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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Vasp&MedeA » 关于原子位置的问题
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者
引用回帖:
Originally posted by valenhou001 at 2011-05-14 22:11:35:
顶位（top site)，就是吸附原子在表面层原子的正头顶上的位置，即吸附原子的x,y坐标与它最近的表面层原子的x,y坐标一样，只是z坐标不同，相差一个原子间距d。
桥位(bridge site), 就是吸附原子在两个表面原子的连 ...

如果吸附的不是原子，而是一个分子，那这个分子的位置该如何定呢，以O2分子为例，O－O键长怎末定呢？它们是水平放在表面层之上还是垂直放呢？具体该怎末操作呢？
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臾兮，臾兮，何时是归期！
11楼2011-05-16 08:57:54
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fzx2008

荣誉版主 (著名写手)

优秀版主优秀版主
★
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-05-16 20:26:14
coverge覆盖度的概念，单位ML，monolayer的意思
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12楼2011-05-16 09:04:17
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者
引用回帖:
Originally posted by fzx2008 at 2011-05-16 09:04:17:
coverge覆盖度的概念，单位ML，monolayer的意思

我知道他指的是覆盖度，关键是怎样知道覆盖度呢？
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臾兮，臾兮，何时是归期！
13楼2011-05-16 09:15:09
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者
引用回帖:
Originally posted by cavediger at 2011-05-14 06:07:47:
如下图：

我看到一些文献上面说“absorbs at a two-fold （or three-fold ）site",这个该怎末理解呢？
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臾兮，臾兮，何时是归期！
14楼2011-05-16 09:51:32
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cavediger

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
franch(金币+3): 谢谢回帖交流 2011-05-16 20:26:52
zzy870720z(金币+3): 楼主奖励 2011-05-17 21:10:27
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-16 08:57:54:
如果吸附的不是原子，而是一个分子，那这个分子的位置该如何定呢，以O2分子为例，O－O键长怎末定呢？它们是水平放在表面层之上还是垂直放呢？具体该怎末操作呢？

见图
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我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
15楼2011-05-16 18:43:41
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valenhou001

至尊木虫 (职业作家)
★ ★ ★
franch(金币+3): 谢谢回帖交流 2011-05-16 20:27:12
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-16 08:51:13:
非常感谢，你说的很明白!"相差一个原子间距d"，这个d指的是表面原子的d还是吸附原子的d呢？这个我不是很明白！
还有一点，我看文献上面都说coverge是用“多少ML”表示，这个coverge表示的是什麽意思 ...

这里的d只是代表一个初始值而已。

coverge指的是吸附物的覆盖度。建议读读有关的表面化学或表面化学书，了解一些最基本的东西。
http://www.uksaf.org/tutorials.html
http://www.chem.qmul.ac.uk/surfaces/scc/

比如最小的表面原胞内含一个吸附物，那覆盖度就是1，如果 2x2的超原胞里含一个吸附物，那覆盖度就是1/4。其他情况依次类推。
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16楼2011-05-16 19:32:12
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者
引用回帖:
Originally posted by cavediger at 2011-05-16 18:43:41:
见图

谢谢指导!我还想问一句：我一般是先建一个晶胞，将之优化，然后再切面（001），将（001）面优化后再吸附O2，这样对吗？还是说切完（001）面之后不用优化直接吸附O2，这两种做法哪一个比较好，还请指教！
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臾兮，臾兮，何时是归期！
17楼2011-05-17 20:50:29
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cavediger

金虫 (正式写手)
★ ★ ★ ★
zzy870720z(金币+2): 楼主奖励 2011-05-18 08:41:53
ben_ladeng(金币+2): 楼主奖励 2011-05-18 08:43:09
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-17 20:50:29:
谢谢指导!我还想问一句：我一般是先建一个晶胞，将之优化，然后再切面（001），将（001）面优化后再吸附O2，这样对吗？还是说切完（001）面之后不用优化直接吸附O2，这两种做法哪一个比较好，还请指教！

先优化晶胞，优化好之后切面，然后将o2放上去，再优化，优化时要考虑放开上面的表面层，即考虑驰豫以及表面吸附物对表面的影响，至于表面放开几层，可以自己做个测试......
当然也可以切出表面之后先优化在放O2，但O2放上后还是需要优化的.....
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18楼2011-05-17 21:58:07
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kmw.8668

金虫 (正式写手)

归期守望者
★ ★
ben_ladeng(金币-2): 应你的请求，给楼上金币 2011-05-18 08:42:56
引用回帖:
Originally posted by cavediger at 2011-05-17 21:58:07:
先优化晶胞，优化好之后切面，然后将o2放上去，再优化，优化时要考虑放开上面的表面层，即考虑驰豫以及表面吸附物对表面的影响，至于表面放开几层，可以自己做个测试......
当然也可以切出表面之后先优化在放 ...

哦，那我还有一点疑问：将面优化后，可能原来（优化前）在表层的原子由于驰豫不在同一平面上了，它们驰豫前组成fcc，bridge位置优化后是不是就不存在了，如果是的话，这与切完面以后，直接将O2放在fcc，bridge 上的位置那不就不一样了吗？还请指点！
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臾兮，臾兮，何时是归期！
19楼2011-05-18 08:34:23
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cavediger

金虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by kmw.8668 at 2011-05-18 08:34:23:
哦，那我还有一点疑问：将面优化后，可能原来（优化前）在表层的原子由于驰豫不在同一平面上了，它们驰豫前组成fcc，bridge位置优化后是不是就不存在了，如果是的话，这与切完面以后，直接将O2放在fcc，bridge ...

弛豫没那么严重，只是比较小的变化，所以一般来说，先放后放O2在优化后应该没有多少区别......
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我们都老得太快，却聪明得太迟。当我一路跌跌撞撞登上山巅，蓦然发现，本来就有一条笔直的路，直达山顶....
20楼2011-05-18 12:38:29
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