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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

[求助] 多孔芳香框架(PAF)的模型构建

最近看到一篇文献是做多孔芳香框架(PAF)的CO2吸附模拟的,在文献中提到了PAF-1模型构建的方法,感觉这种方法可能用处还是很大的,但是自己尝试的时候在第一步就卡住了,所以向大家求助一下。下面简单叙述一下PAF-1构建过程,并将自己的问题一并提出。
1. 导入金刚石的晶胞,将晶胞中的C-C键取代为联苯,取代后的结构用MS中的forcite进行结构优化。(问题:怎么样才能将金刚石中的C取代成苯环,MS的modification只能将一种元素换成另一种元素,有没有什么操作是可以实现将元素取代成基团的?)
2. 通过逐步操作将有四面体碳相连的联苯环形成一个大的簇
3.利用MS中的AC模块构建出一个三维的无定形的PAF-1晶胞

[ Last edited by shiyiwenren on 2011-4-26 at 15:27 ]
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ghostsyd

铜虫 (小有名气)

抱歉 补充一句,我是指几个笨环直接贴着边相连,不是通过单键
物理妹子伤不起。。。。。
22楼2012-07-30 02:26:02
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zyj8119

木虫 (著名写手)

★ ★
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-26 22:53:20
引用回帖:
Originally posted by shiyiwenren at 2011-04-26 10:35:00:
最近看到一篇文献是做多孔芳香框架(PAF)的CO2吸附模拟的,在文献中提到了PAF-1模型构建的方法,感觉这种方法可能用处还是很大的,但是自己尝试的时候在第一步就卡住了,所以向大家求助一下。下面简单叙述一下PA ...

好好学习,天天向上。
2楼2011-04-26 22:08:13
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shiyiwenren

至尊木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by zyj8119 at 2011-04-26 22:08:13:

貌似和文献中的很像,怎么做的,明天到实验室问你
3楼2011-04-26 22:40:24
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zyj8119

木虫 (著名写手)

引用回帖:
Originally posted by shiyiwenren at 2011-04-26 22:40:24:
貌似和文献中的很像,怎么做的,明天到实验室问你

好,师兄弟,哈哈。。。
好好学习,天天向上。
4楼2011-04-26 22:53:42
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