应《网络安全法》要求，自2017年10月1日起，未进行实名认证将不得使用互联网跟帖服务。为保障您的帐号能够正常使用，请尽快对帐号进行手机号验证，感谢您的理解与支持！

24小时热门版块排行榜    

小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » 其他 » 【求助】DPD程序编写边界如何处理？
131/2返回列表12下一页
查看: 1979  |  回复: 12
只看楼主 @他人 存档 新回复提醒 (忽略) 收藏    在APP中查看

liufei5828

金虫 (初入文坛)

[交流] 【求助】DPD程序编写边界如何处理？ 已有8人参与

请教：自己编写DPD程序的时候，如何将粒子限定在一个长方体盒子里面呢？因为粒子受的是排斥力，如果不加以限制，粒子都跑到盒子外面去了…… 谢谢~~

[ Last edited by ghcacj on 2011-3-23 at 11:50 ]
回复此楼

» 猜你喜欢

» 本主题相关价值贴推荐，对您同样有帮助:
1楼 2011-03-23 11:19:32
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)
★
御剑江湖(金币+1): 谢谢 2011-06-01 21:05:24
PBC
2楼2011-03-23 18:36:41
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

Jianyi_Liu

捐助贵宾 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-24 13:02:11
看你做的什么尺度，形状材料，一般基本的用周期边界PBC来限制。PBC表象是将粒子限制在一个盒子内，它的本质是能够用来比较真实的模拟块体的情形，忽略表面效应。如果是边界效应较强，可以加真空层。
赞一下(2人) 回复此楼
吾善养吾浩然之气
3楼2011-03-23 19:44:11
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liufei5828

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by liufei5828 at 2011-03-23 11:19:32:
请教：自己编写DPD程序的时候，如何将粒子限定在一个长方体盒子里面呢？因为粒子受的是排斥力，如果不加以限制，粒子都跑到盒子外面去了…… 谢谢~~

[ Last edited by ghcacj on 2011-3-23 at 11:50 ]

4楼2011-03-25 14:41:33
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liufei5828

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by tianlangxingaa at 2011-03-23 18:36:41:
PBC

谢谢，请问一般都是用的什么语言编写的程序呢，我用的matlab，速度超级慢，而且粒子稍微多一点，就提示内存不足……
赞一下 回复此楼
5楼2011-03-25 14:44:10
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-03-28 12:12:53
it's better for you to choose fortran or C.

Matlab is not a good choice.
赞一下(2人) 回复此楼
6楼2011-03-27 18:20:54
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

tianlangxingaa

铁杆木虫 (著名写手)
★ ★ ★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+5): 谢谢 2011-03-29 12:41:49
引用回帖:
Originally posted by liufei5828 at 2011-03-25 14:44:10:
谢谢，请问一般都是用的什么语言编写的程序呢，我用的matlab，速度超级慢，而且粒子稍微多一点，就提示内存不足……

对于简单的数值模拟，比如MD，严格来说fortran是最快的语言。尤其是对于数组的处理，可以读取或者存储任意数组的数值，有人做过测试，Fortran是C的1.2倍。

但是如果数组量过大，则C是个不错的选择.

如果数值模拟里面全涉及到矩阵的转换等等，Matlab是最好的选择，本身所带的矩阵处理功能非常方便，但是如果单纯是类似MD或者DPD的简单数值计算，不推荐这个，很慢，很慢。

希望对你有用。
赞一下(2人) 回复此楼
7楼2011-03-28 22:51:16
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

liufei5828

金虫 (初入文坛)
引用回帖:
Originally posted by tianlangxingaa at 2011-03-28 22:51:16:
对于简单的数值模拟，比如MD，严格来说fortran是最快的语言。尤其是对于数组的处理，可以读取或者存储任意数组的数值，有人做过测试，Fortran是C的1.2倍。

但是如果数组量过大，则C是个不错的选择.

如果数 ...

谢谢，谢谢~~~ 考虑选择C了~~~
赞一下 回复此楼
8楼2011-03-30 08:04:08
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

guanzhouxmc

木虫 (小有名气)
★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+2): 谢谢 2011-04-01 12:25:12
LAMMPS对于连续性问题有很好的兼容性，我用它做的DPD结果从来都是超出边界的，不影响模拟结果。既然LZ喜欢C的话也可以尝试下，有什么好想法交流一下啊。
赞一下(2人) 回复此楼
9楼2011-03-31 08:50:02
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖

zkh329

至尊木虫 (正式写手)
★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+1): 谢谢 2011-04-01 12:25:22
用FORTRAN,我们课题组用的就是FORTRAN
赞一下(2人) 回复此楼
10楼2011-03-31 16:25:44
已阅   回复此楼   关注TA 给TA发消息 送TA红花 TA的回帖
相关版块跳转 我要订阅楼主 liufei5828 的主题更新
131/2返回列表12下一页
普通表情 龙 兔 虎 猫 高级回复 (可上传附件)
最具人气热帖推荐 [查看全部] 作者 回/看 最后发表
[找工作] 售SCI一区T0P文章，我:8.O55.1.O.54,科目全,可十急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 4/200 2026-08-30 19:35 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.5.4,科目齐全,可+急 +3 jCd0dEvKHShX 2026-08-29 4/200 2026-08-30 19:34 by hZiFeudZyoGR
[公派出国] 售SCI一区T0P文章，我:8O.55.1.O.54,科目全,可伽急 +4 G6APbkg8SA6w 2026-08-29 5/250 2026-08-30 18:51 by hZiFeudZyoGR
[考博] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 5/250 2026-08-30 17:56 by hZiFeudZyoGR
[考研] 售SCI一区文章，我:8.O.551.O.5.4,科目全,可伽急 +4 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 6/300 2026-08-30 17:47 by hZiFeudZyoGR
[基金申请] 有没有仍没收到信息的 +6 德尚中行 2026-08-27 7/350 2026-08-30 12:53 by Bxndjjd
[找工作] 售SCI文章，我:8O5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 gy1nBQXYQJqL 2026-08-29 8/400 2026-08-30 12:14 by l0VvVHGBGRLv
[基金申请] 29号明天会评吗 +3 笨笨唐 2026-08-28 3/150 2026-08-30 09:29 by cww8181
[基金申请] 麻烦专家们看看评委们的意见（F口面上） +6 gdd2018 2026-08-28 11/550 2026-08-30 08:58 by 超级无敌华子
[基金申请] 我就是申请一个面上项目而已，这评审意见是按照杰青的条件评的吧？ +6 gouxfjh 2026-08-28 11/550 2026-08-30 07:57 by gouxfjh
[教师之家] 售SCI一区T0P文章，我:8.O.55.1.O54,科目全,可伽急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 7/350 2026-08-30 06:10 by ZPa0EcMwuECS
[教师之家] 售SCI-T0P文章，我:8O.5.5.1.O.54,科目齐全,可+急 +5 ASdOkHsho7FD 2026-08-28 8/400 2026-08-30 05:48 by ZPa0EcMwuECS
[基金申请] 中青基了要发朋友圈吗？ +4 349506619 2026-08-28 4/200 2026-08-29 22:41 by alongwaytogo
[基金申请] 国自然面上复盘~欢迎讨论 (金币+15) +15 晴天加油 2026-08-26 16/800 2026-08-29 18:28 by symmetry
[基金申请] 为什么资助数各大高校都创新高，自己申请怎么就这么难 +12 Kittylucky 2026-08-27 13/650 2026-08-29 00:04 by superceng
[基金申请] 系统进不去 +4 yanglien 2026-08-26 5/250 2026-08-26 11:10 by wenfengw83
[基金申请] 国合可查了 +3 paperzjh 2026-08-26 3/150 2026-08-26 10:41 by LemmonTr
[基金申请] 牛来！米来！面来！ +8 beefly 2026-08-26 8/400 2026-08-26 08:37 by xuzhipiao
[基金申请] 明天应该可查了！？ +6 chengyan1220 2026-08-23 6/300 2026-08-25 19:45 by zfd97
[基金申请] 如果此刻你正在为国基感到焦虑，不妨来听听这首《基金之外》 +8 scalable 2026-08-24 8/400 2026-08-25 12:52 by jnhyjjm
信息提示
关闭
请填处理意见
关闭