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vigaryang

木虫 (正式写手)

[求助] 如何利用刚性扫描改变复合物的构型

在研究两个分子A和B的相互作用时，需要先得到由这两个分子形成的复合物的最优构型。在通常情况下，我会通过将分子A放在分子B四周不同位置得到多个初始构型，再分别进行高斯计算得到。然而，由于这次要计算的两个分子都比较大，难以做到对大量的初始构型进行优化计算，因此打算利用刚性扫描筛选出一到数个较为合适的初始构型。在扫描中，需要改变分子A作为一个整体相对于分子B的位置。但是，我在查阅高斯指南对scan关键词的介绍时，发现只给出了扫描键长、二面角等局域几何参数的例子，而没有给出扫描某个片段整体位移的方法。因此，想请教各位，对于我这种情况，scan的输入文件应当怎样编辑？谢谢！
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1楼 2011-07-10 00:07:57
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独孤狼

金虫 (正式写手)

独行者

【答案】应助回帖

★ ★
gmy1990(金币+2): 2011-07-10 10:20:56
vigaryang(金币+5): 2011-07-11 09:39:31
vigaryang(金币+5): 2011-07-12 17:31:41
用z-matrix坐标，scan你想要的键长或者键角以及二面角。
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轮回的过往，注定的未来；独孤的行者，孤独的路途……
2楼2011-07-10 01:35:59
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921
引用回帖:
Originally posted by 独孤狼 at 2011-07-10 01:35:59:
用z-matrix坐标，scan你想要的键长或者键角以及二面角。

孤独狼：你会用势能面扫描来判断两个反应是否是协同反应吗？
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为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能
3楼2011-07-10 21:05:58
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独孤狼

金虫 (正式写手)

独行者
引用回帖:
Originally posted by 游子8921 at 2011-07-10 21:05:58:
孤独狼：你会用势能面扫描来判断两个反应是否是协同反应吗？

理论上可以，但是我不会那么干，太耗机时了
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轮回的过往，注定的未来；独孤的行者，孤独的路途……
4楼2011-07-10 21:32:33
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vigaryang

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by 独孤狼 at 2011-07-10 01:35:59:
用z-matrix坐标，scan你想要的键长或者键角以及二面角。

谢谢回答，不过请问一下下面这段文献所描述的计算过程应当怎样实现，这篇文章是研究Emim+阳离子和F-阴离子之间的相互作用的，这段文字是在介绍复合物构型的优化方法：
The optimized geometry
and orientation (Z-matrix) for the Emim 1 cation was con-
strained (origin C2, C2 H2 defines z-axis, C2 H2 N1 defines
the xz plane) and an imaginary gridded box (1 Å spacing) was
constructed surrounding the cation, spanning approximately 2
Å away from the closest atom on each face. The atomic x and
z coordinates had ranges of ( 3.02 to 4.13) and ( 2.94 to
1.08), respectively. For the six box faces generated, the
fluoride ion (as defined by Cartesian coordinates) was allowed
to move to each position of the grid where a HF/STO-3G energy
was calculated.

不知上述计算方法应如何实现，如何在扫描中使用了网格，谢谢。
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5楼2011-07-11 19:42:10
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锋线杀手

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 独孤狼 at 2011-07-10 01:35:59:
用z-matrix坐标，scan你想要的键长或者键角以及二面角。

请问我在做柔性扫描的时候关键词怎样输入呢，我用的是
# opt=modredundant hf/6-31g(d,p) geom=connectivity
不知是否可以，我扫描的是一个键长，一共扫6步，但我用上述关键词扫完后，不知怎样处理了，恳请指教
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6楼2011-07-13 16:33:48
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独孤狼

金虫 (正式写手)

独行者
引用回帖:
Originally posted by 锋线杀手 at 2011-07-13 16:33:48:
请问我在做柔性扫描的时候关键词怎样输入呢，我用的是
# opt=modredundant hf/6-31g(d,p) geom=connectivity
不知是否可以，我扫描的是一个键长，一共扫6步，但我用上述关键词扫完后，不知怎样处理了，恳请指教

你想获得什么信息？
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轮回的过往，注定的未来；独孤的行者，孤独的路途……
7楼2011-07-13 16:57:39
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锋线杀手

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 独孤狼 at 2011-07-13 16:57:39:
你想获得什么信息？

我想获得分子以O-H键距离为变量的基态质子转移势能面曲线，所以我就扫描了O-H键长，但不知道怎样才能得到想要结果
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8楼2011-07-13 17:03:05
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独孤狼

金虫 (正式写手)

独行者
result里面就有，自己好好看看
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9楼2011-07-13 18:00:42
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锋线杀手

银虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by 独孤狼 at 2011-07-13 18:00:42:
result里面就有，自己好好看看

那我输入的关键词没错吗？？？我刚才找了一下，我用origin做了个图，感觉有差距啊。不知高人还有别的方法没，不胜感激。。。
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10楼2011-07-13 18:20:36
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