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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 生物医药区 » 分子生物 » 综合其他 » 请问full length cDNA，full length CDS 和full length genomic 的区别与联系？
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biofeixue

木虫 (著名写手)

[求助] 请问full length cDNA，full length CDS 和full length genomic 的区别与联系？

请问full length cDNA，full length CDS 和full length genomic 的区别与联系？
另外我想提取处理植物的总RNA，再逆转录成cDNA，并检测我所处理植物中某些基因的表达量的多少？我想请教一下是不是要查该基因的full length cDNA来设计引物？下面是一个基因的full length cDNA，请问我能不能用RevertAid First Strand cDNA Synthesis Kit MBI原装的cDNA逆转录试剂盒来逆转录总RNA为cDNA?
1 AAAGAGAGAC GACTCTGAAT CCAAAAAAAA AAAAAACTCA TTAAGTAAAG
51 ACAAAGGAAG AGAAGAAAGA CGATTTCTCG AAGAAGCTAT GGCGGATCAA
101 CTCACTGACG AACAGATCTC CGAATTCAAG GAAGCTTTTA GCCTCTTCGA
151 CAAAGATGGC GATGTGTTTG TTCTCTCTGA TCTAGGATTT GATTTCAAAA
201 GATTATCAAA TTGTTTGGAA ACTACTCCTG AATTGTCTCA TGGTTGCATC
251 ACAACAAAAG AGCTGGGAAC AGTTATGCGT TCACTAGGAC AAAACCCAAC
301 AGAGGCTGAG CTCCAAGACA TGATCAACGA GGTTGATGCA GATGGAAACG
351 GCACTATCGA CTTCCCCGAG TTCCTGAACC TGATGGCTAA GAAGATGAAA
401 GACACTGACT CCGAGGAAGA GCTAAAAGAA GCCTTCAGGG TTTTCGACAA
451 AGACCAGAAC GGTTTCATCT CCGCTGCTGA GCTACGCCAT GTGATGACCA
501 ATCTTGGTGA GAAGCTAACT GATGAAGAAG TGGAAGAGAT GATCCGTGAG
551 GCTGATGTTG ATGGAGATGG TCAGATTAAC TATGAAGAGT TTGTCAAGAT
601 TATGATGGCT AAGTGATTTG ATAAAGGTGA TGATGATGAT GATGATGACC
651 TTTTTATGCT TCTAGGAGTT TAACCAAAAA CATTTGCATG ATTGGTGGAG
701 ATATGCTTTT AAACAGACAT AATTTGTTTT TCGTTCTTTT GATTTTCTGG
751 TTTGTGACTT TTGTGTGTAA TGGAAAATCA AGTAAGTTGG ATTGAAACCG
801 ATGGGTTGGG TTTTTACTTT TTACCCACAT TTTGTTGCTT TTTTGGTTTT
851 ACAAAAAA
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1楼 2011-05-25 06:16:15
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cdl007

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

biofeixue(金币+3): 2011-05-25 07:56:40
biofeixue(金币+2): 2011-09-21 05:36:22
请问full length cDNA，full length CDS 和full length genomic 的区别与联系？

从集合的观点来说，full length genomic 是最大的集合，包括cDNA和CDS区，还包括很多调控因子+无意义序列+外显子+内含子+一些结构序列
full length cDNA是该基因的mRNA序列反转，包含一部分调控因子，cds区，polyA尾巴区，5-帽子区
full length cds序列是全长的翻译序列，里面每3个碱基都会翻译成一个氨基酸
不包括polyA尾巴和5-帽子，一般起始于ATG，终止于UAG,UAA,UGA
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2楼2011-05-25 07:01:45
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cdl007

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

biofeixue(金币+2): 2011-05-25 07:57:39
继续
是以全长 cDNA为模板进行PCR的，引物也是根据cDNA设计的。不过也可以根据CDS区序列设计，因为CDS区包含在cDNA区里
用primer5 根据你的序列设计引物即可
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3楼2011-05-25 07:04:26
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疯狂修行者

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

biofeixue(金币+3): 请问3端为aaaaagacaggaatgttatgtgtttttaccttttgtctaaatgactcattgt能用一般的反转录盒吗，它没有polyA尾能用oligoT为引物吗？ 2011-05-25 08:01:28
引用回帖:
Originally posted by biofeixue at 2011-05-25 06:16:15:
请问full length cDNA，full length CDS 和full length genomic 的区别与联系？
另外我想提取处理植物的总RNA，再逆转录成cDNA，并检测我所处理植物中某些基因的表达量的多少？我想请教一下是不是要查该基因的fu ...

反转录有什么盒子都可以，能做出来，OD检测和电泳检测都过关，就OK了。
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戒骄戒躁，坦荡做人，平常心做事，享受生活之美！！
4楼2011-05-25 07:43:34
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peace12039088

银虫 (小有名气)
cdl007回答的很专业，受教了
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5楼2011-05-25 08:11:22
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drh34

铜虫 (小有名气)
收益，谢谢
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6楼2012-10-30 21:52:19
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