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zhuangshl

银虫 (小有名气)

[求助] TD-DFT计算CD光谱问题

我看到很多文献采用TD-DFT判断手性分子构型归属,通过TD-DFT计算R和S型号分子的电子CD 光谱,和实验进一步对比,别确定那一种是R型,那一种是S型。

我采用DFT计算了R和S型分子的CD 光谱,但没发现区别,请问这种情况下是不是说明我选择的基组不适合我的体系呢。  我目前采用的基组:
# TD(Nstates=20) B3LYP/6-311++G*

这里如果Nstates采用40,那gauss出错无法计算。

谢谢各位的帮助。
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blueybz

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

zhuangshl(金币+5): 谢谢您的认真回复,也希望多多指导 2011-05-11 12:09:52
引用回帖:
Originally posted by zhuangshl at 2011-05-10 16:12:45:
我看到很多文献采用TD-DFT判断手性分子构型归属,通过TD-DFT计算R和S型号分子的电子CD 光谱,和实验进一步对比,别确定那一种是R型,那一种是S型。

我采用DFT计算了R和S型分子的CD 光谱,但没发现区别,请问这 ...

你做的这个是吸收谱,不知道怎么做CD谱
2楼2011-05-11 10:31:17
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zhuangshl

银虫 (小有名气)

谢谢,是的,实验方面做的是电子CD,electronic circular dichroism spectra (ECD)
我计算的也是ECD, 具体我是按照这篇论文这么做的:

Ding S et al. Absolute configurations of spiroiminodihydantoin and allantoin stereoisomers: comparison of computed and measured electronic circular dichroism spectra. Chem. Res. Toxicol. 2009, 22, 1189–1193

这篇论文结果非常好,我也能重复处理。 但针对我的R和S分子,算出来的ECD光谱却无差别, 我不知道在计算小分子吸收光谱的时候需要如何去选取基组。
3楼2011-05-11 12:09:17
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8tao7

木虫 (小有名气)

对CD谱还在迷茫的飘过,感谢您的参考文献,我也要拜读下
有信仰,有目标,一步步地走,最终会实现的!
4楼2011-05-11 14:32:16
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zhaoqy03

木虫 (著名写手)

我也是啊。两个对映异构竟然不相对。虽说差别还不算小,可是根本不是正负那么简单明了
5楼2011-05-11 15:52:35
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stevenabing

至尊木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

zhuangshl(金币+5): 谢谢 2011-05-11 17:38:40
zhuangshl(金币+1): 非常感谢 2011-05-12 11:12:47
根据我计算的,如果是对映异构体(这里结构输入应该是用GaussianView里的mirror inversion),那么一般应该是完全对称的,若是自己输入的可能是手性中心是相反的,但是构象有差异,那么不会完全对称的。
6楼2011-05-11 16:18:02
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zhaoqy03

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by stevenabing at 2011-05-11 16:18:02:
根据我计算的,如果是对映异构体(这里结构输入应该是用GaussianView里的mirror inversion),那么一般应该是完全对称的,若是自己输入的可能是手性中心是相反的,但是构象有差异,那么不会完全对称的。

我检查过输入文件立体化学没问题,但是根本没看到明显相对
7楼2011-05-11 23:12:27
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stevenabing

至尊木虫 (正式写手)

看来你还是不很理解我说的,即使你的手性中心构型不变,其他基团构象的变化也可能引起CD较大的变化。
8楼2011-05-12 07:21:26
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lzx0018love

木虫 (正式写手)

你们那可以做CD计算嘛?请问可以对外做不?
一切都会好的!!
9楼2012-05-02 14:55:50
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lunwen1982

新虫 (初入文坛)

引用回帖:
979348楼: Originally posted by stevenabing at 2011-05-12 07:21:26
看来你还是不很理解我说的,即使你的手性中心构型不变,其他基团构象的变化也可能引起CD较大的变化。

请问哪里能做 ECD 或者 vcd 谢谢!
10楼2012-09-11 10:00:55
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