24小时热门版块排行榜

返回列表

kehan_1230

铜虫 (小有名气)

应助: 0 (幼儿园)
金币: 110.5
散金: 143
红花: 2
帖子: 289
在线: 66.5小时
虫号: 839624
注册: 2009-09-03
专业: 高分子物理与高分子物理化

[交流] fix rigid 以及neigh_modify

体系：软链（chain）+硬棒（rod）
group rod type 1
group chain type 2

更新位置时使用如下fix：
fix             1 chain nve
fix             2 rod rigid molecule

按照手册中说：
For computational efficiency, you may wish to turn off pairwise and bond interactions within each rigid body, as
they no longer contribute to the motion. The neigh_modify exclude and delete_bonds commands are used to do
this.

体系中的硬棒没有定义成键关系，因此不存在使用delete_bonds命令。在保证其他所有命令和参数一致的情况下，我使用如下两种neigh_modify做测试：
（1）neigh_modify    delay 3 every 1
（2）neigh_modify    delay 3 every 1 exclude molecule rod（体系中包含很多个rod分子）
按照手册中的说法，上述两种neigh_modify之间只存在计算效率的问题，不会带来结果的差异。可是我跟踪了体系中rod的均方位移，发现两者不一致。
是不是我什么地方理解错了？
请各位指点……

回复此楼