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同个任务同样的节点数VASP4.6能算，而VASP5.2不能
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对24个原子的体系的结构优化任务，256个节点，VASP4.6可以计算，但VASP5.2（自旋轨道耦合版本）计算得到段错误提示： forrtl: severe (174): SIGSEGV, segmentation fault occurred。 用ulimit -a查了下stack size：无限制。 以前小体系的时候测试过，发现两个版本计算效率挺接近的，这次体系增大，同时增大节点数，发现很大差异，基本上VASP5.2很容易出现段错误提示。 看到wuli8版主的段错误一个贴，最终解决是在FLAG的选项中加入: -heap-arrays 64，而我的VASP5.2版本原来编译时候已经加入了这项： FFLAGS = -FR -lowercase -assume byterecl -heap-arrays 64 -I/opt/intel/mkl/10.2.1.017/include/fftw 其它编译参数： FC=mpiifort CPP = $(CPP_) -DMPI -DHOST=\"LinuxIFC\" -DIFC \ -Dkind8 -DCACHE_SIZE=4000 -DPGF90 -Davoidalloc \ -DMPI_BLOCK=8000 -DRPROMU_DGEMV -DRACCMU_DGEMV SCA=-L/opt/intel/mkl/10.2.1.017/lib/em64t -lmkl_scalapack_lp64 -lmkl_blacs_intelmpi_lp64 请教各位，编译有没问题，以前曾用这个VASP5.2计算过10个原子的自选轨道耦合，一直挺顺利的。最近计算20原子的体系，总是出现问题。请大家帮忙看下是什么问题？ [ Last edited by zhang668 on 2011-6-15 at 22:22 ] |
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5楼2011-06-16 17:45:47
【答案】应助回帖
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youzhizhe(金币+5): 谢谢交流。 2011-06-16 09:50:48
youzhizhe(1ST强帖+1): 谢谢交流。 2011-06-16 09:51:16
zhang668(金币+3): 非常感谢详细指导 2011-06-16 15:00:22
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zhang668(金币+3): 非常感谢详细指导 2011-06-16 15:00:22
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1.查一查下OUTCAR里最后几行的提示，是否进入了主循环计算？ 2.-heap-arrays 64 只是解决栈溢出问题，你只有那么点原子，考虑自旋也也不会产生此问题； 3.检查一下你的编译器的版本，INTEL 10.xxx编译器本身有bug，会遇到一下意想不到的问题； 4.FC=mpiifort，这个是自己该的还是自动生成的？一般MPI编译后，会建立个mpif90到ifort连接，即便并行编译，FC=mpif90 或 ifort都可以； 5.你在做测试吗？这么小的体系还用那么多个节点，并行效率很差，时间都浪费在CPU之间的通讯上了。你可以减少节点测试一下，或者串行试一下看看是否还有这个问题。 |
2楼2011-06-16 06:24:08
3楼2011-06-16 15:25:45
4楼2011-06-16 15:29:18
20