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vigaryang木虫 (正式写手)
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[求助]
如何利用刚性扫描改变复合物的构型
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| 在研究两个分子A和B的相互作用时，需要先得到由这两个分子形成的复合物的最优构型。在通常情况下，我会通过将分子A放在分子B四周不同位置得到多个初始构型，再分别进行高斯计算得到。然而，由于这次要计算的两个分子都比较大，难以做到对大量的初始构型进行优化计算，因此打算利用刚性扫描筛选出一到数个较为合适的初始构型。在扫描中，需要改变分子A作为一个整体相对于分子B的位置。但是，我在查阅高斯指南对scan关键词的介绍时，发现只给出了扫描键长、二面角等局域几何参数的例子，而没有给出扫描某个片段整体位移的方法。因此，想请教各位，对于我这种情况，scan的输入文件应当怎样编辑？谢谢！ |
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2楼2011-07-10 01:35:59
游子8921
铁杆木虫 (知名作家)
游子8921
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3楼2011-07-10 21:05:58
4楼2011-07-10 21:32:33
vigaryang
木虫 (正式写手)
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谢谢回答，不过请问一下下面这段文献所描述的计算过程应当怎样实现，这篇文章是研究Emim+阳离子和F-阴离子之间的相互作用的，这段文字是在介绍复合物构型的优化方法： The optimized geometry and orientation (Z-matrix) for the Emim 1 cation was con- strained (origin C2, C2 H2 defines z-axis, C2 H2 N1 defines the xz plane) and an imaginary gridded box (1 Å spacing) was constructed surrounding the cation, spanning approximately 2 Å away from the closest atom on each face. The atomic x and z coordinates had ranges of ( 3.02 to 4.13) and ( 2.94 to 1.08), respectively. For the six box faces generated, the fluoride ion (as defined by Cartesian coordinates) was allowed to move to each position of the grid where a HF/STO-3G energy was calculated. 不知上述计算方法应如何实现，如何在扫描中使用了网格，谢谢。 |
5楼2011-07-11 19:42:10
6楼2011-07-13 16:33:48
7楼2011-07-13 16:57:39
8楼2011-07-13 17:03:05
9楼2011-07-13 18:00:42
10楼2011-07-13 18:20:36
