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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 第一性原理 » Wien2k&FLAPW&ELK » 【求助】单机4核并行安装wien2k，书写machines文件求指导？？
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positron

木虫 (职业作家)

[交流] 【求助】单机4核并行安装wien2k，书写machines文件求指导？？

问题有两个：

1. .machines文件应该是放在安装编译目录还是计算work文件夹，个人认为是放在work文件夹，不知可对？？但是感觉每计算一个例子，都写一个.machines文件，感觉麻烦，程序是否在运行过程中会把安装目录中的.machines文件拷贝到相应的工作目录呢？？求确认

2.单机4核并行计算问题（mpi计算）
   是否是只要一个.machines文件即可，还是要修改其它文件以完成并行计算目的   

  （userguide文件看的有点迷糊）


  对于单机4核，.machines文件如下书写可对：
# This is a valid .machines file
#
granularity:1
1:localhost:1
1:localhost:1
1:localhost:1
1:localhost:1
  lapw0:localhost:2
  extrafine:1
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1楼 2011-04-15 21:01:48
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hym5701

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
positron(金币+5):谢谢参与
zzy870720z(金币+2): 谢谢指教 2011-04-17 16:44:14
positron(金币+10): 感谢帮助和提醒 2011-04-17 17:05:12
对于问题1.machines 文件当然要放在放在工作目录下，每个都需要写，当然也可以将文件直接copy到另一个工作目录下直接用。
对于问题2，我想应该这样写
granularity:1
1:localhost:4
lapw0:localhost:4
  extrafine:1
因为你就一个节点，这个节点有4个cpu，所以只需要一行就行了。
不过我没在单机上试过，希望能有所帮助
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2楼2011-04-17 16:27:37
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positron

木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by hym5701 at 2011-04-17 16:27:37:
对于问题1.machines 文件当然要放在放在工作目录下，每个都需要写，当然也可以将文件直接copy到另一个工作目录下直接用。
对于问题2，我想应该这样写
granularity:1
1:localhost:4
lapw0:localhost:4
  ex ...

还有一个有点不确定，就是当我这样写时，并行会出错，大概是 端口22不能连接

不知道是否是

1:localhost:4

这行中的localhost要具体写出什么端口之类的东东

例如若w2web链接是http：//9820：xxxx

此行   1:localhost:4   是否要写成1：9820:4么

不知理解可对？？
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3楼2011-04-17 17:09:16
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hym5701

木虫 (小有名气)
★
positron(金币+5): 再次感谢提醒 2011-04-17 20:40:51
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-04-18 20:07:53
引用回帖:
Originally posted by positron at 2011-04-17 17:09:16:
还有一个有点不确定，就是当我这样写时，并行会出错，大概是 端口22不能连接

不知道是否是

1:localhost:4

这行中的localhost要具体写出什么端口之类的东东

例如若w2web链接是http：//9820：xxxx

...

端口UG上说应该在1024到65536之间，不要太小了。localhost就是你的计算机名，你改成9820那localhost就是9820了
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4楼2011-04-17 17:26:57
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anin

木虫 (著名写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
positron(金币+5): 感谢提醒 2011-04-18 18:35:52
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-04-18 20:08:03
引用回帖:
Originally posted by positron at 2011-04-17 17:09:16:
还有一个有点不确定，就是当我这样写时，并行会出错，大概是 端口22不能连接

不知道是否是

1:localhost:4

这行中的localhost要具体写出什么端口之类的东东

例如若w2web链接是http：//9820：xxxx

...

单机上并行运算一定要首先设置无密码ssh访问，否则提示端口22无法连接，因为ssh连接需要密码的。
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5楼2011-04-18 16:55:55
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anin

木虫 (著名写手)
★
positron(金币+5): 感谢热心的回答和提醒 2011-04-18 18:42:39
franch(金币+1): 谢谢回帖交流 2011-04-18 20:08:21
引用回帖:
Originally posted by hym5701 at 2011-04-17 16:27:37:
对于问题1.machines 文件当然要放在放在工作目录下，每个都需要写，当然也可以将文件直接copy到另一个工作目录下直接用。
对于问题2，我想应该这样写
granularity:1
1:localhost:4
lapw0:localhost:4
  ex ...

楼上的不对，还是应该有4行。如果仅1行的话还是单核运行。设置完以后可以test_para检查是否已经并行设置好了。
赞一下(1人) 回复此楼
6楼2011-04-18 16:57:50
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positron

木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by anin at 2011-04-18 16:55:55:
单机上并行运算一定要首先设置无密码ssh访问，否则提示端口22无法连接，因为ssh连接需要密码的。

确实碰到了端口22无法连接的问题

不知道哪一步需要设置ssh访问

用图形界面w2web串行计算TiC例子，和userguide结果一致

但是在scf并行就出错

还有就是如何设置ssh无密码访问

感谢提醒和帮助
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7楼2011-04-18 18:39:53
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positron

木虫 (职业作家)
引用回帖:
Originally posted by anin at 2011-04-18 16:57:50:
楼上的不对，还是应该有4行。如果仅1行的话还是单核运行。设置完以后可以test_para检查是否已经并行设置好了。

那是：
1:7890：1
1:7890：1
1:7890：1
1:7890：1

这样写4行么？


mpi并行一直出错，还没有找到原因

呵呵，期待您热心的回答
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8楼2011-04-18 18:42:20
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hym5701

木虫 (小有名气)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
youzhizhe(金币+1, 1ST强帖+1): 谢谢交流 2011-04-18 20:36:27
引用回帖:
Originally posted by anin at 2011-04-18 16:57:50:
楼上的不对，还是应该有4行。如果仅1行的话还是单核运行。设置完以后可以test_para检查是否已经并行设置好了。

The following .machines file describes a simple example. We assume to have 5 computers, (alpha,... epsilon), where epsilon has 4, and delta and gamma 2 cpus. In addition, gamma, delta and epsilon are 3 times faster than alpha and beta.:
# This is a valid .machines file
#
granularity:1
1:alpha
1:beta
3:gamma:2 delta
3:delta:1 epsilon:4
residue:delta:2
lapw0:gamma:2 delta:2 epsilon:4
这是UG上的例子。按照这个例子如果一个节点有多个cpu的话，想都利用起来就在后面带上对于的cpu个数就可以了吧。单机的话我觉得就算一个节点吧，不过我也没在单机多核上试过，说的不对请见谅
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9楼2011-04-18 20:30:52
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anin

木虫 (著名写手)
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
楼主要搞清楚是mpi并行还是klist并行，
这里用的应该是klist并行吧，所以把
1:localhost
复制4行，然后test_para看看是不是可以并行运算。
当然，计算以前要保证本机上ssh访问是不需要密码的。
用
ssh localhost
测试一下即可。
我以前就是这么算的。
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10楼2011-04-19 09:28:14
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liyanliyan

银虫 (小有名气)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
925742楼: Originally posted by anin at 2011-04-18 12:55:55:
单机上并行运算一定要首先设置无密码ssh访问，否则提示端口22无法连接，因为ssh连接需要密码的。

如何设置ssh链接无密码呢？谢谢，急用
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11楼2012-04-15 17:30:48
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anin

木虫 (著名写手)
★
小木虫: 金币+0.5, 给个红包，谢谢回帖
引用回帖:
1258762楼: Originally posted by liyanliyan at 2012-04-15 17:30:48:
如何设置ssh链接无密码呢？谢谢，急用

具体步骤好久没用已经记不清楚了，印象是先ssh-key-generate生成一个密钥，然后复制到主目录就行了，google搜索"ssh passwordless" 第一页就有，照着做就行
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12楼2012-04-16 15:25:28
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