| 查看: 2192 | 回复: 8 | |||
| 当前只显示满足指定条件的回帖，点击这里查看本话题的所有回帖 | |||
shuifeng1988金虫 (小有名气)
木虫
|
[求助]
perl脚本求助，我想将一万多个文件从fasta格序，改为phylip4格式
|
||
| 求助，如何利用bioperl批量修改序列格式!我在iny文件夹中有一万多个.fasta文件，我想将它们修改序列格式为phylip4，并存在out文件夹中！我电脑上已经装好bioperl，请问怎么写脚本？？ |
回复此楼» 收录本帖的淘帖专辑推荐
 perl语言专栏 |
» 猜你喜欢
论文终于录用啦！满足毕业条件了
已经有10人回复
-
2025年遐想
已经有4人回复
-
投稿Elsevier的杂志（返修），总是在选择OA和subscription界面被踢皮球
已经有8人回复
-
自然科学基金委宣布启动申请书“瘦身提质”行动
已经有4人回复
-
求个博导看看
已经有18人回复
» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
- 求助有机牛人，有什么办法可以强有力的促进还原消除啊~~
已经有13人回复
- 求助：筛菌中有关试剂和培养基的问题
已经有1人回复
- 同个任务同样的节点数VASP4.6能算，而VASP5.2不能
已经有9人回复
- rtl格式的文件怎么打开？
已经有3人回复
- 参考文献格式求助
已经有6人回复
- 【分享】处理DOSCAR文件的脚本和程序
已经有19人回复
- 【求助】namd、vmd推荐个学习修改和编写脚本网站和地方吧
已经有3人回复
- 【求助】用vasp4.6计算GaAs的能带结构
已经有18人回复
dadalia
木虫 (小有名气)
- 应助: 3 (幼儿园)
- 金币: 5101.5
- 散金: 200
- 帖子: 160
- 在线: 320.1小时
- 虫号: 787534
- 注册: 2009-06-05
- 专业: 基因组学
【答案】应助回帖
★ ★ ★
感谢参与，应助指数 +1
shuifeng1988(金币+5): 2011-12-27 17:05:26
余泽成(金币+3): 谢谢参与应助！ 2011-12-29 21:50:12
感谢参与，应助指数 +1
shuifeng1988(金币+5): 2011-12-27 17:05:26
余泽成(金币+3): 谢谢参与应助！ 2011-12-29 21:50:12
|
#/usr/bin/perl use Bio::AlignIO; my @name = glob("*.fasta" ); foreach $name (@name) { $in = Bio::AlignIO -> new(-file => "$name", '-format' => 'fasta'); $out = Bio::AlignIO -> new(-file => ">..\\sequence03\\$name", '-format' => 'phylip'); while (my $aln = $in -> next_aln()) {$out ->write_aln($aln); } } |
7楼2011-12-27 17:03:22