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汕头大学海洋科学接受调剂
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charityqi

木虫 (小有名气)

[求助] ONIOM方法中link atom？

想请教大家一个问题，初学ONIOM方法，想知道QM和MM分区如果是共价键的话，必须截断了之后，用link atom饱和吗？如果是的话，那这个饱和的原子算是QM区的吗？看文献中有的提到了用原子饱和，有的没有，一直搞不懂，很纠结，不知道该怎么建模才好，恳请各位高手帮忙。万分感谢
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1楼 2011-05-15 21:20:55
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kaegi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

charityqi(金币+1): 2011-05-22 21:37:34
直接用高斯view分层，不用在中间添加其他原子，这个程序自己会处理的。比如这个对三苯基膦的分层
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2楼2011-05-18 20:37:55
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kaegi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

charityqi(金币+1): 2011-05-22 21:40:28
膦就属于QM层，三个苯基放在MM层，当然具体计算的时候还是需要你指定计算方法，并不是说你分层是把P放在高层计算的时候就放在ＱＭ层。高层的原子指定使用ＱＭ方法，对底层的原子指定使用ＭＭ方法就可以了。
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3楼2011-05-18 20:40:27
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charityqi

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by kaegi at 2011-05-18 20:40:27:
膦就属于QM层，三个苯基放在MM层，当然具体计算的时候还是需要你指定计算方法，并不是说你分层是把P放在高层计算的时候就放在ＱＭ层。高层的原子指定使用ＱＭ方法，对底层的原子指定使用ＭＭ方法就可以了。

奥，只用gaussianview分层就可以，他自己会处理是吧？
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4楼2011-05-22 21:41:03
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kaegi

金虫 (小有名气)

【答案】应助回帖

charityqi(金币+3): 2011-05-23 19:58:46
引用回帖:
Originally posted by charityqi at 2011-05-22 21:41:03:
奥，只用gaussianview分层就可以，他自己会处理是吧？

是的，你自己在编写输入文件的时候注意对不同层的原子正确指定你想要的计算方法就可以了。
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5楼2011-05-23 09:12:13
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kaegi

金虫 (小有名气)
忘了说了，分完层之后记得把下图中的multilayer oniom model勾选上，再按下面的retain,最后再保存为gif或者com文件
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6楼2011-05-23 09:58:25
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charityqi

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by kaegi at 2011-05-23 09:58:25:
忘了说了，分完层之后记得把下图中的multilayer oniom model勾选上，再按下面的retain,最后再保存为gif或者com文件

恩，谢谢，我是这么做的，只是看没有link atom显示，以为还需要人为的加呢。呵呵
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7楼2011-05-23 19:58:25
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