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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » Vasp中删除一个键 输入文件如何表现出来？
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liuhuimeiwoo

金虫 (小有名气)

[求助] Vasp中删除一个键 输入文件如何表现出来？

RT 就是有一个键被删除了 但是比较了Medea中的INCAR POSCAR里面都没有表现出来哎 求问如何表现呢？ 那应该在什么输入文件中表现出来呢
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1楼 2011-06-13 19:00:31
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zjuer

至尊木虫 (著名写手)
★
zzy870720z(金币+1): 鼓励交流 2011-06-13 22:28:55
为什么一定要删除一个键呢，输入文件好像就是反映原子种类和坐标的，成键情况是通过程序内部SCF计算得到基态电子结构以后才决定的吧，好像人为控制没什么意义。不懂，姑妄言之。
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2楼2011-06-13 21:35:26
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liuhuimeiwoo

金虫 (小有名气)
因为看到文献上有自己认为构建的啊 空位啊 或者元素过量之类的 跟周围的原子如何成键呢？
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3楼2011-06-13 22:44:58
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zjuer

至尊木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zzy870720z(金币+2): 谢谢指教 2011-06-14 08:26:44
youzhizhe(金币+10): 响应操作。 2011-06-14 10:09:39
引用回帖:
Originally posted by liuhuimeiwoo at 2011-06-13 22:44:58:
因为看到文献上有自己认为构建的啊 空位啊 或者元素过量之类的 跟周围的原子如何成键呢？

那你只要修改你的原子数目和对应坐标就行了，空位就是把对应的原子删去，过量就是增加对应的原子，跟周围原子如何成键是经过结构优化、SCF和电子密度分布之类计算后分析出来的，如果一个东西本来应该成键但是你人为控制不成键好像不太合理。
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4楼2011-06-13 22:59:04
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liuhuimeiwoo

金虫 (小有名气)
恩！好的谢谢呢！
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5楼2011-06-14 10:01:39
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qianbj2006

木虫 (正式写手)
引用回帖:
1070627楼: Originally posted by liuhuimeiwoo at 2011-06-13 19:00:31:
RT 就是有一个键被删除了 但是比较了Medea中的INCAR POSCAR里面都没有表现出来哎 求问如何表现呢？ 那应该在什么输入文件中表现出来呢

楼主有解决方法了吗？我现在也想认为控制几个原子不成键（优化后这几个原子会距离增大），然后进行分子动力学模拟具体原子会离开到什么程度
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6楼2012-03-26 14:07:36
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liuhuimeiwoo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2377930楼: Originally posted by qianbj2006 at 2012-03-26 14:07:36:
楼主有解决方法了吗？我现在也想认为控制几个原子不成键（优化后这几个原子会距离增大），然后进行分子动力学模拟具体原子会离开到什么程度

不好意思  么有……
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7楼2012-03-26 20:11:35
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enola

捐助贵宾 (正式写手)
可视化软件里，显示出的键只有几何意义。（输入键长参数，符合的软件就会显示出键来）
要看真的是否成键，当然可以分析原子间的距离，或者直接分析电荷。。。
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timeflies..
8楼2012-03-27 12:32:51
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liuhuimeiwoo

金虫 (小有名气)
引用回帖:
2378545楼: Originally posted by enola at 2012-03-27 12:32:51:
可视化软件里，显示出的键只有几何意义。（输入键长参数，符合的软件就会显示出键来）
要看真的是否成键，当然可以分析原子间的距离，或者直接分析电荷。。。

可是我在可视化的软件里面 手动删除一个键跟没有删除键 计算出来的结果不一样是怎么回事呢？ 原子位置完全没有移动啊
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paper我要好多好的的paper
9楼2012-03-28 12:50:13
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