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同个任务同样的节点数VASP4.6能算，而VASP5.2不能
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对24个原子的体系的结构优化任务，256个节点，VASP4.6可以计算，但VASP5.2（自旋轨道耦合版本）计算得到段错误提示： forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred。 用ulimit -a查了下stack size：无限制。 以前小体系的时候测试过，发现两个版本计算效率挺接近的，这次体系增大，同时增大节点数，发现很大差异，基本上VASP5.2很容易出现段错误提示。 看到wuli8版主的段错误一个贴，最终解决是在FLAG的选项中加入: -heap-arrays 64，而我的VASP5.2版本原来编译时候已经加入了这项： FFLAGS = -FR -lowercase -assume byterecl -heap-arrays 64 -I/opt/intel/mkl/10.2.1.017/include/fftw 其它编译参数： FC=mpiifort CPP = $(CPP_) -DMPI -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \ -Dkind8 -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc \ -DMPI_BLOCK=8000 -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV SCA=-L/opt/intel/mkl/10.2.1.017/lib/em64t -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 请教各位，编译有没问题，以前曾用这个VASP5.2计算过10个原子的自选轨道耦合，一直挺顺利的。最近计算20原子的体系，总是出现问题。请大家帮忙看下是什么问题？ [ Last edited by zhang668 on 2011-6-15 at 22:22 ] |
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k点不多。是这样的，我的4.6版本是直接拷过来的程序，就是在集群下编译的。 5.2旋轨耦合版本是我自己编译的。 这是5.2 makefile： FC=ifort # fortran linker FCL=$(FC) #----------------------------------------------------------------------- # whereis CPP ?? (I need CPP, can't use gcc with proper options) # that's the location of gcc for SUSE 5.3 # # CPP_ = /usr/lib/gcc-lib/i486-linux/2.7.2/cpp -P -C # # that's probably the right line for some Red Hat distribution: # # CPP_ = /usr/lib/gcc-lib/i386-redhat-linux/2.7.2.3/cpp -P -C # # SUSE X.X, maybe some Red Hat distributions: CPP_ = ./preprocess <$*.F | /usr/bin/cpp -P -C -traditional >$*$(SUFFIX) #----------------------------------------------------------------------- # possible options for CPP: # NGXhalf charge density reduced in X direction # wNGXhalf gamma point only reduced in X direction # avoidalloc avoid ALLOCATE if possible # PGF90 work around some for some PGF90 / IFC bugs # CACHE_SIZE 1000 for PII,PIII, 5000 for Athlon, 8000-12000 P4, PD # RPROMU_DGEMV use DGEMV instead of DGEMM in RPRO (depends on used BLAS) # RACCMU_DGEMV use DGEMV instead of DGEMM in RACC (depends on used BLAS) #----------------------------------------------------------------------- CPP = $(CPP_) -DHOST=\"LinuxIFC\" \ -Dkind8 -DCACHE_SIZE=12000 -DPGF90 -Davoidalloc \ # -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV #----------------------------------------------------------------------- # general fortran flags (there must a trailing blank on this line) # byterecl is strictly required for ifc, since otherwise # the WAVECAR file becomes huge #----------------------------------------------------------------------- FFLAGS = -FR -lowercase -assume byterecl -heap-arrays 64 -I/opt/intel/mkl/10.2.1.017/include/fftw #----------------------------------------------------------------------- # optimization # we have tested whether higher optimisation improves performance # -axK SSE1 optimization, but also generate code executable on all mach. # xK improves performance somewhat on XP, and a is required in order # to run the code on older Athlons as well # -xW SSE2 optimization # -axW SSE2 optimization, but also generate code executable on all mach. # -tpp6 P3 optimization # -tpp7 P4 optimization #----------------------------------------------------------------------- # ifc.9.1, ifc.10.1 recommended OFLAG=-O3 OFLAG_HIGH = $(OFLAG) OBJ_HIGH = OBJ_NOOPT = DEBUG = -FR -O0 INLINE = $(OFLAG) #----------------------------------------------------------------------- # the following lines specify the position of BLAS and LAPACK # VASP works fastest with the libgoto library # so that's what we recommend #----------------------------------------------------------------------- # mkl.10.0 # set -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV in the CPP lines BLAS=-L/opt/intel/mkl/10.2.1.017/lib/em64t -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lpthread -lmkl_core # even faster for VASP Kazushige Goto's BLAS # http://www.cs.utexas.edu/users/kgoto/signup_first.html # parallel goto version requires sometimes -libverbs #BLAS= /opt/libs/libgoto/libgoto.so # LAPACK, simplest use vasp.5.lib/lapack_double #LAPACK= ../vasp.5.lib/lapack_double.o # use the mkl Intel lapack LAPACK=-L/opt/intel/mkl/10.2.1.017/lib/em64t -lmkl_intel_lp64 -lmkl_sequential -lmkl_core -lpthread #----------------------------------------------------------------------- #LIB = -L../vasp.5.lib -ldmy \ ../vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \ $(BLAS) # options for linking, nothing is required (usually) LINK = #----------------------------------------------------------------------- # fft libraries: # VASP.5.2 can use fftw.3.1.X (http://www.fftw.org) # since this version is faster on P4 machines, we recommend to use it #----------------------------------------------------------------------- #FFT3D = fft3dfurth.o fft3dlib.o # alternatively: fftw.3.1.X is slighly faster and should be used if available #FFT3D = fftw3d.o fft3dlib.o /opt/libs/fftw-3.1.2/lib/libfftw3.a #======================================================================= # MPI section, uncomment the following lines until # general rules and compile lines # presently we recommend OPENMPI, since it seems to offer better # performance than lam or mpich # # !!! Please do not send me any queries on how to install MPI, I will # certainly not answer them !!!! #======================================================================= #----------------------------------------------------------------------- # fortran linker for mpi #----------------------------------------------------------------------- FC=mpiifort FCL=$(FC) #----------------------------------------------------------------------- # additional options for CPP in parallel version (see also above): # NGZhalf charge density reduced in Z direction # wNGZhalf gamma point only reduced in Z direction # scaLAPACK use scaLAPACK (usually slower on 100 Mbit Net) #----------------------------------------------------------------------- CPP = $(CPP_) -DMPI -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \ -Dkind8 -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc \ -DMPI_BLOCK=8000 -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV #----------------------------------------------------------------------- # location of SCALAPACK # if you do not use SCALAPACK simply leave that section commented out #----------------------------------------------------------------------- #BLACS=$(HOME)/archives/SCALAPACK/BLACS/ #SCA_=$(HOME)/archives/SCALAPACK/SCALAPACK #SCA= $(SCA_)/libscalapack.a \ # $(BLACS)/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a $(BLACS)/LIB/blacs_MPI-LINUX-0.a $(BLACS)/LIB/blacsF77init_MPI-LINUX-0.a SCA=-L/opt/intel/mkl/10.2.1.017/lib/em64t -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 #----------------------------------------------------------------------- # libraries for mpi #----------------------------------------------------------------------- LIB = -L../vasp.5.lib -ldmy \ ../vasp.5.lib/linpack_double.o $(LAPACK) \ $(SCA) $(BLAS) # FFT: fftmpi.o with fft3dlib of Juergen Furthmueller #FFT3D = fftmpi.o fftmpi_map.o fft3dfurth.o fft3dlib.o # alternatively: fftw.3.1.X is slighly faster and should be used if available FFT3D = fftmpiw.o fftmpi_map.o fftw3d.o fft3dlib.o /gpfssan1/apps/fftw32/lib/libfftw3f.a |
7楼2011-06-18 13:27:22
【答案】应助回帖
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youzhizhe(金币+5): 谢谢交流。 2011-06-16 09:50:48
youzhizhe(1ST强帖+1): 谢谢交流。 2011-06-16 09:51:16
zhang668(金币+3): 非常感谢详细指导 2011-06-16 15:00:22
youzhizhe(金币+5): 谢谢交流。 2011-06-16 09:50:48
youzhizhe(1ST强帖+1): 谢谢交流。 2011-06-16 09:51:16
zhang668(金币+3): 非常感谢详细指导 2011-06-16 15:00:22
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1.查一查下OUTCAR里最后几行的提示，是否进入了主循环计算？ 2.-heap-arrays 64 只是解决栈溢出问题，你只有那么点原子，考虑自旋也也不会产生此问题； 3.检查一下你的编译器的版本，INTEL 10.xxx编译器本身有bug，会遇到一下意想不到的问题； 4.FC=mpiifort，这个是自己该的还是自动生成的？一般MPI编译后，会建立个mpif90到ifort连接，即便并行编译，FC=mpif90 或 ifort都可以； 5.你在做测试吗？这么小的体系还用那么多个节点，并行效率很差，时间都浪费在CPU之间的通讯上了。你可以减少节点测试一下，或者串行试一下看看是否还有这个问题。 |
2楼2011-06-16 06:24:08
3楼2011-06-16 15:25:45
4楼2011-06-16 15:29:18
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