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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 【整理】今天整理硬盘上的资料，偶然发现的好玩的小东西就直接发上来吧
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

[交流] 【整理】今天整理硬盘上的资料，偶然发现的好玩的小东西就直接发上来吧 已有75人参与

硬盘快爆了 整理东西 偶然发现的好玩的小东西 我就直接发上来吧

专门用来存放学习资料的文件夹已经20多G了 大部分文件都比较大 发不上来 很小同时很有意思的小东西 我就随手放上来吧

先来一个 当年自己年轻时候画的，太花哨了


[ Last edited by yjcmwgk on 2011-3-20 at 17:33 ]
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1楼 2011-03-20 16:42:32
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

师弟的一封信

万亮说当时发给王泉博，同时一块儿发给你们的一个信看不懂。我给他解释了之后，让ta给你们也解释一下，但是我觉得解释的不清除。现在我重新解释一下，其实吧，只要两封信对比起来一起看，就能看懂了。

先看看我给万亮写的四个文件的信息：
我们N年前好像学过批处理文件，齐冬师兄发给我们有一篇貌似叫“上两件作废，看这一个”的邮件，其中包含了一个当年他讲得天花乱坠，吾辈仍执迷不悟（读到此处，我伤心了……）的批处理文件。以下就是各输入文件的命令。

c60-sp.com的内容
%chk=c60-sp.chk
# 方法/基组 scf=tight
--------------
c60-opt.com的内容
%chk=c60-opt.chk
# 方法/基组 opt guess=read geom=allcheck
--------------
c60-freq.com的内容
%chk=c60-freq.chk
# 方法/基组 freq=noraman scf=tight guess=read geom=allcheck
--------------
c60-nbo.com的内容
%chk=c60-nbo.chk
# 方法/基组 pop=nbo scf=tight guess=read geom=allcheck
然后是以前发的那个信：
鉴于你平时要做试验还要管理很多实验室的工作，计算任务往往结束了但是你来不及交新任务，我教给你一个办法——linux下的批处理。
（一）
你可以看看我在山大的服务器上的实例。路径是“qd/qd2/N12--”。这个文件夹下的全部文件都是。你可以看我的各个com文件，尤其是看那个叫c60-bat.in的文件。（你可以复制下来看看，研究研究，但是绝不可以给我乱动！我正在计算呢！）看不懂可以问蔡雪师姐。其实Linux下的批处理比Windows下的批处理功能强多了！问蔡雪师姐前，请先参考两个资料（我都给过你，就是刚开始就给你的那个资料库）《g03L批处理方法》和《UNIX系统操作简介》。
我先跟你说说这个c60-bat.in这个批处理文件的内容是什么意思吧。总共12个命令。所有命令都是依次执行的。
1)  nohup g03 c60-sp.com c60-sp.log &
计算c60-sp.com，得到c60-sp.chk和c60-sp.log。（参考c60-sp.com的内容）
2)  formchk c60-sp.chk c60-sp.fchk &
将c60-sp.chk转化为c60-sp.fchk。
3)  scp c60-sp.chk c60-opt.chk &
将 c60-sp.chk复制一份，复制后的文件叫做c60-opt.chk（参见c60-opt.com的内容，尤其是chk行和#号行中的guess和 geom命令。我这样做，是为了将第一步计算得到的chk文件能用于下一步计算，同时能保留刚刚计算完毕的第一步chk文件。）
4)  nohup g03 c60-opt.com c60-opt.log &
计算c60-opt.com，得到c60-opt.chk和c60-opt.log。
5)  formchk c60-opt.chk c60-opt.fchk &
将c60-opt.chk转化为c60-opt.fchk
6)  scp c60-sp.chk c60-freq.chk &
将 c60-sp.chk复制一份，复制后的文件叫做c60-freq.chk（参见c60-freq.com的内容，尤其是chk行和#号行中的guess 和geom命令。我这样做，是为了将第一步计算得到的chk文件能用于第三步计算，同时能保留先前计算出来的第一步chk文件。）
7)  nohup g03 c60-freq.com c60-freq.log &
计算c60-freq.com，得到c60-freq.chk和c60-freq.log。
8)  formchk c60-freq.chk c60-freq.fchk &
将c60-freq.chk转化为c60-freq.fchk
9)  scp c60-opt.chk c60-nbo.chk &
将 c60-opt.chk复制一份，复制后的文件叫做c60-nbo.chk（参见c60-nbo.com的内容，尤其是chk行和#号行中的guess和 geom命令。我这样做，是为了将第二步计算得到的chk文件能用于第四步计算，同时能保留先前计算出来的第二步的chk文件。）
10)  nohup g03 c60-nbo.com c60-nbo.log &
计算c60-nbo.com，得到c60-nbo.chk和c60-nbo.log。
11)  formchk c60-nbo.chk c60-nbo.fchk &
将c60-nbo.chk转化为c60-nbo.fchk
12)  rm *.chk &
这是我的恶习之一。计算完毕，将全部chk文件删除，只保留fchk文件。
（二）
这个通过写in文件的方式比写bcf文件的方式要好。因为bcf这个批处理文件只能执行g03开头的命令，难以进行像这样包含各种处理方式的in文件。也比link1的连接要好，事实上link1还不如bcf文件。bcf文件好歹能实现各个命令互不影响，第一个计算出错而第二个可以继续进行，而link1的多步任务中只要有一个报错，下面的任务全部抛弃。
（三）
我再给你一个in文件的实例。这是我做了12个BSSE的单点能counterpoise计算。因为单点能的计算很快，所以我不想一个一个交任务，就把25个命令做了一个in文件全部交上去，第二天早上拿结果。这个文件中的一些命令我用了一些缺省的写法，看不懂可以蔡雪师姐之。
bsse.in的内容如下
nohup g03 t1 &
wait
formchk t1-bsse.chk &
wait
nohup g03 t1-comp &
wait
formchk t1-comp-bsse.chk &
wait
nohup g03 t2 &
wait
formchk t2-bsse.chk &
wait
nohup g03 t2-comp &
wait
formchk t2-comp-bsse.chk &
wait
nohup g03 t3 &
wait
formchk t3-bsse.chk &
wait
nohup g03 t3-comp &
wait
formchk t3-comp-bsse.chk &
wait
nohup g03 t4 &
wait
formchk t4-bsse.chk &
wait
nohup g03 t4-comp &
wait
formchk t4-comp-bsse.chk &
wait
nohup g03 t5 &
wait
formchk t5-bsse.chk &
wait
nohup g03 t5-comp &
wait
formchk t5-comp-bsse.chk &
wait
nohup g03 t6 &
wait
formchk t6-bsse.chk &
wait
nohup g03 t6-comp &
wait
formchk t6-comp-bsse.chk &
wait
rm *.chk &
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29楼2011-03-20 17:16:42
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

共轭体系能级结构简图

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2楼2011-03-20 16:43:05
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0710811132

3楼2011-03-20 16:45:41
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

密度泛函·小卒

优秀版主

计算机化学及化学软件网站大全

http://www.chem.ac.ru/Chemistry/Soft/ 化学软件网址列表。
http://antas.agraria.uniss.it/software.html 化学软件列表和FTP站点列表。
http://bogense.chem.ou.dk/~icc/software.html 计算化学软件相关的网址。
http://www.lctn.uhp-nancy.fr/Chercheurs/Xavier.Assfeld/links.html 量化软件，基组库，量化教学。
http://www.sc.ehu.es/powgep99/dcytp/teoricos/txoni/programak.htm 量子化学软件和其它有用的应用程序。
http://www.iupac.org/reports/1996/6802brown/ 量子化学缩写辞典。
http://ftp.nchc.gov.tw/pub/ 台湾高速电脑中心各学科领域研究软件，可以下载。包括Chemistry，databases，parallel，physics，visualization。
http://www.clarkson.edu/~pac/reps.html Clarkson大学相对论有效势数据库。提供第二至第六周期全部元素的相对论有效势基组下载，可以用在Gaussian和COLUMBUS上。
http://www.pnl.gov/quantum/ 有Dyall博士的《相对论量子化学》授课笔记下载，即将出书。
http://www.ccl.net/ Computational Chemistry List，有免费量化软件下载，以及量子化学论坛等。
http://www.scm.com/Doc/publist.html 与ADF软件有关的一些博士论文。从中可以学到很多量化知识。
http://leroy.uwaterloo.ca/ 处理双原子分子光谱参数的一些fortran源程序（LEVEL，BCONT，RKR1，DSParFit）。申请后，就会发到你的E-mail信箱。
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http://www.chpcc.edu.cn/mulliken/index.html 清华大学高性能计算中心提供的Mulliken远程登录计算。 Mulliken是由IBM公司开发的一个可用于化学、医学、制药、生物等应用领域的软件，基于并行算法，户可以充分利用并行计算优势。用户只需简单地在已设计好的图形用户视窗界面上输入计算选项和参数，Mulliken就会自动把作业拆分到各个节点上去运行。Mulliken的基组函数丰富，作业递交简单明了，数据处理直观。 Mulliken可以处理的分子性质包括能量、生成热、离子势、电子亲和力、平衡构型、过渡态构型、活化能、反应路径、红外光谱、多极矩、静电势、可极化性以及原子电荷。在计算宏观性质时的主要对象是溶液，这些性质包括热容、可压缩性、径向分布函数、溶剂化自由能、蒸汽压、差分溶剂化自由能、分配系数和扩散系数。
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http://theo1.theochem.tu-muenchen.de/qcl/info/welcome_fe.html 一些量子化学计算的练习（需要注册获得账号密码）。
http://www.cobalt.chem.ucalgary. ... hm373/lectures.html 2001年计算化学冬季课程。从原子物理、光谱学，到量子化学的基础知识都有，可以下载很多PowerPoint、PDF文件。
http://202.206.106.100/qc/lzhx-0.htm 河北师范大学计算量子化学研究所蔡新华教授的量子化学在线教学。结构为：绪论，量子力学基础，原子结构，分子结构，量化程序应用。其中，量化程序应用一章包含详细的Gaussian98W和Hyperchem应用图示。
http://allserv.rug.ac.be/~tkuppens/chem.shtml 网上免费化学软件资源。按字母顺序排列，并允许访问者添加新软件。
http://chem.yonsei.ac.kr/~lsk/software.html 化学软件。
http://www.acm.org/calgo/contents/ 各种算法的程序。
http://www.emsl.pnl.gov:2080/proj/crdb/ EMSL计算化学结果数据库，察看用各种理论、各种基组计算出的结果。255种分子，41种Atoms，37,071项数据。
http://www.ccl.net/cca/documents/dyoung/topics-orig/ David Young的计算化学专题文章。
http://www.webelements.com/ 元素周期表。
http://www.cpc.cs.qub.ac.uk/cpc/ 著名的物理和物理化学程序库，需要交钱注册才可以下载。
http://zarbi.chem.yale.edu/products/ 一些化学软件。其中有些是免费下载的。
http://users.unimi.it/~ddl/other_projects.htm 一些自由下载的化学软件，包括半经验量化计算程序MoPac 5.00和预测蛋白质结构的PREDATOR等。
http://pcgate.thch.uni-bonn.de/tc/grimme/vdftci/vdftci.html 对分子激发态使用组态相关的密度泛函计算。
http://www.emsl.pnl.gov:2080/forms/basisform.html 著名的基组库。
http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/~mdt26/RHF.TABLES.txt ROOTHAAN-HARTREE-FOCK基态的原子波函。包括原子序数Z=2-54的Slater型轨道展开和期待值。
http://www.chem.uni-potsdam.de/linkcenter/download.html PC机化学软件下载站点。
http://www.smps.ntu.edu.au/chem_ref.html 网上的计算化学资源。
http://www.infochembio.ethz.ch/cheminfo/TheoretChemie.html 理论化学网络资源。
http://saturn.nchc.gov.tw:9091/soft_doc/ 量化、分子模型软件信息，包含G98中文使用说明。但是大部分无权访问。请与作者联系。 http://www.chem.swin.edu.au/modules/ 计算化学模型。简要介绍了半经验方法、从头计算方法、分子力学和分子动力学的理论和应用，以及Gaussian和Gamess的使用。在Direct use of interfaces中，包含MOPAC，Gaussian94，GAMESS在线计算。
http://dft.rutgers.edu/lib/和http://www.physics.rutgers.edu/~happel/lib/ 密度泛函Fortran程序库。提供很多DFT代码的子程序，每个子程序都有输入和输出的例子。
http://www.fz-juelich.de/nic-series/ 量化理论文章（第一至第三卷），PDF和PS格式。其中，第一卷和第三卷内容相同，第二卷只有摘要。
http://www.chem.ac.ru/Chemistry/Soft/SEARCH.en.html 计算化学资源。
http://www.mcc.uiuc.edu/SummerSchool/Richard%20Martin/martin.htm 密度泛函理论在线教程。
http://www.mcc.uiuc.edu/SummerSchool/ 伊利诺斯大学计算材料暑期学校在线课程。大部分课程都有讲义，演示，练习，以及理论计算代码下载。
http://www.imp.leeds.ac.uk/homes/PH/QWWAD/ 一些量子理论计算代码。
http://vchihaia.tripod.com/ASM.html 计算化学方面的资料。
http://webbook.nist.gov/chemistry/ 美国国家标准技术研究所主页（化学类），可以查找包括光谱在内的一些信息。
http://sdpd.univ-lemans.fr/museum/ 结晶学源代码博物馆，提供1960年至今相关源代码下载。
http://www.qchem.pnpi.spb.ru/publication/recp.html 有效核势库。不过内容比较少。
http://www.adi.uam.es/Docs/Knowl ... _Theory/theory.html 量化的一些基本理论
http://www.nchc.gov.tw/chinese/07_publication/nchcs/search.html G94中文简介和关键字，其中关键字缺少一部分（BIG5）。
http://www.asc.edu/outreach/seminars.shtml 计算化学讲座
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4楼2011-03-20 16:46:21
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