38:04
楼主，我又核对了一遍序列，方向和起始啥的都没有问题。
而且线粒体COI基因按理说应该全是编码区。
我把blast出来的近缘序列放在MEGA里边校对，也出现了好多*，但是这些序列在NCBI里边的CDS区域都翻译的好好呀！这 ...

密码子的通用性及特殊性问题。是你选错遗传密码表了吧？线粒体基因组的密码表和通用密码表是不一样的。
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18楼2015-06-23 01:27:12
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zemin_fang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
17楼: Originally posted by 常用金属盐 at 2015-06-22 22:07:21
你好：
     阅读你之前的帖子，感觉你在微生物方面很专业，所以想请教个问题。我向NCBI提交序列后，也收到了一封关于样品信息的回信，由于我第一次弄不太懂，能否麻烦你帮忙看一下吗！谢谢！以下是genbank的回信 ...

你好，主要是3个问题：
1，你的DNA样本的来源来源，是纯培养，富集培养还是大规模的环境基因组DNA，按要求选择其一即可。
2，给你的序列一个唯一的标识号，并在以后发文章的时候尽可能使用这个编号。
3，提供样品来源的环境信息，如样品来源于土壤，采集位置的地理信息，如经纬度等。尽可能丰富吧。
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常用金属盐
19楼2015-06-23 09:43:09
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常用金属盐

木虫 (小有名气)
送红花一朵
引用回帖:
19楼: Originally posted by zemin_fang at 2015-06-23 09:43:09
你好，主要是3个问题：
1，你的DNA样本的来源来源，是纯培养，富集培养还是大规模的环境基因组DNA，按要求选择其一即可。
2，给你的序列一个唯一的标识号，并在以后发文章的时候尽可能使用这个编号。
3，提供样 ...

好的，非常感谢！
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20楼2015-06-24 09:11:52
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