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zsl_321123

铁虫 (正式写手)

[求助] 掺杂的周期性碳纳米管, 这样优化设置对吗?

dmol优化碳纳米管,如图
1. 这个纯的碳纳米管优化的时候,优化了这个supercell的晶格参数,也就是a, b,c三个方向上夜都做了优化

2. 如果这个碳纳米管优化的时候,如掺杂一个Si原子,那么优化的时候还要优化晶格参数吗,还是只优化所有的原子,不用优化cell了呢?请给出详细的why,或者类似参考文献?

3. 追加一个问题,这样的结构,优化的时候,是不是不需要统计频率呢?论坛中的好多虫子也都曾讨论过这个问题,就是周期性的体系,用dmol优化,到底能不能统计频率呢,如果优化结构的时候不选,那么做过渡态的时候,要验证有一个对应的虚频怎样办呢?






[ Last edited by zsl_321123 on 2011-5-3 at 08:24 ]
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cenwanglai

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【答案】应助回帖


zsl_321123(金币+10): 感谢建议,多谢 2011-05-03 21:01:42
zsl_321123(金币+10): 再送点金币给你,呵呵。。。 2011-05-08 09:07:29
youzhizhe(金币+1, 1ST强帖+1): 谢谢交流。 2011-05-09 08:41:19
首先,cell优化比不优化原则上精度高。不再优化cell都是想在合理精度前提下偷懒。这种偷懒在测试计算证明不影响作出结论的情况下,是值得鼓励的。

看你box有多大和掺杂浓度高低。如果box较大而且掺杂浓度很低,如2%以下,掺杂后不优化box也是可以接受的。

这种情况下,不再优化cell,可以满足化学精度,不影响趋势的判断。

前提:测试一下,看看晶胞和总能变化大不大。可以接受的变化就忽略吧。
2楼2011-05-03 20:47:55
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zsl_321123

铁虫 (正式写手)

体系掺杂两个原子,掺杂率超过2%了
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3楼2011-05-03 20:57:18
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zsl_321123

铁虫 (正式写手)

box的确很大,但是掺杂率接近3%
宁愿骑着自行车笑,不愿坐着宝马哭。。。。。
4楼2011-05-03 20:58:32
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flymice

金虫 (著名写手)

楼主,我现在也在模拟碳纳米管,但是不知道为什么,使用超胞建模后总是不能结构优化成功,原因不明,不知道你是怎么建立这个结构的?
我的帖子在下面,求指导:
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3803839
Believeinyourself,impossibleisnothing.
5楼2011-12-05 19:12:11
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flymice

金虫 (著名写手)

引用回帖:
480871楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-05-03 20:47:55:
首先,cell优化比不优化原则上精度高。不再优化cell都是想在合理精度前提下偷懒。这种偷懒在测试计算证明不影响作出结论的情况下,是值得鼓励的。

看你box有多大和掺杂浓度高低。如果box较大而且掺杂浓度很低, ...

求问优化box是什么意思?做结构优化的时候就是点击xsd为当前页面,然后就设置DMOL3参数了,可以选择不优化box么?
另:box就是真空盒子吧?
Believeinyourself,impossibleisnothing.
6楼2012-05-08 13:46:29
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

引用回帖:
1557313楼: Originally posted by flymice at 2012-05-08 13:46:29:
求问优化box是什么意思?做结构优化的时候就是点击xsd为当前页面,然后就设置DMOL3参数了,可以选择不优化box么?
另:box就是真空盒子吧?

优化box就是优化晶格棱长和角度。

» 本帖已获得的红花(最新10朵)

7楼2012-05-08 15:01:19
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flymice

金虫 (著名写手)

送鲜花一朵
引用回帖:
1557345楼: Originally posted by cenwanglai at 2012-05-08 15:01:19:
优化box就是优化晶格棱长和角度。

在楼主给出的例子中,优化box就是对这个结构进行结构优化吧?谢谢。
Believeinyourself,impossibleisnothing.
8楼2012-05-08 19:13:44
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cenwanglai

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引用回帖:
1557408楼: Originally posted by flymice at 2012-05-08 19:13:44:
在楼主给出的例子中,优化box就是对这个结构进行结构优化吧?谢谢。

结构优化可以细分为两个方面:
(1)固定box,优化 原子坐标;
(2)不固定box,优化原子坐标。

到底选哪一个,看你的精度要求和计算硬件资源。
9楼2012-05-09 12:56:49
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flymice

金虫 (著名写手)

引用回帖:
1557529楼: Originally posted by cenwanglai at 2012-05-09 12:56:49:
结构优化可以细分为两个方面:
(1)固定box,优化 原子坐标;
(2)不固定box,优化原子坐标。

到底选哪一个,看你的精度要求和计算硬件资源。

不好意思,或许我理解有误。使用DMOL3的时候,不是直接点DMOL3那个图标,然后设置参数了么?在哪里可以选择固定box的?
Believeinyourself,impossibleisnothing.
10楼2012-05-09 13:47:31
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