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xiaoxixi448银虫 (小有名气)
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正己烷键长的fix shake 限制
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正己烷模拟中采用联合原子模型，把CH2和CH3均看做单点CH3-CH2-CH2-CH2-CH2-CH3.模拟中我要固定分子中的所有键长为1.54A. 使用data中将正己烷中的所有键定义为同一种该类型。使用命令： fix 1 all shake 0.0001 20 0 b 1 时候报错：Shake clusters are connected。 查了相关资料。lammps手册中说“This means water molecules or CH2 or CH3 groups may be constrained, but not all the C-C backbone bonds of a long polymer chain. ”。，是不是意思关于这种c-c长链不能有fixshake 呢。。。。望坛友们提出建议？？？ |
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