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windsor0185新虫 (初入文坛)
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[求助]
关于转录组测序和RNA-seq的差异！！！
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不太懂啊 现在有很多公司提供转录组测序和RNA-seq技术服务，貌似两者有所不同，具体哪儿不同呀？ 而且我联系的转录组测序，有的说是2G和3G，有的说是24M，这都是指通量吗？怎么差距这么大？而且有些似乎分不清RNA-seq和全基因组测序啊... 还有Solexa和SOLiD测序技术差别具体在哪儿，是有无参考基因吗？还是“通量“有区别？ 帮忙解惑，不胜感激啊！ |
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gaoyang636
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【答案】应助回帖
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amisking(金币+2, EPI+1): 鼓励应助 2011-05-25 19:51:48
windsor0185(金币+1): 在技术服务中，这两种测序价位和通量都是不同的。那M的单位呢？好像刚查的是读取片段数。 这两种技术差别非常大，SOLiD必须有refference，您还说两者等同啊.....我的问题您基本没回答，不过关于通量和读长的问题您说的是对的，给一分吧。 2011-05-25 20:15:47
amisking(金币+2, EPI+1): 鼓励应助 2011-05-25 19:51:48
windsor0185(金币+1): 在技术服务中，这两种测序价位和通量都是不同的。那M的单位呢？好像刚查的是读取片段数。 这两种技术差别非常大，SOLiD必须有refference，您还说两者等同啊.....我的问题您基本没回答，不过关于通量和读长的问题您说的是对的，给一分吧。 2011-05-25 20:15:47
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一般转录组测序和RNA-seq是指同一样东东…… 是指通量，其差距大： 1是因为测序平台技术不同；2是客户需求不同；不是说越大越好的～毕竟高通量现在读长较短，且如果仅仅关注某些基因，没必要追求高通量～ Solexa和SOLiD测序技术有差别，但是你仅仅送出去测序作为你实验的工具的话，不需要了解具体差别在哪里，都是高通量短读长，仅仅从你说的通量和reference上考虑，你可以将两者等同…… 不客气～ |
2楼2011-05-25 18:38:18
gaoyang636
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【答案】应助回帖
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amisking(金币+2, EPI+1): 鼓励应助 2011-05-25 21:00:30
windsor0185(金币+4): 哦！那可能还是我自己问题和懂得的那一点东西太片面了，不好意思！ 不过我还不清楚现在RNA-seq和转录组测序是不是分析深度不同？究竟是哪里有区别呢.... 2011-05-26 11:09:20
amisking(金币+2, EPI+1): 鼓励应助 2011-05-25 21:00:30
windsor0185(金币+4): 哦！那可能还是我自己问题和懂得的那一点东西太片面了，不好意思！ 不过我还不清楚现在RNA-seq和转录组测序是不是分析深度不同？究竟是哪里有区别呢.... 2011-05-26 11:09:20
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M不一定是指reads数量，比如现在454的通量是不到500M，AB的ion torrent也是M级别；M代表Mega，还需要后面的单位词来确定到底指raw data还是reads num。 两种技术差别其实不大，都是二代测序，基于荧光染料的判断，都需要emulsion PCR，只是一个是基于ligation，一个是基于合成的。通量都是百GB，读长都是几十（可到100bp），每slide的价位很接近。 solid进行WTA和resequence时需要ref，但是solid同样可以进行de novo（基因组较小的），此时不需要reference。而Solexa(Hi-seq 2000)等，进行resequence和转录组时同样需要reference。 所以我认为～我都回答过了～ |
3楼2011-05-25 20:50:36