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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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xiaoxixi448

银虫 (小有名气)

[求助] 正己烷键长的fix shake 限制

正己烷模拟中采用联合原子模型,把CH2和CH3均看做单点CH3-CH2-CH2-CH2-CH2-CH3.模拟中我要固定分子中的所有键长为1.54A.
使用data中将正己烷中的所有键定义为同一种该类型。使用命令: fix 1 all shake 0.0001 20 0 b 1 时候报错:Shake clusters are connected。
查了相关资料。lammps手册中说“This means water molecules or CH2 or CH3 groups may be constrained, but not all the C-C backbone bonds of a long polymer chain. ”。,是不是意思关于这种c-c长链不能有fixshake 呢。。。。望坛友们提出建议???
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呵呵
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维特的日记

木虫 (小有名气)

请问你解决这个问题了吗 我最近也是模拟烷烃 用联合力场 需要规定键长1.54A

[ 发自手机版 http://muchong.com/3g ]
2楼2015-08-10 21:27:24
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龙也乐逍遥

金虫 (初入文坛)

引用回帖:
2楼: Originally posted by 维特的日记 at 2015-08-10 21:27:24
请问你解决这个问题了吗 我最近也是模拟烷烃 用联合力场 需要规定键长1.54A

同样采用联合原子力场 固定键长键角 也遇到相似的问题 想问一下 你解决了吗
3楼2016-10-19 15:51:41
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