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Swunlly

木虫 (小有名气)

[求助] 能用高斯优化指定某个原子带电荷的离子么?

我想优化1图中的结构,然后用VIEW画图2的结构,设置电荷数为1,自选多重度也为1,这种做法可行么?

算出来的结果也看了看mulliken电荷,但感觉不太对啊。上网搜了搜,有人说mulliken电荷不是很精确,那该怎么判断分析呢?

或者大神给些建议吧?


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yongleli

木虫 (正式写手)

★ ★
zhou2009(金币+2): 2011-06-25 14:24:24
引用回帖:
Originally posted by yongleli at 2011-04-27 12:36:05:
关于电荷,请google:
partial charge

里边详细讲解了四种电荷方案。
一般来说,NBO和AIM电荷就够用了。
不过这个体系由于有稠环,可能Gaussian不能算出来AIM电荷
(Gaussian的AIM程序是80年代一个东欧 ...

更正一下,CM2是一个半经验电荷,只是基于AM1或者PM3算出来的Mulliken电荷和键级(好像是这个吧?)加上经验参数重新做出来的。可以申请索取他们的MOPAC(这个程序是开源的,很多组都有自己的版本)做。CM2的来源虽然粗糙,但是由于用了参数拟合,做出来的电荷在分子模拟中效果很好。Discovery Studio里估计药物性质用的就是这套电荷。
10楼2011-06-25 11:11:25
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qzhaosdu

金虫 (著名写手)

什么电荷不太对?是说N上的不是+1吗?
Anewday,anewhour,anewminute,anewpeople.
2楼2011-04-27 11:27:31
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zhou2009

版主 (著名写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
gmy1990(金币+3): 2011-04-27 13:22:29
Swunlly(金币+2): 谢谢,先给你2分吧。那我想用高斯算这种离子有没有什么办法呢? 2011-04-27 13:32:59
小红豆(金币+2): 感谢交流 2011-04-27 17:01:34
1、        不能用高斯优化指定某个原子带电荷的离子,某个原子带电荷,分子别处电荷就流过来了;
2、        电荷数为1,自选多重度因为失去了一个电子,应为2;
3、        mulliken电荷在这样的体系不准,要设法按MO的电子密度分别计算出电荷。

[ Last edited by zhou2009 on 2011-4-27 at 17:33 ]
3楼2011-04-27 11:32:22
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yongleli

木虫 (正式写手)

【答案】应助回帖

★ ★ ★ ★ ★
gmy1990(金币+3): 2011-04-27 13:22:41
Swunlly(金币+1): Thank you! 2011-04-27 15:21:42
小红豆(金币+2): 感谢交流 2011-04-27 17:01:41
Swunlly(金币+1): 2011-05-05 10:42:40
引用回帖:
Originally posted by Swunlly at 2011-04-27 10:28:51:
我想优化1图中的结构,然后用VIEW画图2的结构,设置电荷数为1,自选多重度也为1,这种做法可行么?

算出来的结果也看了看mulliken电荷,但感觉不太对啊。上网搜了搜,有人说mulliken电荷不是很精确,那该怎么判 ...

关于电荷,请google:
partial charge

里边详细讲解了四种电荷方案。
一般来说,NBO和AIM电荷就够用了。
不过这个体系由于有稠环,可能Gaussian不能算出来AIM电荷
(Gaussian的AIM程序是80年代一个东欧人写的,
后来这人走了这部分程序就扔下了没再更新)

Truhlar组里开发的CM2及以后的电荷也很好用,不过可能要自己写小程序了。
4楼2011-04-27 12:36:05
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