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Swunlly

木虫 (小有名气)

[求助] 能用高斯优化指定某个原子带电荷的离子么？

我想优化1图中的结构，然后用VIEW画图2的结构，设置电荷数为1，自选多重度也为1，这种做法可行么？

算出来的结果也看了看mulliken电荷，但感觉不太对啊。上网搜了搜，有人说mulliken电荷不是很精确，那该怎么判断分析呢？

或者大神给些建议吧？
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1楼 2011-04-27 10:28:51
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)
什么电荷不太对？是说N上的不是+1吗？
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Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
2楼2011-04-27 11:27:31
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
gmy1990(金币+3): 2011-04-27 13:22:29
Swunlly(金币+2): 谢谢，先给你2分吧。那我想用高斯算这种离子有没有什么办法呢？ 2011-04-27 13:32:59
小红豆(金币+2): 感谢交流 2011-04-27 17:01:34
1、        不能用高斯优化指定某个原子带电荷的离子，某个原子带电荷，分子别处电荷就流过来了；
2、        电荷数为1，自选多重度因为失去了一个电子，应为2；
3、        mulliken电荷在这样的体系不准，要设法按MO的电子密度分别计算出电荷。

[ Last edited by zhou2009 on 2011-4-27 at 17:33 ]
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3楼2011-04-27 11:32:22
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yongleli

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
gmy1990(金币+3): 2011-04-27 13:22:41
Swunlly(金币+1): Thank you! 2011-04-27 15:21:42
小红豆(金币+2): 感谢交流 2011-04-27 17:01:41
Swunlly(金币+1): 2011-05-05 10:42:40
引用回帖:
Originally posted by Swunlly at 2011-04-27 10:28:51:
我想优化1图中的结构，然后用VIEW画图2的结构，设置电荷数为1，自选多重度也为1，这种做法可行么？

算出来的结果也看了看mulliken电荷，但感觉不太对啊。上网搜了搜，有人说mulliken电荷不是很精确，那该怎么判 ...

关于电荷，请google：
partial charge

里边详细讲解了四种电荷方案。
一般来说，NBO和AIM电荷就够用了。
不过这个体系由于有稠环，可能Gaussian不能算出来AIM电荷
（Gaussian的AIM程序是80年代一个东欧人写的，
后来这人走了这部分程序就扔下了没再更新）

Truhlar组里开发的CM2及以后的电荷也很好用，不过可能要自己写小程序了。
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4楼2011-04-27 12:36:05
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Swunlly

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yongleli at 2011-04-27 12:36:05:
关于电荷，请google：
partial charge

里边详细讲解了四种电荷方案。
一般来说，NBO和AIM电荷就够用了。
不过这个体系由于有稠环，可能Gaussian不能算出来AIM电荷
（Gaussian的AIM程序是80年代一个东欧 ...

首先，谢谢回复！
实际上，我不是想研究电荷，主要是想对这种离子进行模拟，然后通过看电荷分布的方式来验证，我优化出来的离子确实是N带正电荷。。。
现在，我首先得解决如何进行优化的问题。。。有什么好的建议么？
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5楼2011-04-27 13:47:31
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yongleli

木虫 (正式写手)
引用回帖:
Originally posted by Swunlly at 2011-04-27 13:47:31:
首先，谢谢回复！
实际上，我不是想研究电荷，主要是想对这种离子进行模拟，然后通过看电荷分布的方式来验证，我优化出来的离子确实是N带正电荷。。。
现在，我首先得解决如何进行优化的问题。。。有什么好的 ...

对不起！
优化的问题没什么更好的办法。。。
实际上我觉得Gaussian的优化需要实验数据。
我以前做的工作都是有晶体结构的。不用怎么在优化上费事。。。
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6楼2011-04-27 14:20:36
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yongleli

木虫 (正式写手)
★ ★
zhou2009(金币+2): 2011-04-27 17:35:02
引用回帖:
Originally posted by Swunlly at 2011-04-27 13:47:31:
首先，谢谢回复！
实际上，我不是想研究电荷，主要是想对这种离子进行模拟，然后通过看电荷分布的方式来验证，我优化出来的离子确实是N带正电荷。。。
现在，我首先得解决如何进行优化的问题。。。有什么好的 ...

另，友情提醒一下，这个体系好像是大范围共轭结构，
建议基组加“+”。
而且用密度泛函算共轭体系的话，结果可能会有问题，
结构跟实验有差别或者性质不对都是有可能的。建议找实验数据看看。
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7楼2011-04-27 14:23:41
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Swunlly

木虫 (小有名气)
引用回帖:
Originally posted by yongleli at 2011-04-27 14:23:41:
另，友情提醒一下，这个体系好像是大范围共轭结构，
建议基组加“+”。
而且用密度泛函算共轭体系的话，结果可能会有问题，
结构跟实验有差别或者性质不对都是有可能的。建议找实验数据看看。

恩，谢谢帮助！
分少，就给你加1分，表达谢意啦！
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8楼2011-04-27 15:21:13
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yumu0411

金虫 (著名写手)

打酱油
谢谢你们啊！受益匪浅啊！
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学习学习再学习
9楼2011-04-27 19:09:19
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yongleli

木虫 (正式写手)
★ ★
zhou2009(金币+2): 2011-06-25 14:24:24
引用回帖:
Originally posted by yongleli at 2011-04-27 12:36:05:
关于电荷，请google：
partial charge

里边详细讲解了四种电荷方案。
一般来说，NBO和AIM电荷就够用了。
不过这个体系由于有稠环，可能Gaussian不能算出来AIM电荷
（Gaussian的AIM程序是80年代一个东欧 ...

更正一下，CM2是一个半经验电荷，只是基于AM1或者PM3算出来的Mulliken电荷和键级（好像是这个吧？）加上经验参数重新做出来的。可以申请索取他们的MOPAC（这个程序是开源的，很多组都有自己的版本）做。CM2的来源虽然粗糙，但是由于用了参数拟合，做出来的电荷在分子模拟中效果很好。Discovery Studio里估计药物性质用的就是这套电荷。
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10楼2011-06-25 11:11:25
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