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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【求助】能加多少水
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memgr

铜虫 (正式写手)

[交流] 【求助】能加多少水

偶想用gromacs建立一个格子之后，往里面加水，由于是粗粒，只能用-ci ，不是系统默认的-cs spc216.gro，我想问一下最多能够加多少水呢，我设置的加3万，可是加到一万八时就kill了，有什么办法吗，谢谢各位大侠
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1楼 2011-04-07 15:09:09
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whl2dxl

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖
御剑江湖(金币+2): 谢谢 2011-04-22 08:52:21
memgr(金币+1): 2011-04-25 20:40:00
memgr(金币+4): 2011-07-13 15:03:49
你的体系能放的下那么多的水吗？你用的是genbox命令吗？如果是的话，那你应该检查一下你加水的数目跟你的体系是不是符合，就算能加上那么多的水，造成分子的过分重叠也不是我们想要的
赞一下(2人) 回复此楼
2楼2011-04-22 00:24:07
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