[交流] 【求助】Melting of Lipid Tails后脂双层有的地方分离 已有2人参与

Melting of Lipid Tails后脂双层有的地方分离 这是我的conf文件： ## JOB DESCRIPTION                                         ## ############################################################# # Min. and Eq. of Aqp1 # embedded in POPE membrane, water. # Melting lipid tails. PME, Constant Volume. ############################################################# ## ADJUSTABLE PARAMETERS                                   ## ############################################################# structure          ../02-MEMBRANE/aqp1_popew.psf coordinates        ../02-MEMBRANE/aqp1_popew.pdb outputName         aqp1_popewmineq-01 set temperature    300 # Continuing a job from the restart files if {0} { set inputname      aqp1-popew binCoordinates     $inputname.restart.coor binVelocities      $inputname.restart.vel  ;# remove the "temperature" entry if you use this! extendedSystem    $inputname.restart.xsc } firsttimestep      0 ############################################################# ## SIMULATION PARAMETERS                                   ## ############################################################# # Input paraTypeCharmm     on parameters          ../par_all27_prot_lipid.prm # NOTE: Do not set the initial velocity temperature if you # have also specified a .vel restart file! temperature         $temperature # Periodic Boundary Conditions # NOTE: Do not set the periodic cell basis if you have also # specified an .xsc restart file! if {1} { cellBasisVector1    105.    0.   0. cellBasisVector2     0.   105.   0. cellBasisVector3     0.    0.  73. cellOrigin          -0.077429056167 0.074017807841 -0.44251784668 } wrapWater           on wrapAll             on # Force-Field Parameters exclude             scaled1-4 1-4scaling          1.0 cutoff              12. switching           on switchdist          10. pairlistdist        13.5 # Integrator Parameters timestep            2.0  ;# 2fs/step rigidBonds          all  ;# needed for 2fs steps nonbondedFreq       1 fullElectFrequency  2   stepspercycle       20 #PME (for full-system periodic electrostatics) if {1} { PME                 yes PMEGridSizeX       106 PMEGridSizeY       106 PMEGridSizeZ       74 } # Constant Temperature Control langevin            on    ;# do langevin dynamics langevinDamping     1     ;# damping coefficient (gamma) of 5/ps langevinTemp        $temperature # Constant Pressure Control (variable volume) if {0} { useGroupPressure      yes ;# needed for 2fs steps useFlexibleCell       yes  ;# no for water box, yes for membrane useConstantArea       no  ;# no for water box, yes for membrane langevinPiston        on langevinPistonTarget  1.01325 ;#  in bar -> 1 atm langevinPistonPeriod  200. langevinPistonDecay   50. langevinPistonTemp    $temperature } restartfreq        1000     ;# 1000steps = every 2ps dcdfreq            1000 xstFreq            1000 outputEnergies      50 outputPressure      50 # Fixed Atoms Constraint (set PDB beta-column to 1) if {1} { fixedAtoms          on fixedAtomsFile      ../02-MEMBRANE/myfixatomfile.pdb fixedAtomsCol       B fixedAtomsForces    on } ############################################################# ## EXTRA PARAMETERS                                        ## ############################################################# # Put here any custom parameters that are specific to # this job (e.g., SMD, TclForces, etc...) ############################################################# ## EXECUTION SCRIPT                                        ## ############################################################# # Minimization if {1} { minimize            10000 reinitvels          $temperature } run 500000 ;# 0.5 ns

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