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小木虫论坛-学术科研互动平台 » 计算模拟区 » 分子模拟 » Gromacs/Amber/NAMD » 【讨论】gromacs中力场选择问题
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sichuanemily

木虫 (正式写手)

[交流] 【讨论】gromacs中力场选择问题 已有2人参与

我最近正在学习蛋白动力学优化，用的是gromacs ，在学习过程中，发现力场不一样，对原子类型的识别情况就不一样，请问高手们，在gromacs中如何根据自己的需要选择力场？谢谢各位！
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1楼 2011-03-11 08:58:59
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xulinan

木虫 (小有名气)
★ ★ ★ ★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
ghcacj(金币+3): 谢谢 2011-03-11 12:00:25
考虑到使用者研究的对象不同，所有力场就不同了，比如研究材料和蛋白的选力场一般就不一样，这个最好看和你相似的论文，人家都用什么力场你就用什么，这是最简单的选择方面。如果你有兴趣的话可以深入研究下，有的力场适合研究蛋白（比如43a1），有的适合材料，这样选要求你对每个力场理解比较透彻。
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2楼2011-03-11 09:13:16
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Youngchsh

木虫 (正式写手)

Gerrard
★
小木虫(金币+0.5):给个红包，谢谢回帖交流
我也希望更多学习关于力场的问题
赞一下(1人) 回复此楼
原来木虫还挺有意思的
3楼2011-03-12 14:58:32
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