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ylt

木虫 (著名写手)

[求助] 求助B错

PLAT430_ALERT_2_B Short Inter D...A Contact O1 .. N3 .. 2.69 Ang.
PLAT430_ALERT_2_B Short Inter D...A Contact O4 .. N11 .. 2.82 Ang.


This test alerts for possibly missed Hydrogen bonds as indicated by short
(i.e. shorter than sum of the van der Waals radii - 0.2 Angstrom)
Donor - Acceptor distances.
Note: Short C=O .. O=C are observed sometimes when part of three-centre
O-H, N-H or C-H O..O bridging.
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学无止境
1楼 2011-06-10 12:55:57
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lanmao20

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★
drg1984(金币+1, CMEI+1): 谢谢回帖交流！ 2011-06-10 21:05:11
ylt(金币+5): 2011-06-10 22:52:15
ylt(金币+5): 2011-06-11 12:13:58
有可能氧上或氮上有氢还没有加，前提是所有原子都定对的话，可以试着找一下氢原子，有的时候可以消除这样的错误，前两天好像刚碰到过这样的情况。
赞一下(1人) 回复此楼
2楼2011-06-10 16:01:38
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