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maad木虫 (小有名气)
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Siesta优化晶格常数时，真空层逐渐减小导致无法收敛
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各位， 小弟最近刚学siesta，优化了一个Graphene Nanogap的结构（如下图），其中H原子被固定住了以维持GAP的宽度，graphene位于XZ平面，X,Z方向取周期性。Y方向（垂直于graphene平面）取晶格常数为10A，以消除相邻周期间的相互作用。石墨烯中的初始C-C键长取1.42 A。  首先我固定晶格常数进行优化（MD.VariableCell 设为F），能正常收敛。 然后我将收敛后的坐标作为初始值，进行晶格常数的优化（MD.VariableCell 设为F），结果发现从第1步（CG move）到第106步都能正常进行，但是到第107步，从1~106离子步都比较正常，但是到第107步时，突然 dDmax变的很大，有时候甚至到100多，导致无法收敛。 如下： siesta: 275 -756667.1207 59357.5447 59357.4868 86.0287******** siesta: 276 -1936040.6264 116003.2422 116003.1869**************** siesta: 277 -1733352.0923 96502.0460 96502.0299**************** siesta: 278 -996802.5182 41563.9607 41563.9454944.3453******** siesta: 279 -680495.0336 26030.6389 26030.6263468.5206******** Applying kick at iscf: 280 Re-setting Pulay history siesta: 280 -538864.8988 19188.8921 19188.8700346.1468******** siesta: 281 -621959.5919 32974.9889 32974.9466472.5015******** siesta: 282 -492206.1270 27113.8935 27113.8453129.6775******** siesta: 283 -371698.4079 21917.1985 21917.1572100.0016******** 然后我发现了一个细节，每一个离子步输出的outcell: Unit cell vectors 的Y方向分量从一开始的10 逐渐减小，也就是相邻的石墨片之间的厚度在逐渐减小。这也许是导致不收敛的原因。 siesta 版本是3.0b。我用到fdf文件如下，感谢各位的帮忙。 #INPUT FOR BNC nanoribbon Jun. 2, 2008 ############################ #Genaral system descriptors# ############################ SystemName Nanogap SystemLabel Graphene_nanogap NumberOfAtoms 360 NumberOfSpecies 2 %block ChemicalSpeciesLabel 1 6 C 2 1 H # Species index, atomic number, species label %endblock ChemicalSpeciesLabel ################## #Basis definition# ################## User.Basis F # Default value User.Basis.NetCDF F # Default value PAO.BasisType split # Default value PAO.BasisSize STANDARD # Default value %block PAO.BasisSizes C STANDARD H STANDARD %endblock PAO.BasisSizes PAO.EnergyShift 0.02 Ry # Default value PAO.SplitNorm 0.15 # Default value %block PS.KBprojectors %endblock PS.KBprojectors %block PAO.Basis %endblock PAO.Basis ################################## #Lattice, coordinates, k-sampling# ################################## LatticeConstant 1.000 Ang AtomicCoordinatesFormat NotScaledCartesianAng AtomCoorFormatOut NotScaledCartesianAng LatticeConstant 1.000 Ang %block LatticeVectors 17.04000000 0.0000000000 0.0000000000 0.000000000 10.0000000000 0.0000000000 0.000000000 0.0000000000 68.332000000 %endblock LatticeVectors %block AtomicCoordinatesOrigin 0.00 0.00 0.000 %endblock AtomicCoordinatesOrigin %block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies 7.80995568 0.00000239 -32.92969107 1 1 C 4.97005576 -0.00000682 -32.92967832 1 2 C 。。。。。。。 -7.10028078 -0.00000162 34.16960127 1 359 C -1.41963336 -0.00000300 34.16958532 1 360 C %endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies kgrid_cutoff 10.00 Ang # Default value #%block kgrid_Monkhorst_pack # 1 0 0 0.0 # 0 1 0 0.0 # 0 0 10 0.0 #%endblock kgrid_Monkhorst_pack %block GeometryConstraints position from 169 to 184 %endblock GeometryConstraints ################ #DFT, Grid, SCF# ################ Harris_Functional F # Default value XC.Functional GGA XC.authors PBE SpinPolarized F # Default value NonCollinearSpin F FixSpin F # Default value TotalSpin 0.0 SingleExcitation F # Default value MeshCutoff 100.0 Ry # Default value MaxSCFIterations 300 # Default value DM.MixingWeight 0.01 # Default value DM.NumberPulay 6 # Default value DM.PulayOnFile F # Default value DM.NumberKick 5 # Default value DM.KickMixingWeight 0.20 # Default value DM.MixSCF1 T # Default value DM.Tolerance 0.0001 # Default value DM.InitSpinAF F %block DM.InitSpin %endblock DM.InitSpin MullikenInSCF F # Default value NeglNonOverlapInt F # Default value USE WITH CARE EggboxScale 1 eV ##################### #Eigenvalue problems# ##################### MD.TypeOfRun CG # Default value MD.VariableCell T # Default value MD.NumCGsteps 300 MD.MaxCGDispl 0.2 Bohr # Default value MD.PreconditionVariableCell 5.0 Ang MD.MaxForceTol 0.02 eV/Ang # Default value ################## #Parallel options# ################## BlockSize 8 ProcessorY 2 DiagMemory 2.00 # Default value DiagScale 1.25 TryMemoryIncrease T # Default value ParallelOverK T ################ #Output options# ################ LongOutput F # Default value WriteCoorStep T # Default value WriteCoorInitial T # Default value WriteKpoints T WriteForces T # Default value WriteDM T # Default value WriteBands F WriteKbands F WriteWaveFunctions F # Default value WriteMullikenPop 0 # Default value WriteCoorXmol F # Default value WriteCoorCerius F # Default value WriteMDhistory F # Default value WriteMDXmol T # Default value WarningMinimumAtomicDistance 1.0 Bohr # Default value AllocReportLevel 0 # Default value SignatureRecords F # Default value #################### #Saving and reading# #################### UseSaveData T DM.UseSaveDM T ON.UseSaveLWF T MD.UseSaveXV T MD.UseSaveCG T SaveHS F # Default value SaveRho F # Default value SaveDeltaRho F # Default value SaveElectrostaticPotential F # Default value SaveTotalPotential F # Default value SaveIonicCharge F # Default value SaveTotalCharge F # Default value [ Last edited by maad on 2011-6-28 at 21:21 ] |
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maad
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2楼2011-07-01 13:18:20