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北京石油化工学院2026年研究生招生接收调剂公告
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charityqi

木虫 (小有名气)

[求助] ONIOM方法中link atom?

想请教大家一个问题,初学ONIOM方法,想知道QM和MM分区如果是共价键的话,必须截断了之后,用link atom饱和吗?如果是的话,那这个饱和的原子算是QM区的吗?看文献中有的提到了用原子饱和,有的没有,一直搞不懂,很纠结,不知道该怎么建模才好,恳请各位高手帮忙。万分感谢
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charityqi

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by kaegi at 2011-05-23 09:58:25:
忘了说了,分完层之后记得把下图中的multilayer oniom model勾选上,再按下面的retain,最后再保存为gif或者com文件

恩,谢谢,我是这么做的,只是看没有link atom显示,以为还需要人为的加呢。呵呵
7楼2011-05-23 19:58:25
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kaegi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

charityqi(金币+1): 2011-05-22 21:37:34
直接用高斯view分层,不用在中间添加其他原子,这个程序自己会处理的。比如这个对三苯基膦的分层

2楼2011-05-18 20:37:55
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kaegi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

charityqi(金币+1): 2011-05-22 21:40:28
膦就属于QM层,三个苯基放在MM层,当然具体计算的时候还是需要你指定计算方法,并不是说你分层是把P放在高层计算的时候就放在QM层。高层的原子指定使用QM方法,对底层的原子指定使用MM方法就可以了。
3楼2011-05-18 20:40:27
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charityqi

木虫 (小有名气)

引用回帖:
Originally posted by kaegi at 2011-05-18 20:40:27:
膦就属于QM层,三个苯基放在MM层,当然具体计算的时候还是需要你指定计算方法,并不是说你分层是把P放在高层计算的时候就放在QM层。高层的原子指定使用QM方法,对底层的原子指定使用MM方法就可以了。

奥,只用gaussianview分层就可以,他自己会处理是吧?
4楼2011-05-22 21:41:03
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