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mirror3895

铁杆木虫 (正式写手)

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[求助] NCBI登录号申请相关问题

分离的菌株想在NCBI上申请序列号，用sequin提交相关资料后，对方给我发回这么一封信：
Dear Dr. Huang:

We are currently processing your GenBank records JF772465-JF772548
and have come across a point that requires your attention.

BLAST similarity search analysis indicates that the following sequence
may be misassembled:

JF772520

This sequence contains a mixture of plus and minus strand sequence which
is biologically incorrect. We have appended an example BLAST result below
for your information. Please provide a revised FASTA file with the
corrected sequence.

In addition, BLAST similarity search analysis indicates that many
of your sequences contain little or no similarity to ribosomal RNA
sequences in the database at the 5' and 3' ends. Ribosomal RNAs are
generally highly conserved and thus, we would expect to see similarity
to other rRNA sequences over the entire length.

这是信的内容。以前也申请过，但是没遇到过这个问题，看不太懂。不知道哪位高手能帮忙解答一下吗？先谢谢了

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1楼 2011-05-23 15:00:29

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scelab

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【答案】应助回帖

mirror3895(金币+2): 谢谢解答呵呵 2011-05-23 19:07:14
amisking(EPI+1): 鼓励应助 2011-05-23 20:22:36
mirror3895(金币+1): 2011-05-30 13:54:20

This sequence contains a mixture of plus and minus strand sequence which
is biologically incorrect. We have appended an example BLAST result below
for your information. Please provide a revised FASTA file with the
corrected sequence.
这个说你正负链有拼错的地方，根据他推荐的seq，看看自己到底哪里错了（如果确定没问题，可以回复说就是这样）

In addition, BLAST similarity search analysis indicates that many
of your sequences contain little or no similarity to ribosomal RNA
sequences in the database at the 5' and 3' ends. Ribosomal RNAs are
generally highly conserved and thus, we would expect to see similarity
to other rRNA sequences over the entire length.
你的3,5端的序列是测出来的吗？还是引物加上去的？因为这部分的相当保守，而admin认为你的seq理由非正常的序列。
你的seq是全长吗？
他问到这些问题，之前可能就混过去了，现在不行了，呵呵，大家都很牛的~

ps：对admin的专业及敬业表示钦佩~~~

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小木虫之有关部门负责人

2楼2011-05-23 18:42:48

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引用回帖:

Originally posted by scelab at 2011-05-23 18:42:48:
This sequence contains a mixture of plus and minus strand sequence which
is biologically incorrect. We have appended an example BLAST result below
for your information. Please provide a revise ...

再问一下，我的序列是测序公司拼接好后直接返给我的，难道要一个个去检查吗？

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3楼2011-05-23 19:08:13

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