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Siesta（Transiesta、ATK）

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1楼 2011-05-06 15:31:25

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zhangguangping

木虫 (著名写手)

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【答案】应助回帖

★
louazhao(金币+2): 谢谢guangping大哥一直以来的帮助。真的很感谢。在我学习路上有你的帮助。 2011-05-07 21:30:06
mazuju028(金币+1, 1ST强帖+1): 谢谢交流 2011-05-08 12:48:49

引用回帖:

Originally posted by louazhao at 2011-05-06 08:31:25:
最近在用siesta，但是优化到有机物，如氨基酸的时候，力收敛的很慢，并且力总是跳跃。不知道怎么办了。很头疼。下面是我的fdf文件。希望坛子里各位高人指点。是不是还要优化基组。
SystemName acid3
SystemLabe ...

转一下，以便方便参考：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2018630&fpage=1&view=&highlight=&page=2

我觉得你用的受力收敛标准0.01 eV/Ang是比较小的了。如果换成0.02 eV/Ang,可能收敛就会好点。另外，你要是非要用第一个收敛标准，那么你的基组还是不够大。需要再加大。或者是需要优化一下。收敛跳动往往说明基组的水平和你的收敛标准不在一个水平上。另外还有一种可能就是Meshcutoff 这个值有点小，导致grid不够密。这个是我的理解。不对的地方请指教。

PS:试一下下面的的输入文件，我用了153CG就收敛了。

SystemName acid3
SystemLabel acid3

NumberOfSpecies 4
NumberOfAtoms 18

%block ChemicalSpeciesLabel
1 1 H
2 6 C
3 7 N
4 8 O
%endblock ChemicalSpeciesLabel

LatticeConstant 1.0 Ang

%block LatticeVectors
20. 0.00000000 0.00000000
0.00000000 20. 0.00000000
0.00000000 0.00000000 20.
%endblock LatticeVectors

PAO.BasisType split

PAO.EnergyShift  50 meV
BasisPressure 0.02 GPa

DM.NumberPulay 5

DM.MixingWeight 0.1

PAO.BasisSize DZP

Meshcutoff    300 Ry

AtomicCoordinatesFormat  Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
-1.0507419 -0.4405814 -0.7119529  3
-0.4710134 -1.2836799 0.3459991  2
-0.2765315 0.8350094 -0.7094998  2
  0.4041976 -1.8290133 -0.0447385  1
-1.2007898 -2.0233394 0.7011197  1
  0.0197976 -0.3117071 1.4337274  2
  0.5245526 0.8902724 0.6122787  2
-0.9685277 1.6858797 -0.8008262  1
  0.6267530 0.8971501 -1.9595977  2
-0.8333388 -0.0088190 2.0672867  1
  1.6004961 0.7633466 0.4261280  1
  0.3963753 1.8435703 1.1388921  1
-2.0368535 -0.2587425 -0.5239144  1
  1.4753252 1.7455755 -2.1221841  4
  0.3550040 -0.0745816 -2.8506832  4
-0.3646791 -0.6049816 -2.3873785  1
  1.0565497 -0.8787263 2.2354130  4
  0.7434246 -0.9466321 3.1499307  1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

MD.TypeOfRun          CG
MD.MaxForceTol       0.01 eV/Ang
MD.MaxCGDispl       0.05 Ang
MD.NumCGsteps       300
DM.UseSaveDM          T
MD.UseSaveCG          T
MD.UseSaveXV          T
XC.functional       GGA          # Exchange-correlation functional
XC.authors          PBE
WriteCoorXmol             T

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弘德明志博学笃行

2楼2011-05-07 11:26:00

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