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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » MS » 掺杂的周期性碳纳米管， 这样优化设置对吗？
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zsl_321123

铁虫 (正式写手)

[求助] 掺杂的周期性碳纳米管， 这样优化设置对吗？

dmol优化碳纳米管，如图
1. 这个纯的碳纳米管优化的时候，优化了这个supercell的晶格参数，也就是a， b，c三个方向上夜都做了优化

2. 如果这个碳纳米管优化的时候，如掺杂一个Si原子，那么优化的时候还要优化晶格参数吗，还是只优化所有的原子，不用优化cell了呢？请给出详细的why，或者类似参考文献？

3. 追加一个问题，这样的结构，优化的时候，是不是不需要统计频率呢？论坛中的好多虫子也都曾讨论过这个问题，就是周期性的体系，用dmol优化，到底能不能统计频率呢，如果优化结构的时候不选，那么做过渡态的时候，要验证有一个对应的虚频怎样办呢？






[ Last edited by zsl_321123 on 2011-5-3 at 08:24 ]
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1楼 2011-05-03 08:03:56
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主

【答案】应助回帖

★
zsl_321123(金币+10): 感谢建议，多谢 2011-05-03 21:01:42
zsl_321123(金币+10): 再送点金币给你，呵呵。。。 2011-05-08 09:07:29
youzhizhe(金币+1, 1ST强帖+1): 谢谢交流。 2011-05-09 08:41:19
首先，cell优化比不优化原则上精度高。不再优化cell都是想在合理精度前提下偷懒。这种偷懒在测试计算证明不影响作出结论的情况下，是值得鼓励的。

看你box有多大和掺杂浓度高低。如果box较大而且掺杂浓度很低，如2%以下，掺杂后不优化box也是可以接受的。

这种情况下，不再优化cell，可以满足化学精度，不影响趋势的判断。

前提：测试一下，看看晶胞和总能变化大不大。可以接受的变化就忽略吧。
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2楼2011-05-03 20:47:55
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zsl_321123

铁虫 (正式写手)
体系掺杂两个原子，掺杂率超过2%了
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宁愿骑着自行车笑，不愿坐着宝马哭。。。。。
3楼2011-05-03 20:57:18
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zsl_321123

铁虫 (正式写手)
box的确很大，但是掺杂率接近3%
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宁愿骑着自行车笑，不愿坐着宝马哭。。。。。
4楼2011-05-03 20:58:32
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flymice

金虫 (著名写手)
楼主，我现在也在模拟碳纳米管，但是不知道为什么，使用超胞建模后总是不能结构优化成功，原因不明，不知道你是怎么建立这个结构的？
我的帖子在下面，求指导：
http://muchong.com/bbs/viewthread.php?tid=3803839
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Believeinyourself,impossibleisnothing.
5楼2011-12-05 19:12:11
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flymice

金虫 (著名写手)
引用回帖:
480871楼: Originally posted by cenwanglai at 2011-05-03 20:47:55:
首先，cell优化比不优化原则上精度高。不再优化cell都是想在合理精度前提下偷懒。这种偷懒在测试计算证明不影响作出结论的情况下，是值得鼓励的。

看你box有多大和掺杂浓度高低。如果box较大而且掺杂浓度很低， ...

求问优化box是什么意思？做结构优化的时候就是点击xsd为当前页面，然后就设置DMOL3参数了，可以选择不优化box么？
另：box就是真空盒子吧？
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Believeinyourself,impossibleisnothing.
6楼2012-05-08 13:46:29
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
引用回帖:
1557313楼: Originally posted by flymice at 2012-05-08 13:46:29:
求问优化box是什么意思？做结构优化的时候就是点击xsd为当前页面，然后就设置DMOL3参数了，可以选择不优化box么？
另：box就是真空盒子吧？

优化box就是优化晶格棱长和角度。
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flymice
7楼2012-05-08 15:01:19
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flymice

金虫 (著名写手)
送鲜花一朵
引用回帖:
1557345楼: Originally posted by cenwanglai at 2012-05-08 15:01:19:
优化box就是优化晶格棱长和角度。

在楼主给出的例子中，优化box就是对这个结构进行结构优化吧？谢谢。
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Believeinyourself,impossibleisnothing.
8楼2012-05-08 19:13:44
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cenwanglai

荣誉版主 (知名作家)

老和山猥琐派九段

优秀版主
引用回帖:
1557408楼: Originally posted by flymice at 2012-05-08 19:13:44:
在楼主给出的例子中，优化box就是对这个结构进行结构优化吧？谢谢。

结构优化可以细分为两个方面：
（1）固定box,优化 原子坐标；
（2）不固定box,优化原子坐标。

到底选哪一个，看你的精度要求和计算硬件资源。
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9楼2012-05-09 12:56:49
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flymice

金虫 (著名写手)
引用回帖:
1557529楼: Originally posted by cenwanglai at 2012-05-09 12:56:49:
结构优化可以细分为两个方面：
（1）固定box,优化 原子坐标；
（2）不固定box,优化原子坐标。

到底选哪一个，看你的精度要求和计算硬件资源。

不好意思，或许我理解有误。使用DMOL3的时候，不是直接点DMOL3那个图标，然后设置参数了么？在哪里可以选择固定box的？
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Believeinyourself,impossibleisnothing.
10楼2012-05-09 13:47:31
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