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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 量子化学 » 量化新手直通车 » 【整理】今天整理硬盘上的资料，偶然发现的好玩的小东西就直接发上来吧
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

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[交流] 【整理】今天整理硬盘上的资料，偶然发现的好玩的小东西就直接发上来吧 已有75人参与

硬盘快爆了 整理东西 偶然发现的好玩的小东西 我就直接发上来吧

专门用来存放学习资料的文件夹已经20多G了 大部分文件都比较大 发不上来 很小同时很有意思的小东西 我就随手放上来吧

先来一个 当年自己年轻时候画的，太花哨了


[ Last edited by yjcmwgk on 2011-3-20 at 17:33 ]
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1楼 2011-03-20 16:42:32
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yjcmwgk

禁虫 (文坛精英)

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oniom格式详解

# opt freq=noraman oniom(mp2/6-311+g(3df,3pd):b3pw91/6-31g(d):b3lyp/3-21g)
【对High层，即H层，采用mp2/6-311+g(3df,3pd)；
　对Media层，即M层，采用b3pw91/6-31g(d)；
　对Low层，即L层，采用b3lyp/3-21g】

0 1 -2 1 -2 1 2 1 2 1 2 1
【对Real体系采用b3lyp/3-21g水平的计算时，Real体系采用电荷0，多重度1的设置
　对Mid体系采用b3pw91/6-31g(d)水平的计算时，Mid体系采用电荷-2，多重度1的设置
　对Mid体系采用b3lyp/3-21g水平的计算时，Real体系采用电荷-2，多重度1的设置
　对Model体系采用mp2/6-311+g(3df,3pd)水平的计算时，Model体系采用电荷2，多重度1的设置
　对Model体系采用b3pw91/6-31g(d)水平的计算时，Model体系采用电荷2，多重度1的设置
　对Model体系采用b3lyp/3-21g水平的计算时，Model体系采用电荷2，多重度1的设置】
【Real体系即是H+M+L层
　Mid体系即是H+M层
　Model体系即是H层】

C                0   -1.06827940   -2.59205361    0.00000000 L H 5
【Ｃ指的是１号原子是Ｃ
　０表示该原子不冻结
　-1.06827940   -2.59205361    0.00000000 表示分子坐标
　L表示该原子是Low层
　H表示，在对Mid体系进行计算的时候，该C原子改成H原子，成为Mid体系的悬挂原子
　5表示，该原子是与Mid体系的5号原子相连接】
=========
gjf文件开始
---------
%nprocshared=1
%mem=500MB
%chk=G:\ByHand\oniom\Li2PcONIOM.chk
# opt freq=noraman oniom(mp2/6-311+g(3df,3pd):b3pw91/6-31g(d):b3lyp/3-21g)

Li2Pc Oniom

0 1 -2 1 -2 1 2 1 2 1 2 1
C                0   -1.06827940   -2.59205361    0.00000000 L H 5
C                0   -0.64817712   -4.05208072    0.00000000 L
C                0    0.64817712   -4.05208072    0.00000000 L
C                0    1.06827940   -2.59205361    0.00000000 L H 5
N                0    0.00000000   -1.69380459    0.00000000 M
C                0   -0.64817712    4.05208072    0.00000000 L
C                0    0.64817712    4.05208072    0.00000000 L
C                0   -1.06827940    2.59205361    0.00000000 L H 10
C                0    1.06827940    2.59205361    0.00000000 L H 10
N                0    0.00000000    1.69380459    0.00000000 M
C                0    2.59205361   -1.06827940    0.00000000 L H 13
C                0    4.05208072   -0.64817712    0.00000000 L
N                0    1.69380459    0.00000000    0.00000000 M
C                0    4.05208072    0.64817712    0.00000000 L
C                0    2.59205361    1.06827940    0.00000000 L H 13
C                0   -2.59205361   -1.06827940    0.00000000 L H 18
C                0   -4.05208072   -0.64817712    0.00000000 L
N                0   -1.69380459    0.00000000    0.00000000 M
C                0   -4.05208072    0.64817712    0.00000000 L
C                0   -2.59205361    1.06827940    0.00000000 L H 18
N                0    2.29712177    2.29712177    0.00000000 L
N                0   -2.29712177    2.29712177    0.00000000 L
N                0   -2.29712177   -2.29712177    0.00000000 L
N                0    2.29712177   -2.29712177    0.00000000 L
C                0    5.23533458    1.38094601    0.00000000 L
H                0    5.20203797    2.45044856    0.00000000 L
C                0    6.46048480    0.68548141    0.00000000 L
H                0    7.38597263    1.22242753    0.00000000 L
C                0    6.46048480   -0.68548141    0.00000000 L
H                0    7.38597263   -1.22242753    0.00000000 L
C                0    5.23533458   -1.38094601    0.00000000 L
H                0    5.20203797   -2.45044856    0.00000000 L
C                0    1.38094601   -5.23533458    0.00000000 L
H                0    2.45044856   -5.20203797    0.00000000 L
C                0    0.68548141   -6.46048480    0.00000000 L
H                0    1.22242753   -7.38597263    0.00000000 L
C                0   -0.68548141   -6.46048480    0.00000000 L
H                0   -1.22242753   -7.38597263    0.00000000 L
C                0   -1.38094601   -5.23533458    0.00000000 L
H                0   -2.45044856   -5.20203797    0.00000000 L
C                0   -5.23533458   -1.38094601    0.00000000 L
H                0   -5.20203797   -2.45044856    0.00000000 L
C                0   -6.46048480   -0.68548141    0.00000000 L
H                0   -7.38597263   -1.22242753    0.00000000 L
C                0   -6.46048480    0.68548141    0.00000000 L
H                0   -7.38597263    1.22242753    0.00000000 L
C                0   -5.23533458    1.38094601    0.00000000 L
H                0   -5.20203797    2.45044856    0.00000000 L
C                0   -1.38094601    5.23533458    0.00000000 L
H                0   -2.45044856    5.20203797    0.00000000 L
C                0   -0.68548141    6.46048480    0.00000000 L
H                0   -1.22242753    7.38597263    0.00000000 L
C                0    0.68548141    6.46048480    0.00000000 L
H                0    1.22242753    7.38597263    0.00000000 L
C                0    1.38094601    5.23533458    0.00000000 L
H                0    2.45044856    5.20203797    0.00000000 L
Li               0    0.00000000    0.00000000    1.15363497 H
Li               0    0.00000000    0.00000000   -1.15363497 H
------
gjf文件结束
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28楼2011-03-20 17:15:48
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yjcmwgk

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共轭体系能级结构简图

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2楼2011-03-20 16:43:05
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0710811132

3楼2011-03-20 16:45:41
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计算机化学及化学软件网站大全

http://www.chem.ac.ru/Chemistry/Soft/ 化学软件网址列表。
http://antas.agraria.uniss.it/software.html 化学软件列表和FTP站点列表。
http://bogense.chem.ou.dk/~icc/software.html 计算化学软件相关的网址。
http://www.lctn.uhp-nancy.fr/Chercheurs/Xavier.Assfeld/links.html 量化软件，基组库，量化教学。
http://www.sc.ehu.es/powgep99/dcytp/teoricos/txoni/programak.htm 量子化学软件和其它有用的应用程序。
http://www.iupac.org/reports/1996/6802brown/ 量子化学缩写辞典。
http://ftp.nchc.gov.tw/pub/ 台湾高速电脑中心各学科领域研究软件，可以下载。包括Chemistry，databases，parallel，physics，visualization。
http://www.clarkson.edu/~pac/reps.html Clarkson大学相对论有效势数据库。提供第二至第六周期全部元素的相对论有效势基组下载，可以用在Gaussian和COLUMBUS上。
http://www.pnl.gov/quantum/ 有Dyall博士的《相对论量子化学》授课笔记下载，即将出书。
http://www.ccl.net/ Computational Chemistry List，有免费量化软件下载，以及量子化学论坛等。
http://www.scm.com/Doc/publist.html 与ADF软件有关的一些博士论文。从中可以学到很多量化知识。
http://leroy.uwaterloo.ca/ 处理双原子分子光谱参数的一些fortran源程序（LEVEL，BCONT，RKR1，DSParFit）。申请后，就会发到你的E-mail信箱。
http://zeus.polsl.gliwice.pl/~nikodem//linux4chemistry.html 集中了绝大多数用在Linux下的化学软件。
http://www.ghpcc.gzu.edu.cn/ 贵州大学高性能计算化学实验室，提供Gaussian94的Hartree-Fock，DFT，Moller-Plesset微扰和半经验量子化学在线计算。
http://www.chpcc.edu.cn/mulliken/index.html 清华大学高性能计算中心提供的Mulliken远程登录计算。 Mulliken是由IBM公司开发的一个可用于化学、医学、制药、生物等应用领域的软件，基于并行算法，户可以充分利用并行计算优势。用户只需简单地在已设计好的图形用户视窗界面上输入计算选项和参数，Mulliken就会自动把作业拆分到各个节点上去运行。Mulliken的基组函数丰富，作业递交简单明了，数据处理直观。 Mulliken可以处理的分子性质包括能量、生成热、离子势、电子亲和力、平衡构型、过渡态构型、活化能、反应路径、红外光谱、多极矩、静电势、可极化性以及原子电荷。在计算宏观性质时的主要对象是溶液，这些性质包括热容、可压缩性、径向分布函数、溶剂化自由能、蒸汽压、差分溶剂化自由能、分配系数和扩散系数。
http://linus.chem.wesleyan.edu/icc/ 一些量子化学计算的实验。
http://theo1.theochem.tu-muenchen.de/qcl/info/welcome_fe.html 一些量子化学计算的练习（需要注册获得账号密码）。
http://www.cobalt.chem.ucalgary. ... hm373/lectures.html 2001年计算化学冬季课程。从原子物理、光谱学，到量子化学的基础知识都有，可以下载很多PowerPoint、PDF文件。
http://202.206.106.100/qc/lzhx-0.htm 河北师范大学计算量子化学研究所蔡新华教授的量子化学在线教学。结构为：绪论，量子力学基础，原子结构，分子结构，量化程序应用。其中，量化程序应用一章包含详细的Gaussian98W和Hyperchem应用图示。
http://allserv.rug.ac.be/~tkuppens/chem.shtml 网上免费化学软件资源。按字母顺序排列，并允许访问者添加新软件。
http://chem.yonsei.ac.kr/~lsk/software.html 化学软件。
http://www.acm.org/calgo/contents/ 各种算法的程序。
http://www.emsl.pnl.gov:2080/proj/crdb/ EMSL计算化学结果数据库，察看用各种理论、各种基组计算出的结果。255种分子，41种Atoms，37,071项数据。
http://www.ccl.net/cca/documents/dyoung/topics-orig/ David Young的计算化学专题文章。
http://www.webelements.com/ 元素周期表。
http://www.cpc.cs.qub.ac.uk/cpc/ 著名的物理和物理化学程序库，需要交钱注册才可以下载。
http://zarbi.chem.yale.edu/products/ 一些化学软件。其中有些是免费下载的。
http://users.unimi.it/~ddl/other_projects.htm 一些自由下载的化学软件，包括半经验量化计算程序MoPac 5.00和预测蛋白质结构的PREDATOR等。
http://pcgate.thch.uni-bonn.de/tc/grimme/vdftci/vdftci.html 对分子激发态使用组态相关的密度泛函计算。
http://www.emsl.pnl.gov:2080/forms/basisform.html 著名的基组库。
http://www.tcm.phy.cam.ac.uk/~mdt26/RHF.TABLES.txt ROOTHAAN-HARTREE-FOCK基态的原子波函。包括原子序数Z=2-54的Slater型轨道展开和期待值。
http://www.chem.uni-potsdam.de/linkcenter/download.html PC机化学软件下载站点。
http://www.smps.ntu.edu.au/chem_ref.html 网上的计算化学资源。
http://www.infochembio.ethz.ch/cheminfo/TheoretChemie.html 理论化学网络资源。
http://saturn.nchc.gov.tw:9091/soft_doc/ 量化、分子模型软件信息，包含G98中文使用说明。但是大部分无权访问。请与作者联系。 http://www.chem.swin.edu.au/modules/ 计算化学模型。简要介绍了半经验方法、从头计算方法、分子力学和分子动力学的理论和应用，以及Gaussian和Gamess的使用。在Direct use of interfaces中，包含MOPAC，Gaussian94，GAMESS在线计算。
http://dft.rutgers.edu/lib/和http://www.physics.rutgers.edu/~happel/lib/ 密度泛函Fortran程序库。提供很多DFT代码的子程序，每个子程序都有输入和输出的例子。
http://www.fz-juelich.de/nic-series/ 量化理论文章（第一至第三卷），PDF和PS格式。其中，第一卷和第三卷内容相同，第二卷只有摘要。
http://www.chem.ac.ru/Chemistry/Soft/SEARCH.en.html 计算化学资源。
http://www.mcc.uiuc.edu/SummerSchool/Richard%20Martin/martin.htm 密度泛函理论在线教程。
http://www.mcc.uiuc.edu/SummerSchool/ 伊利诺斯大学计算材料暑期学校在线课程。大部分课程都有讲义，演示，练习，以及理论计算代码下载。
http://www.imp.leeds.ac.uk/homes/PH/QWWAD/ 一些量子理论计算代码。
http://vchihaia.tripod.com/ASM.html 计算化学方面的资料。
http://webbook.nist.gov/chemistry/ 美国国家标准技术研究所主页（化学类），可以查找包括光谱在内的一些信息。
http://sdpd.univ-lemans.fr/museum/ 结晶学源代码博物馆，提供1960年至今相关源代码下载。
http://www.qchem.pnpi.spb.ru/publication/recp.html 有效核势库。不过内容比较少。
http://www.adi.uam.es/Docs/Knowl ... _Theory/theory.html 量化的一些基本理论
http://www.nchc.gov.tw/chinese/07_publication/nchcs/search.html G94中文简介和关键字，其中关键字缺少一部分（BIG5）。
http://www.asc.edu/outreach/seminars.shtml 计算化学讲座
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4楼2011-03-20 16:46:21
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