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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » calculating ideal strength of crystal using VASP
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【奖励】 本帖被评价58次，作者gavinliu7390增加金币 45.8 个
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)

[资源] calculating ideal strength of crystal using VASP

http://code.google.com/p/ideal-strength-vasp/downloads/list
Recently, I write a python script to calculate ideal strength of crystal combination with VASP. You can download it from above website.
the details is found from readme in wiki at that website.

Introduction
About method details, please see PRL 82,2713(1999)

Details
First you need to modify vasp code. If you want to calculate ideal tensile strength, you should add 'FCELL(1,1)=0.0' to constr_cell_relax.F of vasp code. And if you choose ideal shear strength, you should add 'FCELL(1,3)= 0.0' and 'FCELL(3,1) = 0.0' to constr_cell_relax.F of vasp code. Here, you need to recompile vasp.

second, you should prepare input.dat and this file as below:

POSCAR
0.02 #strain
20 #step
-45.0 -35.264390 0.0 # rotate Z, Y and X.
1 # 1 tensile, 2 shear
mpiexec -np 8 vasp.4.6

The first line is the name of POSCAR. The second line is strain of distortion. The third line is total step of distortion. The fourth line is degree of rotation. This is for calculating special orientation. For example, if you want to calculating ideal strength of Diamond along 100, you just set 0.0 0.0 0.0. If you want to calculate 110 orientation, you need set -45.0 0.0 0.0. If you want to calculate 111 orientation, you need set -45.0 -35.264390 0.0. The five line is to choose tensile of shear. The sixth line is execute command.



[ Last edited by gavinliu7390 on 2011-5-20 at 14:09 ]

由于最近发现很多人，管我要执行的例子，特此传一个，希望有助于大家。
如有问题，可以发email给我 lhy@calypso.cn[ Last edited by gavinliu7390 on 2013-11-4 at 01:42 ]

由于之前用的google code，但是google code虽然现在支持下载，但以后有可能关闭。所以我又提供了一个新的下载链接。
https://sourceforge.net/projects/ideal-strength-vasp/

[ Last edited by gavinliu7390 on 2015-3-14 at 08:31 ]
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1楼 2011-05-20 11:34:16
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墨明棋妙陈

金虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

有谁用过这种方法计算过，能不能说的详细点？非常感谢
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20楼2013-10-28 16:32:02
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fzuvivi

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

感谢楼主的分享！这里有些疑惑，一直没有弄明白，希望楼主帮忙答疑解惑，谢谢了！！

1、这个 python script 主要功能是什么？它的作用主要是产生一个加若干大小应变以后的POSCAR吗？我们在使用的时候，是否需要写个脚本，先对产生的POSCAR做relax，然后在做static scf，即需要准备两个INCAR（INCAR.relax 和INCAR.static）？

2、“If you want to calculate ideal tensile strength, you should add \'FCELL(1,1)=0.0\' to constr_cell_relax.F of vasp code.” 我记得您以前有一个帖子（http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=1928920&page=1）是说，先在拉伸方向建立原胞，然后设置拉伸方向为X轴；再在constr_cell_relax.F中加入：
       SAVY=FCELL(2,2)
           SAVZ=FCELL(3,3)
           FCELL=0
           FCELL(2,2)=SAVY
           FCELL(3,3)=SAVZ
只弛豫y和z方向，这样即可计算tensile strength了。那现在使用python script代码是不是只要在constr_cell_relax.F中增加一个\'FCELL(1,1)=0.0\'即可了吗（如果要算ideal tensile strength）？

3、在input.dat中，您提到 \"The fourth line is degree of rotation ”，这一行的作用是不是实现将加的应变作用旋转至特定的方向，如（110），那么的话，这个数值是怎么计算得到的？
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13楼2012-02-16 20:35:02
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yangsir666

禁虫
本帖内容被屏蔽
77楼2020-08-10 10:09:49
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shelay

木虫 (正式写手)
\'FCELL(1,1)=0.0\'加到什么位置啊？
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15楼2012-03-07 20:18:14
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chenguo_whu

新虫 (初入文坛)
老师，您好。想问下计算一些参杂了异类原子体系的Tensile stress-strain,得到的数据作图，遇到曲线上下波动频繁的情况怎么办？
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72楼2018-04-10 20:45:10
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普通回帖

zzy870720z

荣誉版主 (文坛精英)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

★★★★★
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2楼2011-05-20 12:10:29
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lvjian8596

木虫 (小有名气)
好东西，值得收藏！
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5楼2011-05-20 14:19:51
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sjtuwyf

铜虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

Very good! Thank you !
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7楼2011-06-26 23:29:59
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maomao7910

金虫 (小有名气)

★★★ 三星级,支持鼓励

1。我测试剪切应力过程中在终端出现：hit a member that was already found in another star。不知哪里出了问题。
2。楼主如果用拉伸和剪切完的晶格直接进行计算会导致垂直于应变方向上也会有很大的残余应力。所以希望楼主能把程序改进下，对拉伸和剪切后能够对垂直于应变方向进行晶格和原子位置的驰豫，使得在垂直应变方向应力尽可能小。
我把运行中出的提示和我测试的文件打包给你，希望能告知原因何在？
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8楼2011-06-27 22:51:07
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)
引用回帖:
Originally posted by maomao7910 at 2011-06-27 22:51:07:
1。我测试剪切应力过程中在终端出现：hit a member that was already found in another star。不知哪里出了问题。
2。楼主如果用拉伸和剪切完的晶格直接进行计算会导致垂直于应变方向上也会有很大的残余应力。所 ...

这不是我程序的问题， 是你没有改好vasp代码。
因为vasp必须改源码，才能使它选择性优化。
除非你用其它软件 (e.g. abinit).
可以看看上面的图， 计算是没有任何问题的。

[ Last edited by gavinliu7390 on 2011-6-28 at 21:53 ]
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9楼2011-06-28 21:51:35
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maomao7910

金虫 (小有名气)
多谢楼主耐心指导，是我对vasp程序不熟导致理解有误。很好的程序。
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10楼2011-06-29 13:14:54
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guitar2033

至尊木虫 (职业作家)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

太强大了！顶！
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11楼2011-07-12 17:01:54
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shelay

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

引用回帖:
8楼: Originally posted by maomao7910 at 2011-06-27 22:51:07:
1。我测试剪切应力过程中在终端出现：hit a member that was already found in another star。不知哪里出了问题。
2。楼主如果用拉伸和剪切完的晶格直接进行计算会导致垂直于应变方向上也会有很大的残余应力。所 ...

请问下这个怎么用啊？
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14楼2012-03-07 19:05:01
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chongx2005

新虫 (初入文坛)

★★★ 三星级,支持鼓励

超级棒，好好学习
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16楼2013-09-02 22:39:04
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identation

金虫 (著名写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

真是不错的资源，谢谢楼主！
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17楼2013-09-07 16:48:59
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DarkArchon

铁虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

引用回帖:
9楼: Originally posted by gavinliu7390 at 2011-06-28 21:51:35
这不是我程序的问题， 是你没有改好vasp代码。
因为vasp必须改源码，才能使它选择性优化。
除非你用其它软件 (e.g. abinit).
可以看看上面的图， 计算是没有任何问题的。
...

楼主您的python代码非常好，很有帮助，感谢。
我在修改VASP代码时还有一点疑惑。

比如在模拟拉伸的时候，设置FCELL(1,1)=0.0 意思是不驰豫basis vector 的 (1,1)项，在<100>晶向拉伸的时候也就是x方向的晶格常数，这没问题。

但是对于<110>和<111>的晶向拉伸，是否也应该同时设置FCELL(2,1)和FCELL(3,1)等于0呢？
因为经您的程序旋转坐标系之后，x轴始终是拉伸方向，而basis vector的(1,1),(2,1)和(3,1)项都是在拉伸方向的分量。

盼望您能为我解惑
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18楼2013-10-15 20:12:27
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)
引用回帖:
18楼: Originally posted by DarkArchon at 2013-10-15 20:12:27
楼主您的python代码非常好，很有帮助，感谢。
我在修改VASP代码时还有一点疑惑。

比如在模拟拉伸的时候，设置FCELL(1,1)=0.0 意思是不驰豫basis vector 的 (1,1)项，在<100>晶向拉伸的时候也就是x方向的 ...

vasp实际做的是，保证x轴方向不优化。经过旋转后，110方向落在了x轴方向了。如果（1,2）和（1,3）也设置成0的话，有两个方向是不优化的。有时候，会影响结果。
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19楼2013-10-16 02:37:33
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sun39390

金虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

顶一下，感谢分享！dddddd
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27楼2013-11-21 12:09:41
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123左叉

新虫 (小有名气)
送红花一朵
万分感谢！！
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35楼2015-01-06 09:27:47
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骆驼忍着

铜虫 (小有名气)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

作者给的链接打不开，有人能把 python script再上传一份吗？好几年了，不知到还有希望没有
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36楼2015-01-14 19:09:01
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骆驼忍着

铜虫 (小有名气)
引用回帖:
13楼: Originally posted by fzuvivi at 2012-02-16 20:35:02
感谢楼主的分享！这里有些疑惑，一直没有弄明白，希望楼主帮忙答疑解惑，谢谢了！！

1、这个 python script 主要功能是什么？它的作用主要是产生一个加若干大小应变以后的POSCAR吗？我们在使用的时候，是否需要写 ...

你好，请问你看懂了这个脚本了吗  能不能给我解释一下，由于对程序语言一点不懂，所以不懂这个脚本是干什么的
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38楼2015-03-06 11:12:38
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李天帮

木虫 (正式写手)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

请问楼主：这个代码还适合新版的vasp5.3吗，看到介绍里有4.6啊，我也看别人说现在新版的vasp可以直接计算应力-应变再求弹性常数。不知道楼主怎么看了？
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40楼2015-04-20 09:59:18
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gavinliu7390

木虫 (著名写手)
引用回帖:
40楼: Originally posted by 李天帮 at 2015-04-20 09:59:18
请问楼主：这个代码还适合新版的vasp5.3吗，看到介绍里有4.6啊，我也看别人说现在新版的vasp可以直接计算应力-应变再求弹性常数。不知道楼主怎么看了？

同样适用。
可以。
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41楼2015-04-20 10:50:16
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hqxtu

银虫 (初入文坛)

★★★★★ 五星级,优秀推荐

非常感谢，请问
POSCAR
-0.02 #strain

应变改成负数是不是也可以做压缩模拟啊？
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45楼2015-10-23 13:37:54
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sars5183楼
2011-05-20 13:18   回复  
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sg184089264楼
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kgdu6楼
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