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capchaline

木虫 (正式写手)

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[求助] 请教如何在blast中完成这么个任务，或者其他数据库？

agg tga agg aat atg tct cca a PHD finger protein 20
agg tga aga tat att cct cca a PTEN

请教大家，如上面序列所示，我这里有一段PTEN的序列需要序列比对查找出，相同长度内序列相差4或者5nt的基因序列，比如PHD finger 20这种序列。

但是NCBI的blast里的序列比对怎么都是连续的呢，我需要总长度不变，22nt长度的序列里和目的序列有17nt以上相同的其他序列，怎么搜索呢？

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1楼 2011-04-26 21:28:22

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keeperw

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【答案】应助回帖

capchaline(金币+1): 排名靠前靠后的都不能满足我的要求啊~ 2011-05-02 11:09:12

引用回帖:

Originally posted by capchaline at 2011-04-26 21:28:22:
agg tga agg aat atg tct cca a PHD finger protein 20
agg tga aga tat att cct cca a PTEN

请教大家，如上面序列所示，我这里有一段PTEN的序列需要序列比对查找出，相同长度内序列相差4或者5nt的基因序列 ...

排名靠前的，呵呵

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2楼2011-04-28 16:03:47

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