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yongma2008

木虫 (著名写手)

论文?苦!主。


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
最近正好在做跟这个有些相关的,学习了
21楼2011-10-10 16:16:53
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liuying287

禁言 (正式写手)

送鲜花一朵
本帖内容被屏蔽

22楼2012-03-11 16:56:40
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喻儿在线

金虫 (小有名气)

很不愿意努力但必须努力的大喵


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
:jok作者笔锋很幽默嘛~~~哈哈
一旦开始就不要害怕!
23楼2012-12-04 21:31:29
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
896208楼: Originally posted by sobereva at 2011-04-18 00:46:49
注意此文只是我不负责任随便说说,完全不系统、全面、客观,所以称为“乱谈”。由于懒于措辞和整理文章结构,极有可能使读者造成误会,内容可信度仅当小道消息视之即可。我不希望此文误人子弟,所以其实也本不希望被 ...

sob姐,打扰了,请教个问题:我的体系是104个原子的酶活性中心,氨基酸残基之间有很多的氢键形成,用这个模型来算各条反应机理。那么我读了您的文章,结合我的12个核的曙光节点,初步考虑的是:分别用m062x,DFT-D,wb97X-D,基组是6-311+g(d),同时用int=fine,请问我的思路有问题吗?请点评,谢谢
为了自己的目标而奋斗,一切皆有可能
24楼2013-04-04 17:22:43
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
1293741楼: Originally posted by 游子8921 at 2013-04-04 17:22:43
sob姐,打扰了,请教个问题:我的体系是104个原子的酶活性中心,氨基酸残基之间有很多的氢键形成,用这个模型来算各条反应机理。那么我读了您的文章,结合我的12个核的曙光节点,初步考虑的是:分别用m062x,DFT-D ...

思路没什么问题,只要能算得动就行。M062X和wB97XD当中取其一就行了,其它的DFT-D没必要考虑,除非是想让结论更有说服力一些,可以多比较几种。如果计算量太大,用MOPAC2012最新支持的PM7做优化是个很好的选择。
25楼2013-04-04 18:32:59
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游子8921

铁杆木虫 (知名作家)

游子8921


小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
1293744楼: Originally posted by sobereva at 2013-04-04 18:32:59
思路没什么问题,只要能算得动就行。M062X和wB97XD当中取其一就行了,其它的DFT-D没必要考虑,除非是想让结论更有说服力一些,可以多比较几种。如果计算量太大,用MOPAC2012最新支持的PM7做优化是个很好的选择。...

sob姐,再请教。MOPAC2012没有接触过,PM7是半经验方法吗?若用PM7,优化效果要好于b3lyp/6-31g(d)吗?我看了MOPAC2012官网上关于PM7优化蛋白质的一些数值,但是相对于PM6的。我的理解应该有错误,请sob姐纠正,谢谢
为了自己的目标而奋斗,一切皆有可能
26楼2013-04-04 22:43:56
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sobereva

至尊木虫 (著名写手)

本人已永久离开小木虫



小木虫: 金币+0.5, 给个红包,谢谢回帖
引用回帖:
26楼: Originally posted by 游子8921 at 2013-04-04 22:43:56
sob姐,再请教。MOPAC2012没有接触过,PM7是半经验方法吗?若用PM7,优化效果要好于b3lyp/6-31g(d)吗?我看了MOPAC2012官网上关于PM7优化蛋白质的一些数值,但是相对于PM6的。我的理解应该有错误,请sob姐纠正, ...

是半经验。比PM6在弱相互作用的计算上有飞跃性的改进。当弱相互作用比较重要时,优化效果比B3LYP/6-31G*要好。另外还有个PM7-TS,专门用于计算过渡态。
详见J Mol Model (2013) 19:1–32
27楼2013-04-05 14:45:40
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516518

铜虫 (小有名气)

高手就是不一般
28楼2014-10-02 09:08:03
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