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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 表面吸附
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者

[求助] 表面吸附

1.作表面吸附的时候，如果吸附的是一个分子O2，那O－O键长该如何确定呢，就是在建模的时候，是把O2分子作为一个整体放上去还是将O原子一个一个放上呢？
2.文献中常常出现coverge 是多少ML，怎样确定覆盖面是多少呢？
3.文献中还会出现“absorbs at a two-fold (or three-fold) site" 这个又是怎样理解呢？
请大家帮帮忙！重金谢谢！
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臾兮，臾兮，何时是归期！
1楼 2011-05-16 10:50:25
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胡同学

金虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★
kmw.8668(金币+5): 谢谢 2011-05-26 16:54:45
youzhizhe(金币+2): 谢谢交流。 2011-05-26 19:23:29
# SCF input for VASP
# Note that VASP uses the FIRST occurence of a keyword
SYSTEM = H  (P1) ~ 73 minimized: Untitled (VASP)

    PREC = Normal
   ENCUT = 250.000
  IBRION = -1
     NSW = 0
  NELMIN = 2
   EDIFF = 1.0e-05
  EDIFFG = -0.02
VOSKOWN = 1
  NBLOCK = 1
    NELM = 60
    ALGO = Normal (blocked Davidson)
   ISPIN = 2
MAGMOM = 0.106
  INIWAV = 1
  ISTART = 0
  ICHARG = 2
   LWAVE = .TRUE.
  LCHARG = .TRUE.
ADDGRID = .FALSE.
   LVTOT = .TRUE.
    LELF = .TRUE.
  ISMEAR = 1
   SIGMA = 0.2
   LREAL = .FALSE.
RWIGS = 0.32

H  (P1) ~ 73 minimized: Untitled (VASP)
    1.0
            7.14484571 0.00000000 0.00000000
            0.00000013 5.70609702 0.00000000
            0.00000017 0.00000017 7.85990351
  1
Direct
        0.50000000 0.50000000 0.50000000

# SCF input for VASP
# Note that VASP uses the FIRST occurence of a keyword
SYSTEM = (H)2  (P1) ~ 142 minimized: Untitled (VASP)

    PREC = Normal
   ENCUT = 250.000
  IBRION = -1
     NSW = 0
  NELMIN = 2
   EDIFF = 1.0e-05
  EDIFFG = -0.02
VOSKOWN = 1
  NBLOCK = 1
    NELM = 60
    ALGO = Normal (blocked Davidson)
   ISPIN = 2
MAGMOM = 2*0.005
  INIWAV = 1
  ISTART = 0
  ICHARG = 2
   LWAVE = .TRUE.
  LCHARG = .TRUE.
ADDGRID = .FALSE.
   LVTOT = .TRUE.
    LELF = .TRUE.
  ISMEAR = 1
   SIGMA = 0.2
   LREAL = .FALSE.
RWIGS = 0.32

(H)2  (P1) ~ 142 minimized: Untitled (VASP)
    1.0
            6.98452495 0.00000000 0.00000000
            0.00000011 5.90303441 0.00000000
            0.00000011 0.00000009 5.90303441
  2
Direct
        0.52170012 0.50000000 0.50000000
        0.41429988 0.50000000 0.50000000

H原子计算时我用的是10*8*11的网格，消除简并度
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人生苦短，抓紧科研，抓紧找对象。
33楼2011-05-26 15:37:11
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xiao72379

木虫 (正式写手)

宅男甲

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★ ★ ★ ★
zzy870720z(金币+3): 谢谢指教 2011-05-16 14:24:20
zzy870720z(1ST强帖+1): 已审核 2011-05-16 14:24:50
cenwanglai(金币+5): 2011-05-16 16:56:20
1）建模的时候将O2整体放上去  至于吸附后的键长 由vasp优化确定
2）ML就是monolayer的意思 由你覆盖的原子数对比表层原子数
可以参看下这篇文章的FIG3 a）图  THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 133, 034701 2010 Lithium transport at silicon thin film: Barrier for high-rate capability anode
3）“absorbs at a two-fold (or three-fold) site"应该是说吸附于2配位（或者3配位）的位子
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天行健君子以自强不息
2楼2011-05-16 11:08:15
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者
引用回帖:
Originally posted by xiao72379 at 2011-05-16 11:08:15:
1）建模的时候将O2整体放上去  至于吸附后的键长 由vasp优化确定
2）ML就是monolayer的意思 由你覆盖的原子数对比表层原子数
可以参看下这篇文章的FIG3 a）图  THE JOURNAL OF CHEMICAL PHYSICS 133, 034701 2 ...

谢谢指导！那建模的时候怎样把O2整体放上表面呢？这个牵扯到O－O键长啊？
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臾兮，臾兮，何时是归期！
3楼2011-05-16 15:20:09
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xiao72379

木虫 (正式写手)

宅男甲
★ ★ ★ ★ ★
zzy870720z(金币+5): 楼主奖励 2011-05-17 21:09:29
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-16 15:20:09:
谢谢指导！那建模的时候怎样把O2整体放上表面呢？这个牵扯到O－O键长啊？

这个我不知道你的体系有木有可以参考的文献   到底什么构型稳定。
要是你不知道的话 就多试试  这里计算量会有点大  结构优化后 可能O2是平行表面的，或者垂直表面，又或者都不是都是可能的。什么构型是最稳定的 你比下Binding Energy就出来了  至于初始的键长就用O2的实验值吧  剩下的交给vasp弛豫了
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天行健君子以自强不息
4楼2011-05-16 15:52:28
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