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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】DPD程序编写边界如何处理？
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liufei5828

金虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】DPD程序编写边界如何处理？ 已有8人参与

请教：自己编写DPD程序的时候，如何将粒子限定在一个长方体盒子里面呢？因为粒子受的是排斥力，如果不加以限制，粒子都跑到盒子外面去了…… 谢谢~~

[ Last edited by ghcacj on 2011-3-23 at 11:50 ]
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1楼 2011-03-23 11:19:32
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)
★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-06-01 21:05:24
PBC
2楼2011-03-23 18:36:41
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Jianyi_Liu

捐助贵宾 (小有名气)
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ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-24 13:02:11
看你做的什么尺度，形状材料，一般基本的用周期边界PBC来限制。PBC表象是将粒子限制在一个盒子内，它的本质是能够用来比较真实的模拟块体的情形，忽略表面效应。如果是边界效应较强，可以加真空层。
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吾善养吾浩然之气
3楼2011-03-23 19:44:11
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liufei5828

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by liufei5828 at 2011-03-23 11:19:32:
请教：自己编写DPD程序的时候，如何将粒子限定在一个长方体盒子里面呢？因为粒子受的是排斥力，如果不加以限制，粒子都跑到盒子外面去了…… 谢谢~~

[ Last edited by ghcacj on 2011-3-23 at 11:50 ]

4楼2011-03-25 14:41:33
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liufei5828

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by tianlangxingaa at 2011-03-23 18:36:41:
PBC

谢谢，请问一般都是用的什么语言编写的程序呢，我用的matlab，速度超级慢，而且粒子稍微多一点，就提示内存不足……
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5楼2011-03-25 14:44:10
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)
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ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-28 12:12:53
it's better for you to choose fortran or C.

Matlab is not a good choice.
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6楼2011-03-27 18:20:54
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tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)
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ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-03-29 12:41:49
引用回帖:
Originally posted by liufei5828 at 2011-03-25 14:44:10:
谢谢，请问一般都是用的什么语言编写的程序呢，我用的matlab，速度超级慢，而且粒子稍微多一点，就提示内存不足……

对于简单的数值模拟，比如MD，严格来说fortran是最快的语言。尤其是对于数组的处理，可以读取或者存储任意数组的数值，有人做过测试，Fortran是C的1.2倍。

但是如果数组量过大，则C是个不错的选择.

如果数值模拟里面全涉及到矩阵的转换等等，Matlab是最好的选择，本身所带的矩阵处理功能非常方便，但是如果单纯是类似MD或者DPD的简单数值计算，不推荐这个，很慢，很慢。

希望对你有用。
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7楼2011-03-28 22:51:16
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liufei5828

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by tianlangxingaa at 2011-03-28 22:51:16:
对于简单的数值模拟，比如MD，严格来说fortran是最快的语言。尤其是对于数组的处理，可以读取或者存储任意数组的数值，有人做过测试，Fortran是C的1.2倍。

但是如果数组量过大，则C是个不错的选择.

如果数 ...

谢谢，谢谢~~~ 考虑选择C了~~~
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8楼2011-03-30 08:04:08
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guanzhouxmc

木虫 (小有名气)
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ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-01 12:25:12
LAMMPS对于连续性问题有很好的兼容性，我用它做的DPD结果从来都是超出边界的，不影响模拟结果。既然LZ喜欢C的话也可以尝试下，有什么好想法交流一下啊。
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9楼2011-03-31 08:50:02
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zkh329

至尊木虫 (正式写手)
★ ★
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ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-04-01 12:25:22
用FORTRAN,我们课题组用的就是FORTRAN
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10楼2011-03-31 16:25:44
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