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meteoric30

木虫 (正式写手)

[求助] 计算orbital composition

我简单计算了甲醇的单点能 基组6-31g** pop=reg得到
Molecular Orbital Coefficients
                           5         6         7         8         9
                        (A)--O    (A)--O    (A)--O    (A)--O    (A)--O
     EIGENVALUES --    -0.50123  -0.43327  -0.41890  -0.32941  -0.26492
   1 1   C  1S          0.02599   0.00000  -0.00543   0.01363   0.00000
   2        2S         -0.04962   0.00001   0.01119  -0.03358   0.00000
   3        2PX        -0.23161   0.00004  -0.27326   0.11697   0.00000
   4        2PY         0.21363   0.00003  -0.30666  -0.26989   0.00001
   5        2PZ         0.00001   0.42015   0.00004   0.00000  -0.17876
   6        3S         -0.05786   0.00002   0.02227  -0.03258   0.00000
   7        3PX        -0.07912   0.00002  -0.11207   0.03513   0.00000
   8        3PY         0.09332   0.00000  -0.15399  -0.07930   0.00000
   9        3PZ        -0.00001   0.17326   0.00003   0.00000  -0.02244
  10        4XX         0.02178   0.00000   0.01845  -0.00832   0.00000
  11        4YY        -0.00188  -0.00002  -0.02006  -0.00488   0.00002
  12        4ZZ        -0.01434   0.00002   0.00052   0.01518  -0.00002
  13        4XY        -0.00986   0.00000  -0.00836  -0.02462   0.00000
  14        4XZ         0.00000   0.00249   0.00000   0.00000  -0.03162
  15        4YZ        -0.00001  -0.01587   0.00002   0.00002   0.01328
  16 2   H  1S          0.02750  -0.00013  -0.23672  -0.17711   0.00011
  17        2S          0.01577  -0.00009  -0.18684  -0.18524   0.00015
  18        3PX        -0.00412   0.00000   0.00113   0.00336   0.00000
  19        3PY         0.00185   0.00001   0.00617   0.00333  -0.00001
  20        3PZ         0.00000   0.00779  -0.00001  -0.00001  -0.00486
  21 3   H  1S         -0.11948  -0.20300   0.03706   0.11400   0.14852
  22        2S         -0.07696  -0.17200   0.02421   0.13849   0.19822
  23        3PX        -0.00066   0.00461  -0.00480   0.00065   0.00034
  24        3PY         0.00006  -0.00539  -0.00425  -0.00360   0.00311
  25        3PZ        -0.00584  -0.00226   0.00174   0.00534   0.00115
  26 4   H  1S         -0.11936   0.20314   0.03689   0.11378  -0.14863
  27        2S         -0.07687   0.17210   0.02406   0.13825  -0.19837
  28        3PX        -0.00066  -0.00461  -0.00480   0.00065  -0.00034
  29        3PY         0.00007   0.00539  -0.00425  -0.00361  -0.00311
  30        3PZ         0.00584  -0.00227  -0.00174  -0.00533   0.00116
  31 5   O  1S         -0.03947   0.00000   0.03131  -0.06665   0.00000
  32        2S          0.09216   0.00000  -0.05801   0.12995   0.00000
  33        2PX         0.28346  -0.00003   0.34108  -0.19977   0.00000
  34        2PY         0.31776   0.00001  -0.12932   0.42084   0.00000
  35        2PZ         0.00000   0.25642   0.00003   0.00001   0.59486
  36        3S          0.14668   0.00001  -0.14062   0.32712  -0.00001
  37        3PX         0.12762  -0.00002   0.19338  -0.14321   0.00000
  38        3PY         0.16321   0.00001  -0.08316   0.28146   0.00000
  39        3PZ         0.00000   0.16208   0.00002   0.00000   0.45628
  40        4XX         0.01207   0.00000   0.00965  -0.00899   0.00000
  41        4YY        -0.02116   0.00000   0.00558  -0.03088   0.00000
  42        4ZZ         0.00150   0.00000   0.00106  -0.00012   0.00000
  43        4XY         0.00010   0.00000  -0.02405   0.00764   0.00000
  44        4XZ         0.00000   0.01420   0.00000   0.00000   0.00830
  45        4YZ         0.00000  -0.01107   0.00000   0.00000  -0.02046
  46 6   H  1S         -0.21191   0.00001  -0.04498  -0.15220   0.00000
  47        2S         -0.13754   0.00000  -0.04682  -0.12187   0.00001
  48        3PX        -0.00194   0.00000   0.01073  -0.01014   0.00000
  49        3PY        -0.01180   0.00000  -0.00761   0.00213   0.00000
  50        3PZ         0.00000   0.00855   0.00000   0.00000   0.01974
可是如何才能得到原子或者基团在HOMO LUMO中所占百分比？
如看文献中
Ru   HOMO 25.3%   NSC    32.8%
        LOMO 6.96%              0.727%
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1楼2011-05-24 17:29:15
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mchen10

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

meteoric30(金币+10): 能详细些么 2011-05-26 11:30:16
pop=nbo

111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111
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更痛苦的是梦没醒路已经不能走了
2楼2011-05-26 05:13:33
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kaegi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

meteoric30(金币+5): 3q a lot 2011-05-26 11:20:40
meteoric30(金币+5): 2011-05-26 16:13:52
引用回帖:
Originally posted by meteoric30 at 2011-05-24 17:29:15:
我简单计算了甲醇的单点能 基组6-31g** pop=reg得到
Molecular Orbital Coefficients
                           5         6         7         8         9
                        (A)--O    (A)--O    ( ...

http://web.rfeda.net/dp-bbsthread-793103.html
以供参考
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3楼2011-05-26 10:54:31
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meteoric30

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by mchen10 at 2011-05-26 05:13:33:
pop=nbo

111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111111

我用甲烷分子简略的做了一下HOMO分析：它的HOMO是第５个轨道 Molecular Orbital Coefficients 1 2 3 4 5 (A1)--O (A1)--O (T2)--O (T2)--O (T2)--O EIGENVALUES -- -10.14326-0.70258-0.39844-0.39844-0.39844 1 1 C1S 0.56289-0.10958 0.00000 0.00000 0.00000 2 2S 0.46308-0.16939 0.00000 0.00000 0.00000 3 2PX 0.00000 0.00000 0.20725 0.00000 0.00000 4 2PY 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.20725 5 2PZ 0.00000 0.00000 0.00000 0.20725 0.00000 6 3S 0.02002 0.43848 0.00000 0.00000 0.00000 7 3PX 0.00000 0.00000 0.29256 0.00000 0.00000 8 3PY 0.00000 0.00000 0.00000 0.00000 0.29256 9 3PZ 0.00000 0.00000 0.00000 0.29256 0.0000010 4S -0.00309 0.25481 0.00000 0.00000 0.00000（后面的就不贴出来了）　　我把第HOMO（第５列）的所有数平方后求和，然后分辨把1C，2H，3H，4H，5H的轨道的平方和除以HOMO（第5列）的所有系数的平方和，从而得到各原子在甲烷分子的HOMO中所占比例： 1C占了0.527013397 2H占了0.118246651 3H占了0.118246651 4H占了0.118246651 5H占了0.118246651请教大侠们，具体是不是这样算的？

大侠， 这样对吗？
我做了 pop=nbo，但是输出文件中如何才能得到homo中每个原子的所占的比例呢？ 请大侠指明。
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4楼2011-05-26 11:29:43
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meteoric30

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by kaegi at 2011-05-26 10:54:31:
http://web.rfeda.net/dp-bbsthread-793103.html
以供参考

我觉得 他的平方和不等于一 是因为有些轨道所占比例太小.因此被省略 导致 但是我计算了甲醇的 才0.729，  如果用部分除以不等于1的那一项（0.729） 总感觉不是太对   更倾向于直接平方和所得的数。
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5楼2011-05-26 11:33:51
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kaegi

金虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by meteoric30 at 2011-05-26 11:33:51:
我觉得 他的平方和不等于一 是因为有些轨道所占比例太小.因此被省略 导致 但是我计算了甲醇的 才0.729，  如果用部分除以不等于1的那一项（0.729） 总感觉不是太对   更倾向于直接平方和所得的数。

我猜是因为所列出的轨道并不是所有轨道，楼主如果用nbo=full看看会怎么样。不过这个其实我也不会，期待有人可以研究出来。
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6楼2011-05-26 14:14:47
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meteoric30

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by kaegi at 2011-05-26 14:14:47:
我猜是因为所列出的轨道并不是所有轨道，楼主如果用nbo=full看看会怎么样。不过这个其实我也不会，期待有人可以研究出来。

full的话 输出的轨道比reg多  nbo 我实在是不懂如何寻找前线轨道组成。
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7楼2011-05-26 15:15:14
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kaegi

金虫 (小有名气)
http://muchong.com/html/200811/1078422.html
这个不知道能否符合你的要求
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8楼2011-05-26 15:28:02
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meteoric30

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by kaegi at 2011-05-26 15:28:02:
http://muchong.com/html/200811/1078422.html
这个不知道能否符合你的要求

nice 原理懂了就ok 其实没必要用软件  excel 足矣  多谢你啦
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9楼2011-05-26 16:10:09
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meteoric30

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by kaegi at 2011-05-26 15:28:02:
http://muchong.com/html/200811/1078422.html
这个不知道能否符合你的要求

nice 原理懂了就ok 其实没必要用软件  excel 足矣  多谢你啦
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10楼2011-05-26 16:10:17
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