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yanfeier金虫 (小有名气)
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[求助]
底物结构式的分析
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这里有没有人清楚： 如果用同一种酶去催化或者水解某些化学结构式不同的糖苷，这些糖苷的结构不同，会引起不同的水解效率，这不同的水解效率是有不同结构式怎么引起的，有了解的给具体的分析一下吧。 比如β-D-葡萄糖苷和β-D-半乳糖苷，用同一种糖苷酶去水解他们的时候会有不同的水解效率，那这不同的水解效率是这两种不同的糖苷不同结构怎么起作用引起的。（是空间位阻或者什么，我自己不懂化学，可能问的比较啰嗦或不得当） 期待给为给予指导，谢谢 |
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 【分子生物】EPI帖 |
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gwbk
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【答案】应助回帖
yanfeier(金币+3): 2011-10-07 20:26:40
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补充一点：关于催化机制 β半乳糖苷酶、溶菌酶属于诱导契合型催化机制，同时也是广义的酸碱催化，具体来说： 1，β半乳糖苷酶：在底物乳糖存在下，酶的荧光光谱发生显著变化，这种变化是乳糖诱导引起的，酶蛋白的构象改变有利于活性中心与底物的结合和催化反应的进行。 2，溶菌酶：可以容纳6个糖残基，其中第四个糖残基D环因为空间的原因，必须由正常的椅式变形为能量较高的半椅式，糖苷键稳定性降低，键由此断裂。 3，广义的酸碱催化：这个在水解反应中不难理解，通过H+或OH-以及能提供H+或OH-供体进行催化的反应称为总酸碱催化，或者广义酸碱催化。溶菌酶中，提供H+的是Glu。 4，β半乳糖苷酶：以半乳糖衍生物为参照，不同的配基与半乳糖苷酶结合引发的酶的构象变化和底物形变是不同的，催化效率也是不同的。 |
4楼2011-08-06 02:47:52
gwbk
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【答案】应助回帖
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dhd997(金币+5, MolEPI+1): good 2011-08-07 15:44:34
yanfeier(金币+2): 2011-10-07 20:26:27
yanfeier(金币+10): 2011-10-27 14:19:01
dhd997(金币+5, MolEPI+1): good 2011-08-07 15:44:34
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yanfeier(金币+10): 2011-10-27 14:19:01
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还是没人帮你啊~真纠结！ 怎么说呢，这个问题比较复杂的 1，β-D-葡萄糖苷和β-D-半乳糖苷是包含与被包含的意思；也就是说β-D-葡萄糖苷酶可以分为纤维二糖酶：Glcβ（1-4）Glc、龙胆二糖酶：Glcβ（1-6）Glc、半乳糖苷酶Galβ（1-4）Glc等等。有些α葡萄糖苷酶水解还原性末端葡萄糖如水解1，4-α-D-葡萄糖，同时具有水解1，6-α-D-葡萄糖特性；可以水解Glcα（1-4）Glc，也可以水解Galα（1-4）Glc等。 2，酶识别糖苷键，主要是通过识别不同的单糖分子、单糖在复合物中的构象：呋喃型和吡喃型，α和β型来实现的，不同单糖分子、吡喃呋喃构型就不多说了，α和β说一下：异头碳的构型对寡糖分子形状影响很大，而分子形状涉及能否被酶识别，例如催化麦芽糖（α糖苷键）和纤维二糖（β糖苷键）水解需要不同的酶，虽然两者都是D-葡萄糖通过1-4连接的二聚体。 |
2楼2011-08-06 00:03:34
jinkui960
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dhd997(金币+5, MolEPI+1): good 2011-08-07 15:44:50
yanfeier(金币+5): 2011-10-07 20:26:34
dhd997(金币+5, MolEPI+1): good 2011-08-07 15:44:50
yanfeier(金币+5): 2011-10-07 20:26:34
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根据我们做丝氨酸蛋白酶的经验，丝氨酸蛋白酶有四个底物结合口袋，这四个底物口袋分别和底物分子的不同原子发生作用，当同一种蛋白酶催化不同的底物分子的时候，底物分子的原子大小、电荷等性质都决定了它是否能进入酶的底物结合口袋，和底物结合口袋最适合的底物能优先和蛋白酶结合，蛋白酶对它的催化效率最高。 所以，针对你的问题： 如果用同一种酶去催化或者水解某些化学结构式不同的糖苷，这些糖苷的结构不同，确实会引起不同的水解效率，不同的水解效率是由不同底物的结构引起的，底物分子的结构决定了它是否能进入酶的底物结合口袋，从而发生催化反应。 酶的本质是蛋白质，它们的结构是相对稳定的，但是酶的结构也有一定的柔性，酶的底物结合口袋也会发生一定的变化，从而提高催化效率！ |
3楼2011-08-06 00:47:56
