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louazhao

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zhangguangping

木虫 (著名写手)

【答案】应助回帖


louazhao(金币+2): 谢谢guangping大哥一直以来的帮助。真的很感谢。在我学习路上有你的帮助。 2011-05-07 21:30:06
mazuju028(金币+1, 1ST强帖+1): 谢谢交流 2011-05-08 12:48:49
引用回帖:
Originally posted by louazhao at 2011-05-06 08:31:25:
最近在用siesta,但是优化到有机物,如氨基酸的时候,力收敛的很慢,并且力总是跳跃。不知道怎么办了。很头疼。下面是我的fdf文件。希望坛子里各位高人指点。是不是还要优化基组。
SystemName acid3
SystemLabe ...

转一下,以便方便参考:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=2018630&fpage=1&view=&highlight=&page=2

我觉得你用的受力收敛标准0.01 eV/Ang是比较小的了。如果换成0.02 eV/Ang,可能收敛就会好点。另外,你要是非要用第一个收敛标准,那么你的基组还是不够大。需要再加大。或者是需要优化一下。收敛跳动往往说明基组的水平和你的收敛标准不在一个水平上。另外还有一种可能就是Meshcutoff 这个值有点小,导致grid不够密。这个是我的理解。不对的地方请指教。

PS:试一下下面的的输入文件,我用了153CG就收敛了。

SystemName acid3
SystemLabel acid3

NumberOfSpecies 4
NumberOfAtoms   18

%block ChemicalSpeciesLabel
1    1 H
2    6 C
3    7 N
4    8 O
%endblock ChemicalSpeciesLabel

LatticeConstant   1.0 Ang

%block LatticeVectors
20.    0.00000000    0.00000000
0.00000000    20.    0.00000000
0.00000000    0.00000000    20.   
%endblock LatticeVectors

PAO.BasisType    split

PAO.EnergyShift  50 meV
BasisPressure    0.02 GPa

DM.NumberPulay 5

DM.MixingWeight 0.1

PAO.BasisSize    DZP

Meshcutoff      300 Ry

AtomicCoordinatesFormat  Ang
%block AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies
-1.0507419   -0.4405814   -0.7119529  3
-0.4710134   -1.2836799    0.3459991  2
-0.2765315    0.8350094   -0.7094998  2
  0.4041976   -1.8290133   -0.0447385  1
-1.2007898   -2.0233394    0.7011197  1
  0.0197976   -0.3117071    1.4337274  2
  0.5245526    0.8902724    0.6122787  2
-0.9685277    1.6858797   -0.8008262  1
  0.6267530    0.8971501   -1.9595977  2
-0.8333388   -0.0088190    2.0672867  1
  1.6004961    0.7633466    0.4261280  1
  0.3963753    1.8435703    1.1388921  1
-2.0368535   -0.2587425   -0.5239144  1
  1.4753252    1.7455755   -2.1221841  4
  0.3550040   -0.0745816   -2.8506832  4
-0.3646791   -0.6049816   -2.3873785  1
  1.0565497   -0.8787263    2.2354130  4
  0.7434246   -0.9466321    3.1499307  1
%endblock AtomicCoordinatesAndAtomicSpecies

MD.TypeOfRun           CG
MD.MaxForceTol         0.01 eV/Ang
MD.MaxCGDispl          0.05 Ang
MD.NumCGsteps          300
DM.UseSaveDM           T
MD.UseSaveCG           T
MD.UseSaveXV           T
XC.functional         GGA           # Exchange-correlation functional
XC.authors            PBE
WriteCoorXmol              T
弘德明志博学笃行
2楼2011-05-07 11:26:00
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