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nash603

至尊木虫 (文坛精英)

飘落的碎冰

优秀版主

[交流] 【交流】如何在堆积图中图表示P-P共轭? 已有7人参与

如何在堆积图中图表示P-P共轭?
Diamond,mercury,XP那个效果好点呢?都什么表示的?
planton计算结果能说明多少问题呢?


找到具有P-P作用的环,插入亚原子,连接亚原子,然后再设置刚连接的键和亚原子,就OK了!亚原子的插入具体是:Ctrl键,选中参与p-p作用的一个环的所有原子(比如苯环或其他的芳环)。structure中点选insert atom,确定后就加上了一个亚原子,同法加入其他亚原子,连接p-p作用的亚原子,如果不放心测量一下距离。选中连接而成的新建,右键edit------Bond designs  tyl----thick    radius----0.03    fragmentationg----5 colcor(Fi)---随便选  确定。点选亚原子(所有的),右键--edit---atom design
Transparency-----1
diamond画法  关于 π-π堆积怎么画

XP的计算办法
假设一个苯环上碳原子编号分别为C11,C12,C13,C14,C15,C16,另一个苯环碳原子编号为C21,C22,C23,C24,C25,C26,用shelxtl 97 ,在XP界面执行如下操作:
cent/x c11 to c16(回车后,会给出中心,比如X1A)
cent/x c21 to c26(回车后,会给出中心,比如X1B)
join X1A X1B(回车)
bang(回车,会给出两中心的距离)

π-π作用有三种作用形式,一是face to face,距离在3.6+- 0.4A
二是offset,一般d 在3.2~3.8Å, z 在4.0~5.5 Å,
三是edge to face,边面作用的两环中心的距离一般在4.5~7.0 Å,而5.0 Å 则为最佳值

关于π-π共轭作用



继续整理中....
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因为有梦想,我们披星戴月,只争朝夕,因为有承诺,我们义无反顾,勇往直前!
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dengs1017

银虫 (小有名气)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
非常感谢,期待更多的更新!
4楼2011-04-24 21:48:35
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h.hc123

金虫 (初入文坛)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
谢谢了哦,非常期待您的更新~呵呵
5楼2011-06-27 17:28:41
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ys851216

木虫 (正式写手)


小木虫(金币+0.5):给个红包,谢谢回帖
送鲜花一朵
planton计算结果还是很方便的,至少通过计算可以很清楚知道是哪2个环之间有作用,距离和二面角是多少.减少盲目性.氢键也是一样.
人生为棋,我愿为卒,虽然移动缓慢,但谁曾见我后退。
6楼2011-06-28 10:44:00
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蓝木棋子

金虫 (小有名气)

公主

Have courage and be kind.
8楼2017-06-06 09:55:09
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