【sobereva个人文集】乱弹DFT-D（从sobereva的博客中转载过来的） - 量子化学 - 个人文集

21楼2011-10-10 16:16:53

liuying287

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送鲜花一朵

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22楼2012-03-11 16:56:40

喻儿在线

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:jok作者笔锋很幽默嘛~~~哈哈

一旦开始就不要害怕！

23楼2012-12-04 21:31:29

游子8921

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896208楼: Originally posted by sobereva at 2011-04-18 00:46:49
注意此文只是我不负责任随便说说，完全不系统、全面、客观，所以称为“乱谈”。由于懒于措辞和整理文章结构，极有可能使读者造成误会，内容可信度仅当小道消息视之即可。我不希望此文误人子弟，所以其实也本不希望被 ...

sob姐，打扰了，请教个问题：我的体系是104个原子的酶活性中心，氨基酸残基之间有很多的氢键形成，用这个模型来算各条反应机理。那么我读了您的文章，结合我的12个核的曙光节点，初步考虑的是：分别用m062x，DFT-D，wb97X-D，基组是6-311+g（d），同时用int=fine，请问我的思路有问题吗？请点评，谢谢

为了自己的目标而奋斗，一切皆有可能

24楼2013-04-04 17:22:43

sobereva

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1293741楼: Originally posted by 游子8921 at 2013-04-04 17:22:43
sob姐，打扰了，请教个问题：我的体系是104个原子的酶活性中心，氨基酸残基之间有很多的氢键形成，用这个模型来算各条反应机理。那么我读了您的文章，结合我的12个核的曙光节点，初步考虑的是：分别用m062x，DFT-D ...

思路没什么问题，只要能算得动就行。M062X和wB97XD当中取其一就行了，其它的DFT-D没必要考虑，除非是想让结论更有说服力一些，可以多比较几种。如果计算量太大，用MOPAC2012最新支持的PM7做优化是个很好的选择。

25楼2013-04-04 18:32:59

游子8921

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1293744楼: Originally posted by sobereva at 2013-04-04 18:32:59
思路没什么问题，只要能算得动就行。M062X和wB97XD当中取其一就行了，其它的DFT-D没必要考虑，除非是想让结论更有说服力一些，可以多比较几种。如果计算量太大，用MOPAC2012最新支持的PM7做优化是个很好的选择。...

sob姐，再请教。MOPAC2012没有接触过，PM7是半经验方法吗？若用PM7，优化效果要好于b3lyp/6-31g（d）吗？我看了MOPAC2012官网上关于PM7优化蛋白质的一些数值，但是相对于PM6的。我的理解应该有错误，请sob姐纠正，谢谢

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26楼2013-04-04 22:43:56

sobereva

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26楼: Originally posted by 游子8921 at 2013-04-04 22:43:56
sob姐，再请教。MOPAC2012没有接触过，PM7是半经验方法吗？若用PM7，优化效果要好于b3lyp/6-31g（d）吗？我看了MOPAC2012官网上关于PM7优化蛋白质的一些数值，但是相对于PM6的。我的理解应该有错误，请sob姐纠正， ...

是半经验。比PM6在弱相互作用的计算上有飞跃性的改进。当弱相互作用比较重要时，优化效果比B3LYP/6-31G*要好。另外还有个PM7-TS，专门用于计算过渡态。
详见J Mol Model (2013) 19:1–32

27楼2013-04-05 14:45:40

516518

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高手就是不一般

28楼2014-10-02 09:08:03