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[交流]
四体力（扭曲势）Proper dihedrals的使用？
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之前我都用的是improper dihedrals，V=k(Φ-Φs)^2，自己写TOP文件。 现在由于计算不一样了，看到好多都用Proper dihedrals，在Gromacs中，扭曲势（二面角）Proper dihedrals形式为：V=k(1+cos(n*Φ-Φs))， 这形式里多了个n, 至于Φs我已经在Proper dihedrals计算出来，并已经很好使用，那么这个n又该怎么与角度Φs对应呢，请高手给予指点，先谢了！ 原来用improper dihedrals具体top为如下（下面是C60部分四体势），那么要用proper dihedrals时，这个n应该为什么，请高手指点 [ dihedrals ] ;ai aj ak al fu Φs k n 1 2 3 4 2 0.0000000 167.434 ? 1 2 3 9 2 142.6213226 167.434 ? 1 2 8 11 2 138.2118835 167.434 ? 1 2 8 20 2 0.0197824 167.434 ? 1 5 4 3 2 0.0197824 167.434 ？ 1 5 4 10 2 142.6192780 167.434 ？ 1 5 6 16 2 138.2230072 167.434 ？ 1 5 6 17 2 0.0000000 167.434 ？ 1 7 18 17 2 0.0279765 167.434 ？ 1 7 18 22 2 142.6434479 167.434 ？ 1 7 19 20 2 0.0279765 167.434 ？ 1 7 19 21 2 142.6267548 167.434 ？ 2 1 5 4 2 0.0000000 167.434 ？ 2 1 5 6 2 142.6210175 167.434 ？ 。。。。。。。。  |
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